Jeremy habla con el director de la escuela haciéndose pasar por el padre de William para justificar la ausencia de éste a clase. Mientras siguen buscando y tratan de reconstruir el sector cinco de Lyoko.

De nuevo el avispado Jeremy se hace pasar telefónicamente por el padre de William para que el director no desconfíe, sin embargo esta vez el plan no sale bien. Poco después de la primera llamada se produce la segunda: es el padre de William que quiere saber dónde está su hijo.

El batería del famoso grupo de rock Los Subdigitales viene a la academia a ver a su tío, que resulta ser el profesor de gimnasia. Además organiza una prueba para nuevos talentos, y todos los alumnos presentan sus maquetas.

Inauguración de la sala de recreo en la academia. Es necesario elegir un monitor para supervisar su uso. Contra todo pronóstico sale elegido William. Pero hay problemas, no es el verdadero William, es su doble.

Han creado un submarino virtual y una nueva sala a modo de angar, intentan por todos los medios recuperar a William. Pero todo se pone en contra, Jeremy y Aelita son castigados por el director y no pueden ejecutar el programa.

Jeremy está preocupado porque los deportes no son lo suyo y se ha caído en la clase de gimnasia. En la academia no tienen clase y aprovechan para probar el nuevo submarino Skidbladnir, pero quieren ir más allá y entrar en el peligroso mar digital.

Odd se ha vuelto a enamorar y ha dejado a Melanie por Camille. Jeremy sigue preocupado por los ataques de Xana y quiere poner a su nivel al resto del equipo, quiere darles un cursillo intensivo para poder sustituirle al mando de su superordenador.

Odd no ha ido a clase y Aelita ha mentido para disculparle pero el resultado ha sido un castigo del director para los dos.Esto complica los planes para detener a Xana porque quieren explorar la esfera de la red con el nuevo submarino, cuanto antes.

Jeremy quiere poner en forma a sus amigos para prepararles para las batallas de Xana. Acuden al profesor de gimnasia, porque según cuenta ha entrenado a cuerpos especiales. Mucho antes de lo que piensan tendrán que poner en práctica lo aprendido.

En los informativos informan de la poco probable colisión de un cometa contra la Tierra. Jeremy está preocupado porque hay una torre activada, lo que le indica que Xana ha usado un satélite para cambiar el rumbo del cometa, y provocar así una peligrosa lluvia de meteoritos.

Todos los chicos, menos Yumi, se van de acampada al lago con el resto de compañeros de la academia. Yumi será la encargada de vigilar Lyoko. Xana decide actúar en el lago y electrocutar a guerreros y acompañantes.

Jeremy sigue intentando recuperar por todos los medios a William. Esta vez se basa en los rastros digitales que se dejan sin pretenderlo cuando alguien entra en Lyoko. Piensa que tal vez utilizando el skidbladnir puedan seguir el rastro del compañero perdido. Ahora es Yumi la que tiene problemas.

Jeremy quiere aplicar el principio de sincronización al superordenador, quiere materializar a los guerreros en la tierra desde la red. Deciden probarlo esa misma noche. Entretanto a Yumi no se le pasa el enfado porque Ulrich ha olvidado hacerle un regalo por su cumpleaños.

Los guerreros de Lyoko quieren destruir el superordenador de Xana en el sector de la jungla esa misma noche, gracias a que Odd destruyó el campo de energía que lo protegía en su último viaje virtual. Piensan que será coser y cantar pero se van a encontrar con muchos problemas, entre ellos una fuga masiva de arañas gigantes.

Sisi, la hija del director de la academia sospecha que algo raro ha pasado con William. Para salir del paso Yumi le cuenta que está muy enamorado de ella, pero es difícil continuar con semejante mentira. Por otra parte, Odd decide llevar a su perro Kiwi a Lyoko, lo que no sabe son las graves consecuencias de su osadía.

El clon de William sigue dando problemas y levantando sospechas por toda la academia. Jeremy está muy preocupado por ello, intenta mejorarlo y que no tenga capacidad alguna de llevar la iniciativa. Se lo cuenta a sus amigos, él no sabe que alguien muy interesado les está escuchando.

Han llegado las vacaciones de Navidad y en la academia todos los chicos se van a pasarlas con sus respectivas familias. Todos menos Aelita que no tiene a dónde ir, a su madre la han secuestrado y su padre sigue en manos de Xana. Ya sola, de regreso a su cuarto se encuentra con una gran sorpresa: a través del ordenador su padre intenta comunicarse con ella.

A Odd se le rompe un espejo y Ulrich le advierte que serán siete años de mala suerte. No le hace demasiado caso porque no es supersticioso, aunque a decir verdad empieza a salirle todo mal. A él y a todo el grupo: vuelven a la base militar de Nuevo México y les atacan garrapatas, pero esto no es lo peor: todos tienen un virus del programa de materialización.

A Jeremy le ha tocado un vuelo en un caza durante unas maniobras. Todos le felicitan por la suerte que ha tenido pero a él no le hace mucha ilusión aunque se ve obligado a ir por los demás . Mientras vuela el piloto pierde la consciencia, lo que hace sospechar al chico que Xana está detras de todo ello.

Una amiga islandesa de Sisi viene a la academia. Según los chicos es espectacular y no dejan de admirarla ante el estupor de las chicas del grupo. El que tiene más suerte es Odd, que se enamora perdidamente y ella decide salir con él . Está tan enamorado que la lleva a la fábrica y casi le cuenta "su secreto".

Los guerreros de Lyoko han tenido que abortar una misión y encima Kiwi está haciendo de las suyas y su dueño Odd no le busca ninguna solución. Los demás le exigen que se lo lleve a vivir a la fábrica y accede a regañadientes. La solución no parece que tenga buenos resultados: peligrosas réplicas de perros mecánicos aparecen por todas partes en la academia.

Inspección sorpresa en la academia. Odd está muy preocupado, teme que descubran a Kiwi. Como no ha dado resultado dejarlo en la fábrica, intenta que Yumi se lo lleve a casa. Lo consigue gracias a su persistencia, pero lo deja al cuidado de su hermano pequeño.

Novedad en la academia y gran sorpresa para Jeremy. Su primo Patrick ingresa en la escuela y momentáneamente lo acomodan en su cuarto. Lo que desagrada enormemente a Jeremy porque estropea sus planes y tiene miedo de que descubra sus importantes secretos.

La nueva estrella de Kadic se llama Aelita. Hoy tiene su primer concierto como telonera de Los Subdigitales. Está muy nerviosa porque le piden autógrafos y sale en las portadas de las revistas locales. Odd está dispuesto a todo para conseguir una entrada para su nueva novia, y Jeremy sigue trabajando en las réplicas.

Aelita y Jeremy vuelven a la casa que esta última compartió con su padre antes que desapareciese en el mar digital. Jeremy está convencido que pueden encontrar algo que les sea de utilidad para luchar contra Xana, y lo encuentran: una foto en la que de fondo aparecen fórmulas matemáticas que podrían ser programas del superordenador. Pero la fotografía les trae más de un problema.

Odd estrena su película en la academia y sus padres ya han anunciado que vendrán al estreno, cosa que a Odd no le hace mucha gracia a pesar de que reconoce que tiene unos padres "perfectos". Una vez hechas las presentaciones, justo antes de la proyección, Xana activa una torre y comienza a utilizar los móviles de padres y de profesores para sus malévolos planes.

En la revista de la academia aparece una foto de Yumi vestida de rosa y con peluca.La guerrera de Lyoko no puede soportar que todo el mundo la vea así e intenta averiguar quien ha sido el autor de semejante atropello. La venganza de Yumi está cerca.

Jeremy tiene una gran idea para acabar definitivamente con Xana: un virus múltiple, pero por ahora no está dando resultado y se concentra en hallar la manera de liberar urgentemente a William su clon levanta todo tipo de sospechas y sus padres vienen a verle a la academia.

Desde que ha vuelto de la red digital, William está fuera de lugar. quiere ayudar a los guerreros de Lyoko en sus misiones, pero estos no se lo permiten, no se fían de él y quieren que no se acerque a la fábrica, aunque no lo consiguen.

Los chicos están muy desanimados después de perder al padre de Aelita. Sisi coloca a Ulrich un mini GPS para averiguar su secreto, es hora de apagar para siempre el superordenador pero, a excepción de Yumi, los chicos no quieren romper con su pasado por diferentes motivos.