2B es una unidad que participa en una misión que tristemente sale mal y eliminan a todo su equipo. Ella intenta seguir con su misión, donde conoce a 9S.

Mientras la humanidad está en la Tierra luchando hasta la muerte y desesperada por falta de ayuda, finalmente llegan 2B y 9S.

Tras recibir la ayuda, los humanos llevan a 2B y 9S hasta el campamento de la resistencia, donde conocerán a más gente aún. Luego irán al desierto a buscar más pistas.

2B y 9S empiezan a investigar acerca de los cadáveres de los androides que vieron anteriormente.

Debido a un encargo de la resistencia, 9S y 2B tendrán que ir a una aldea de máquinas para nada convencionales.

Lily le cuenta a 2B una historia de su pasado, una historia sobre la cooperación entre YoRHa y la resistencia.

2B y 9S van a ayudar a Pascal para encontrar a una máquina que se ha perdido. Pese a las reticencias de 9S, 2B sigue empeñada en querer ayudar.

La aparición de A2 solo genera más dudas en las cabezas de 2B y 9S, que no dudan en informar al centro de mando.

Mientras 9S sigue buscando pistas, aparece Adán y lanza un ataque sobre el androide. Por otra parte, 2B solicita ayuda, y al no recibirla va a buscar a 9S por su cuenta.

9S se está recuperando del ataque de Adán, así que mientras tanto 2B recibe una misión alternativa.

Aparece una nueva y terrible amenaza en forma de máquina gigante a la que parece que nada ni nadie puede hacerle frente.

2B y 9S hacen frente a la última amenaza aunque haya que pagar un precio demasiado elevado.

9S y 2B se topan con una androide de la resistencia que les pide ayuda. Al ofrecérsela, 9S descubrirá la existencia de un modelo YoRHa que desconocía y que le generará nuevas preguntas.

Los androides lanzan un ataque general para aniquilar a las máquinas por orden de la Conferencia de la Humanidad. Los tipo S están encargados de incapacitar las defensas aéreas de las máquinas, pero el pirateo no saldrá como esperan.

YoRHa sigue luchando contra las máquinas en la Tierra, pero son demasiadas. 2B y 9S se ven forzados a usar sus cajas negras para destruir a sus enemigos y volver al búnker, donde les espera una escena desoladora.

2B y 9S vuelven a la Tierra, donde se encuentran con más unidades YoRHa infectadas. Acaban separándose, pero ¿podrán encontrarse de nuevo?

Una nueva operación de la unidad YoRHA con una nueva nave se complica cuando las máquinas atacan en pleno descenso, aunque los rescatan unos viejos androides.