En Kioto, Nio es un niño que trabaja en un restaurante con la familia que lo adoptó. Un día, llegan dos hombres sospechosos que cambian su forma de ver el mundo.

Nio finalmente conoce al resto de los Miburo, pero aún no tiene muy claro qué es la justicia ni qué es lo que debería significar para él ni cómo aplicarla para cumplir su cometido de crear un mundo mejor.

Nio conoce a Taro, otro niño de los Miburo que se encarga de varias tareas menores en la residencia. Sin embargo, cuando Serizawa les comunica a sus compañeros que mató a Tonouchi, Nio y Taro deberán afrontar la gran tarea de deshacerse del cadáver.

El entrenamiento matutino de los Miburo anima a Nio a seguir demostrando su valía como nuevo integrante del grupo, lo cual lo lleva a competir con Saito, un chico de su edad muy diestro con la espada.

Ha habido una seguidilla de asesinatos en Kioto, todas las víctimas han sido hombres de Aizu y les han arrebatado los ojos. Katamori Matsudaira, señor de Aizu en Kioto, llama a los Miburo para que se encarguen del caso.

Nio y Hajime se encuentran con uno de los cinco asesinos que han estado atacando a los samuráis de Aizu. Nio quiere resolver la disputa con palabras, pero Hajime está listo para atacar.

Nio tiene la certeza de que fue Seto quien envió al asesino tras ellos la noche anterior, por lo que parte a encararlo con Taro.

Los Miburo trabajan juntos para dar con los últimos tres asesinos sueltos. Nio tendrá que enfrentarse a sus miedos para poder capturar a uno de ellos.

Los Miburo celebran que ahora trabajan para Aizu compitiendo para ver quién puede beber más. Cuando quedan pocos en pie, Serizawa le hace una pregunta a Hijikata que hace que Nio empiece a cuestionarse algunas cosas sobre su propia vida.

Nio, Taro y Hajime siguen en el local de dangos y deben tolerar las exigencias de un joven cliente muy peculiar, pero las cosas se ponen serias cuando un espadachín viene por su cabeza. ¿Quién es este joven y por qué lo atacaron?

Por un descuido, el plan de Nio para sacar al shogun del local de dangos no resulta como querrían y deben enfrentarse al hombre de blanco que tanto querían evitar.

Nio arriesga la vida en un intento por ganar tiempo para la huida de Iemochi, pero el shogun no se ve capaz de abandonarlo. Cuando todo parece perdido, Hijikata se une a la batalla. Pero ¿será capaz de derrotar al asesino de blanco?

Un herido Nio despierta en una lujosa cama en el castillo de Nijo. Tras una noche de inquietantes ruidos, Kikuchiyo le hace una sorprendente oferta: abandonar a los Miburo y trabajar directamente para él.