11º año de la Era Meiji en el centro de Tokio. Kaoru Kamiya, el maestro en funciones del estilo 'Kamiya Kasshin-ryu', estaba persiguiendo al 'Hitokiri Battosai', quien afirmaba ser un usuario de su estilo de espada. Una noche, Kaoru conoce a un hombre que lleva una espada. Inmediatamente, cuestiona al hombre, pero él parece no tener absolutamente ninguna voluntad de pelear. '¿Es este el rumoreado Hitokiri Battosai?' Mientras Kaoru observa dudosamente, el hombre se presenta como Kenshin Himura, un 'Rurouni'.

Finalmente Kenshin accede a quedarse en el dojo de Kaoru. Un día, haciendo recados por la ciudad, conocen a un joven llamado Yahiko.

Yahiko tiene problemas con un grupo de rateros y Kenshin acude en su ayuda. Eso hará que acabe uniéndose a la escuela de Kaoru.

Llega a la ciudad un hombre con una fuerza casi sobrehumana y amante de las peleas que se gana la vida como mercenario.

Kenshin y Zanza siguen con su duelo, presentándonos el pasado del beligerante joven y el motivo de su odio hacia los patriotas.

Un asesino conocido como «Sombrero Negro» está cazando patriotas, así que el comisario pide ayuda a Kenshin para capturarlo.

Jin'e secuestra a Kaoru para forzar a Kenshin a volverse el asesino que era antaño y matarlo en su momento de máximo esplendor.

Cuando Sanosuke se lleva a Kenshin a apostar un poco, el destino quiso que se encontraran con la misteriosa Megumi.

Después de que Kenshin y Sanosuke protejan a Megumi, una casualidad hará que por fin todos conozcamos cuál es su pasado.

Takeda Kanryu sigue insistiendo en llevarse a Megumi aunque sea por la fuerza, pero es ella quien decide por voluntad propia entregarse.

Kenshin y compañía se lanzan a rescatar a Megumi, pero allí los esperan los tipos más importantes del oniwaban-shu, entre ellos Hannya y Shikijo.

El último escollo para Kenshin es Aoshi, un samurái con una fuerza y una habilidad realmente increíbles.

Kanryu está usando su ametralladora para acabar con todos los que le hagan frente, así que Kenshin deberá hacer algo si quiere salir con vida.

Yahiko últimamente desaparece y nadie sabe a qué se debe. De pronto se lo encuentran trabajando en el Akabeko y surgen más dudas aún.

Ha aparecido un hombre enorme con una fuerza equiparable a su tamaño y va destruyendo los dojos más importantes de la ciudad. Y casualmente Kenshin presencia uno de los duelos que libra.

Yutaro sigue obsesionado con vencer a Yahiko, aunque resulta que oculta un secreto muy importante sobre su dominio de la espada.

Kenshin y Raijuta van a enfrentarse después de que ese triste accidente acabara afectando a la vida de Yutaro.

Hay un artista muy famoso por la zona que parece ser que tiene algún tipo de vínculo pasado con Sanosuke.

Sanosuke decide unirse a Tsunan para iniciar el ataque contra el ministerio, pero Kenshin no está dispuesto a permitirlo.

Kenshin les cuenta a sus amigos una historia de su pasado mientras recorría la ciudad de Yokohama.

Kenshin sigue narrando su historia desde que conoce el gran secreto de Elder.

Un viejo fantasma del pasado de Kenshin hace acto de presencia en Kioto, y no con buenas intenciones precisamente.

Después de dar un primer aviso atacando a Sanosuke, Saito vuelve a aparecer en el dojo con la intención de ver a Kenshin y saldar cuentas.

La aparición de Okubo hace que el enfrentamiento entre Kenshin y Saito se detenga abruptamente. Y entonces, Okubo le cuenta la realidad de su plan.

Después de la partida de Kenshin a Kioto, los demás se preparan a seguirlo. Saito trata de intimidar a Sanosuke y Yahiko para que no los sigan, pero falla. Y Megumi habla con Kaoru.

Megumi halla el dojo abierto y se encuentra con Aoshi Shinomori, quien sigue persiguiendo a Kenshin. Por otro lado, en la carretera Tokai, este conoce a una chica que busca a Aoshi.

Mientras Sanosuke, Kaoru y Yahiko se dirigen a Kioto por sus medios, Kenshin y Misao se adentran en las montañas de la carretera Tokai. Ahí se topan con una aldea bajo el control de Shishio.

Saito se reúne con Kenshin en la aldea Shingetsu y van a la mansión donde Shishio se hospeda. Ahí este les habla sobre su ambición de conquistar Japón y llama a Senkaku para que luche contra ellos.

Mientras Shishio huye hacia Kioto, Sojiro se interpone en el camino de Kenshin. Por otro lado, Eiji intenta asesinar a Senkaku para tomar venganza, pero Saito le da una lección.

Sanosuke se pierde camino a Kioto y se encuentra con un monje llamado Anji, quien practica una poderosa técnica con los puños. Sanosuke le pide que se la enseñe, pero le pone una grave condición.

Kenshin y Misao llegan a Kioto. Ahí los recibe Okina, un veterano espía de los oniwaban, quien les ofrece su ayuda. Kenshin le pide que halle al herrero que forjó la espada inversa para reponer la rota.

Mientras Kenshin, Okina y Misao piensan cómo conseguir otra espada de filo invertido, Cho, de los Diez Espadas, va a la forja de Seiku en busca de la última obra de Shakku. Rapta a Iori y Kenshin va a su rescate.

La batalla en el santuario entre Kenshin y Cho de los Diez Espadas está que arde. Para salvar a su hijo, Seiku se arriesga y le lanza a Kenshin la última espada de su padre, que resulta ser...

Después de obtener la verdadera forja de la espada de filo invertido, Kenshin recuerda la primera vez que blandió la anterior para proteger a unas personas de unos malhechores en el año 4 de la era Keio.

Okina informa a Kenshin del paradero de Seijuro Hiko, que resulta ser el maestro que le enseñó el Hiten Mitsurugi-ryu. ¿Para qué necesita verlo? Misao y Kaoru se encuentran por casualidad.

Seijuro le pregunta a Kaoru y Yahiko sobre la vida de Kenshin en Tokio. Aoshi se entrevista con Shishio y forman una alianza para vencer a Kenshin, lo que pone en peligro el Aoi-ya.

Misao se apresura para evitar el duelo a muerte entre Okina y Aoshi, las personas que más ama. Por otro lado, Hoji renace como un demonio shura gracias al bautismo de fuego de Shishio.

Misao toma una decisión después del duelo entre Aoshi y Okina. Por otro lado, Sanosuke y Saito interrogan a Cho, que confiesa algo espeluznante.

Mientras Seijuro recuerda cómo conoció a Kenshin, este debe descubrir el secreto para lograr dominar la técnica suprema del Hiten Mitsurugi-ryu.

El resto de los Diez Espadas llega a la guarida de Shishio. Y están listos para poner en marcha su plan para incendiar Kioto.

La facción de Shishio se prepara para incendiar Kioto. Por otro lado, Kenshin y Saito descubren el otro objetivo de su maléfico plan.

La facción de Shishio realiza los preparativos para el Gran Incendio de Kioto. Por otro lado, Kenshin se apresura para frenar su otro objetivo en Osaka.

La policía y los kiotenses, lidereados por Misao, evitan los incendios. Por otro lado, Kenshin y Shishio se ven las caras en el puerto de Osaka.

Sigue el choque entre la facción de Shishio y el bando de Kenshin para proteger la ciudad de Kioto. Kenshin se enfrenta a Aoshi en el buque de Shishio mientras Sanosuke busca cómo hacer volar la sala de máquinas, a lo que Hoji se opone…

Sanosuke encuentra la sala de máquinas del acorazado Purgatorio, pero Hoji se interpone en su camino. Las explosiones pausan la batalla. En Kioto, Usui y Anji se enfrentan ante las miradas perplejas de Kaoru, Yahiko y Misao.

Todos en Kioto afrontan la mañana con las secuelas del ataque de la facción de Shishio a la ciudad.

Kenshin y sus amigos pasan una noche tranquila antes de partir al duelo final contra la facción de Shishio.