Taichi es un niño que se prepara en casa para un campamento mientras su madre y su hermana han salido de compras, pero cuando lo que parece un ataque ciberterrorista pone en peligro el tren en el que ambas se desplazan, intentará llegar a Shibuya como sea para poder ayudar.

Taichi conoce a Yamato en el Mundo Digital, otro niño acompañado de un Digimon llamado Garurumon. Juntos intentan detener con el apoyo de Koshiro a los Digimon responsables de un ataque a los sistemas de seguridad de Estados Unidos, en especial cuando toman el control de un submarino nuclear.

Taichi y Yamato atacan para acabar con el enemigo que tienen ante ellos, pero tras la batalla, llega la hora de plantearse lo ocurrido. ¿Era todo un sueño? ¿Pudieron salvar Tokio? ¿Qué era eso?

Taichi está en el Mundo Digital, y aunque espera encontrar allí a Koshiro, es Sora la que aparece y conoce a Piyomon, una tierna Digimon que se convertirá en su compañera.

Taichi y sus compañeros llegan a un templo donde una misteriosa voz les habla de la oscuridad que se cierne sobre el mundo y de los Digimon Sagrados, los guerreros que podrán vencerla y a quienes tendrán que guiar.

Los protagonistas están buscando comida cuando encuentran un delicioso huerto, aunque no contaban con su guardiana, ¡¿una humana?!

Los protagonistas comienzan a cruzar el mar, pero un misterioso Digimon les impide seguir. Al hacer una pausa en una isla cercana conocerán a otro de los Niños Elegidos, pero no parece interesado en su aventura.

El grupo llega al Continente Cloud, donde se encuentran con Yamato y Gabumon, que quieren atravesar una fortaleza. Pese a la negativa del chico de recibir ayuda, pronto todos se verán dentro de la batalla.

Los Niños elegidos han conquistado la fortaleza, pero en ese momento son atacados por Orgemon. Koshiro llega finalmente pero el enemigo tiene un as en la manga...

Los Niños elegidos se han resguardado en el bosque tras el ataque de MetalTyranomon. Koshiro tiene un plan en el que Taichi y Agumon volverán a pelear contra el Digimon oscuro.

Tras formar dos grupos, Yamato, Gabumon, Joe, Gomamon, Mimi y Palmon deben atravesar el desierto para llegar a los Digimon Sagrados, pero este área está controlada por Scorpiomon.

Mimi y Palmon han caido por un agujero en las ruinas. Mientras Koshiro, Tentomon, Taichi y Agumon van en su busca, un nuevo enemigo las ataca.

Yamato, Gabumon, Joe, Gomamon, Sora y Piyomon han llegado a una gran jungla, donde ven a los Funbeemon ser secuestrados por unos Waspmon y llevados al interior de Cannonbeemon.

Taichi, Agumon, Mimi, Palmon, Koshiro y Tentomon se encuentran dentro de un laberinto natural de piedra, donde son atacados por una horda de Kuwagamon.

Mientras atraviesan una montaña helada, Yamato, Gabumon, Joe, Gomamon, Sora y Piyomon son atacados por los Digimon de hielo.

Tras haber atravesado una cueva, Taichi, Agumon, Mimi, Palmon, Koshiro y Tentomon parecen haber regresado a Tokio, y deciden tomar el Metro para volver a sus casas. Pero pronto se darán cuenta de que algo no funciona en "su mundo"...

Los Niños Elegidos han derrotado a Eyesmon, pero este ha evolucionado en Orochimon y es demasiado fuerte para ellos.

Cuando su enemigo parecía derrotado, los Niños Elegidos deben enfrentarse a su evolución definitiva: Nidhoggmon.

Sora, Koshiro Izumi, Mimi y Joe han desaparecido por culpa de la tormenta. Mientras tanto, Taichi y Yamato, que siguen en el Mundo Digital, se cuelan dentro de Valvemon.

Takeru, el hermano menor de Yamato, ha aparecido inesperadamente en el Mundo Digital, cautivo de un poderoso Digimon. Con ayuda dek ejército de Leomon, Taichi y Yamato intentarán salvarle.

El Digimon sagrado se ha vuelto a convertir en un Digihuevo. Taichi y Yamato persiguen a SkullKnightmon. Entretanto, los demás Niños Elegidos han regresado a Tokio, y deben luchar en remoto con sus compañeros Digimon que siguen en el Mundo Digital.

Taichi, Yamato y Takeru se han introducido en la fortaleza que es Eldoradimon para salvar el Digihuevo de Takeru, pero para ello deben terminar con DarkKnightmon. Además, sus compañeros deben derrotar a Camalaramon para evitar que varios buques se estrellen contra la bahía.

Taichi y Yamato mantienen una feroz batalla contra Devimon, mientras que los buques están cada vez más cerca.

Gracias a que el grupo de Koshiro destruyó el obelisco que estaba transfiriendo energía al mundo digital, Taichi y los demás derrotaron a Neodevimon por fin. Sin embargo, Taichi lucha contra los abrumadores poderes de Donedevimon.

¡El Continente Cloud en realidad era un continente flotante! ElDoradimon cae hasta la superficie del Mundo Digital, con Taichi y compañía a su espalda. Tanto los niños como ElDoradimon no pueden hacer nada para evitar caer al basto océano. Mientras tanto, en el Mundo Humano, Izzy intenta parar a los barcos fuera de control.

Mientras Taichi, Yamato y Takeru se enfrentan a nuevos Digimon que llegan en hordas en el nuevo continente, Koshiro, Joe, Sora y Mimi intentan solucionar la crisis con los barcos descontrolados en el mundo real.

Los niños vuelven a reunirse en una situación desesperada, pero por fin avistan el nuevo continente. Aunque lo que les espera allí son más enemigos, más poderosos y capaces de cosas que nunca habían visto antes.

Completamente rodeados por Digimon hostiles, los niños se han visto separados y tienen que reunirse una vez más, pero tendrán que abrirse paso como puedan entre enemigos formidables.