En Chaldea Security Organization, el último Maestro de la humanidad Ritsuka Fujimaru y su Servant Mash Kyrielight han viajado a través de seis regiones de diferentes épocas para recuperar su futuro perdido debido a la "incineración de la humanidad" causada por el Rey Mago. Y ahora, para reparar la Singularidad final, la pareja se dirige a la antigua Mesopotamia. Tan pronto como aterrizan en esas tierras donde los dioses existen todos los días, son asaltados por una abrumadora cantidad de Bestias Demoníacas. Y con la misma rapidez, una hermosa niña desciende del cielo.

Fujimaru y Mash se dirigen a Uruk, liderados por un joven llamado Enkidu que se ha ofrecido como voluntario para ser su guía. Sin embargo, dentro del bosque profundo, Mash siente una sensación ominosa en el aire mientras Enkidu camina por un camino diferente al de su destino. Ante ellos, una pareja distante, un hombre y una niña, aparece ante ellos. Y con una frase del hombre, los secretos ocultos de Enkidu salen a la luz ...

El séquito de Fujimaru tiene una audiencia exitosa con el sabio rey Gilgamesh gobernando Uruk. Fujimaru le sugiere a Gilgamesh que quiere recibir el Santo Grial que está causando esta Singularidad a cambio de derrotar a la Alianza de las Tres Diosas que está poniendo a toda Mesopotamia en pánico. Sin embargo, Gilgamesh declara que no necesitará la ayuda de Chaldea para que Uruk enfrente sus peligros. La situación se vuelve extremadamente delicada, pero luego, Ishtar, la deidad patrona de Uruk, de repente se inmiscuye en ellos y todos terminan en batalla.

Fujimaru recuerda sus viajes en las otras Singularidades, particularmente el arrepentimiento que siente por aquellos a quienes no pudo salvar. Fujimaru se encuentra cuestionando sus decisiones. Mientras tanto, Gilgamesh lo envía a investigar la ciudad de Ur bajo las órdenes reales.

Fujimaru y compañía están estupefactos por la repentina visita de Gilgamesh a la embajada caldea. Allí, se les da una nueva solicitud del rey que es investigar el Golfo Pérsico. Merlín y Ana no pueden unirse porque no tienen permisos de viaje. En otras palabras, este será el primer viaje de Fujimaru solo con Mash en un tiempo. Pero allí estaba sentado el noble rey, recitando un poema e inclinando la cabeza en contemplación. Divirtiéndose con historias del pasado, el viaje de Fujimaru y la compañía finalmente se convertirá en uno animado.

Al finalizar la investigación en el Golfo Pérsico, Fujimaru y compañía reciben una nueva orden del rey. La nueva orden es recuperar una tableta de arcilla que Gilgamesh había perdido previamente en la ciudad de Kutha. Kutha era una ciudad que desapareció repentinamente después de la aparición de las tres diosas, donde todos los ciudadanos habían fallecido. En una ciudad tan tranquila, el séquito decide dividirse en busca de la tableta. Fujimaru de repente se adentra en un mundo muy helado. Es lo que la gente llama "el inframundo", un espacio separado del mundo físico.

Fujimaru recupera con éxito la tablilla de arcilla de Gilgamesh y, sumido en un profundo sueño, recuerda su encuentro con el Rey de los Magos en Londres, la Cuarta Singularidad, que renueva su comprensión de la importancia del Santo Grial final. Mientras tanto, Merlín sospecha que las Bestias Demoníacas del Muro Norte están planeando un ataque a gran escala y lleva a Fujimaru y compañía al Muro Norte. Allí ven a un pelotón comandado por Leonidas I que lucha. Una vez allí, Fujimaru y compañía escuchan de Ushiwakamaru que la comunicación con la ciudad fortaleza de Nippur al norte se ha cortado, y se dirigen hacia Nippur.

Fujimaru y su séquito, con el fin de rescatar a las personas que quedaron en la ciudad fortaleza de Nippur después de que se cortaron las comunicaciones, comienzan su batalla contra el falso Enkidu que los había estado esperando. Con la ayuda de Fou, de alguna manera estaban logrando mantener las cosas uniformes, pero en medio de la batalla, finalmente aparece la Diosa de las Bestias Demoníacas. Incluso Merlín está al borde de su ingenio enfrentando su abrumador poder. Mientras tanto, Ushiwakamaru y Leonidas I entablan una batalla espectacular, enfrentándose desafiantes a la Diosa de las Bestias Demoníacas. Para superar la situación en la que es difícil asestar un golpe hiriente, los dos sirvientes desatan sus Noble Phantasms con una resolución desesperada.

Fujimaru y su séquito han perdido a Ushiwakamaru y Leonidas I. Al recibir el informe del grupo que regresó al zigurat, Gilgamesh decide que es necesario conquistar a las tres diosas en cierto orden para luchar contra Gorgona, y ordena a Fujimaru que primero convierta a Ishtar en una aliado. Con un "plan secreto" dado por Gilgamesh en la mano, Fujimaru y compañía se dirigen al templo de Ishtar.

Fujimaru y compañía saludan a Ishtar a sus filas sin problemas, y obtienen información de Gilgamesh sobre la clave para derrotar a Gorgon, "el Hacha de Marduk" escondido en Eridu dentro de la jungla del sur.

Fujimaru y compañía hacen que Jaguar Warrior se unan fácilmente a sus filas y se reencuentran con los soldados de Uruk, que se cree que están todos muertos, en las afueras de Eridu.

Debido al exceso de trabajo, Gilgamesh se encuentra en los brazos del sueño eterno. Fujimaru y los demás están impactados por la noticia. También escuchan de Siduri que ha habido muchos informes de muertes por debilidad dentro de Uruk. Pensando que un miembro de la Alianza de las Tres Diosas es la causa de todo, se dirigen al inframundo con Ishtar para derrotar a la diosa de la tierra de los muertos y liberar el alma de Gilgamesh.

Fujimaru se enfrenta a Ereshkigal, la diosa del inframundo, y le ruega que se una a él para ayudar a salvar a Uruk. Indignado, Ereshkigal se niega y ataca a Fujimaru y sus compañeros. Con la ayuda de Gilgamesh e Ishtar, Fujimaru nuevamente intenta persuadir a Ereshkigal, sin embargo ... la diosa opta por cumplir con sus deberes asignados.

Después de hacer las paces con Ereshkigal, diosa del inframundo, Fujimaru y los demás regresan a Uruk para encontrar a Gilgamesh, quien ha regresado a la tierra de los vivos. A medida que se acerca la batalla final con Gorgon, Gilgamesh propone una estrategia que puede darles la oportunidad de ganar.

Con el Hacha de Marduk, el grupo de Fujimaru logra debilitar a Gorgon reduciendo su Divinidad. Habiéndose abierto un camino para ellos mismos, finalmente llegan a las profundidades del Fuerte de Sangre. Allí, Gorgon dice que se vengará destruyendo a la humanidad. Ana desata su propia divinidad, hasta ahora reprimida, contra Gorgona

¡Los Laḫmu atacan a Kingu y le roban el Santo Grial de su cuerpo! Después de ser robado del Grial, Kingu escapa desesperadamente al bosque. Sin embargo, los Laḫmu lo descubren allí, por lo que se prepara para enfrentar su destino. Pero en ese momento, Kingu es testigo de algo más allá de la comprensión ... Al mismo tiempo, Fujimaru y compañía persiguen al Laḫmu que ahora está en posesión del Grial, pero un Sirviente que se creía muerto hace mucho tiempo parece bloquear su camino.

El poder del Grial, ahora en manos del Laḫmu, ha transformado el Golfo Pérsico en la Marea del Caos. Cualquier ser vivo que toque este mar se transforma instantáneamente en una Bestia Demoníaca. A medida que la Marea del Caos avanza hacia Uruk, Fujimaru y compañía forman un plan desesperado para destruir Tiamat como último esfuerzo para salvar la ciudad.

Fujimaru, Mash y las diosas disfrutan de un último momento de paz en vísperas de la batalla final. Esa misma noche, Kingu alcanza la cima del zigurat. Tan gravemente herido que ya no puede mantenerse en pie, mira hacia arriba para ver una figura que se cierne sobre él ... Al amanecer, el rey Gilgamesh les da a Fujimaru y sus compañeros unas últimas palabras de aliento. ¡Su ataque a Tiamat comienza ahora!

Cuando Tiamat se niega a ser derrotada incluso después del desesperado ataque de Quetzalcoatl, Gorgona hace su aparición. La recién llegada desata su devastador Noble Phantasm para destruir las alas de Tiamat, pero no puede detener su avance hacia Uruk.

Tiamat cae al inframundo, pero allí se transforma en uno de los males de la humanidad: Bestia II. Hassan-i Sabbah, el primer Viejo de la Montaña, interviene y usa su poder como Gran Asesino para privar a Bestia II de su inmortalidad.

Fujimaru y compañía finalmente lograron derrotar a Beast II, aunque esta victoria fue obtenida con muchos sacrificios. Todo el grupo está herido y cansado de la batalla, y mientras hacen un balance de las consecuencias, ven que Uruk está al borde del colapso. ¿Qué les traerá el final de su viaje?