Llega el día en que las vendas de Accelerator se desprenden después de recibir un disparo en la cabeza, y Last Order está ansiosa por celebrarlo. Un arma secreta es robada de una instalación de investigación atmosférica, y los culpables parecen estar apuntando a Accelerator con ella.

Una chica de secundaria intenta suicidarse, pero se encuentra a merced de un grupo fanáticos que se hace llamar "DA". Cuando una joven que lleva una foto de Last Order es perseguida por el hospital, Accelerator decide averiguar por qué.

Accelerator y Esther llegan a un almacén donde solía estar encarcelada y se encuentran con Qiong Qi, un ataúd operado por Mikihiko Hishigata que usa uno de los encantos de la familia Rosenthal que son parte de las almas artificiales llamadas Números. Mikihiko se retira después de una pelea entre él y Accelerator.

Huotō posee el cadáver de Hasami y ayuda a Accelerator a lidiar con los agentes del DA. Uno de ellos escapa y toma como rehén a Misaka #10046. Kazari Uiharu y Ruiko Saten discuten una leyenda urbana sobre un tren que continúa funcionando sin detenerse en ninguna estación, que reveló ser el escondite móvil de uno de los miembros de la Junta Directiva de Ciudad Academia llamado Rizō Nakimoto. Rizō contacta al enlace de la organización del lado oscuro Scavenger para que erradiquen a DA debido a que sus acciones recientes causan molestias.

Los Anti-Skill asaltan una fábrica de suplementos, donde DA la usó como su escondite, y los superan en número, pero DA logra contraatacar con su máquina Tarántula. Durante la pelea, Aiho nota que un grupo de DA se retira con una bolsa para cadáveres que contiene a Misaka #10046 y los detiene.

Uno de los operativos Scavenger llamado Naruha Sakuragi lucha contra Huotō y la abruma con su habilidad para manipular papel en formas y tamaños. Accelerator llega antes de que Naruha acabe con Huotō.

Después de la pelea, Esther felicita a Accelerator por no matar a los carroñeros a pesar de su gran poder y se ofrece a ser su alumna, mientras una mujer misteriosa los observa a través de una cámara de vigilancia. Más tarde se encuentran con tres ataúdes operados por la misteriosa mujer, que se revela como la hermana menor de Mikihiko llamada Hirumi.

La historia nos lleva un poco al pasado, justo después de que Hishigata y Hirumi colaborasen con Esther en la investigación del Nivel 6.

Accelerator inicia su ataque con la firme intención de que Hishigata no logre crear el primer ser Nivel 6, aunque para ello deba enfrentarse a numerosos obstáculos.

Al fin se ha cumplido el anhelado deseo de Hishigata y ha finalizado sus planes para convertir a Hirumi en otro ser, el problema es que no todo salió como esperaba.

La creación del gólem perfecto sigue adelante y está cada vez más cerca de ser una realidad. Accelerator y los demás tendrán que luchar contra el tiempo y contra el monstruo si quieren evitarlo.

Isaac sigue reuniendo poder mientras Accelerator y el resto intentan detenerlo. ¿Será Esther capaz de poner fin a lo que ella misma creó sin tener en cuenta las consecuencias?