Grachi va por primera vez a la Escuela de Brujos. Entra a través de los lockers' de Escolarium, y cuando la puerta la "absorbe" Daniel cree que le pasó algo malo. En la escuela Grachi se encuentra con Tony quien le explica que la escuela está en una dimensión mágica, que hay estudiantes de todo el mundo, y que mientras estén ahí nadie nota su ausencia en el mundo normal. Grachi tiene un día horrible en el colegio, todos se burlan de que es La Elegida.

Las paredes del hueco negro se detienen y llega El Tin, el guardián de las cosas perdidas, que desaparece de allí a Grachi y Axel pero sin la peluca de Mirna. Daniel y Tony confrontan por Grachi y Daniel termina en dirección. Mientras tanto, Diego sigue ansioso por no saber nada de Matilda. Luego, Lucía increpa a Rosa porque publicaron una foto suya en su blog. La culpable es Mía, que quiere un blog más sensacionalista.

Grachi tiene una pesadilla en que alguien le roba un collar. En medio de otro sueño medieval, Grachi pierde el collar y Axel promete recuperarlo. Esta vez, el sueño es de Axel. Daniel está seguro de que los terribles lo encerraron. Vemos que Axel dibuja el collar con el que soñó Grachi. Leo vuelve al colegio. Jura que es un chico cambiado y quiere volver a los Tiburones.

Grachi y Daniel tienen una tarde romántica por su aniversario. Leo le confiesa a Valeria que construirá la máquina del tiempo y también le muestra un frasco de pintura invisible. Úrsula se pone muy triste al saber que Matilda no volverá. Mientras tanto, Las Panteras le dicen a Diego que Matilda rompió con él. Diego queda abatido. También, Mía convence a Rosa para tener su propio blog. Francisco descubre a Grachi y Daniel a punto de besarse, y se enoja mucho con él.

Daniel se va ofendido de la casa de Grachi, pero Ricardo lo convence para que hable con Francisco. Mía y Axel se reencuentran en plana calle. Axel le dice que fueron juntos a la Escuela de Brujos, pero ella no se acuerda. Luego empieza a creer que tiene poderes e intenta hacer magia pero no puede. Luis planea una broma para Melanie, pero le cae a Francisco: un balde lleno de yogur en la cabeza.

Grachi se pone el chapstick' y se enamora instantáneamente de Tony. Grachi le dice a Tony que está enamorada de él. Tony la quiere besar pero Grachi le dice que antes debe terminar con Daniel. Tony le recuerda que debe usar siempre protector labial. Lucía y Valeria confrontan a Rosa por los chismes que publica. Luego, Leo intenta volver a nadar pero no puede tirarse al agua, tiene malos recuerdos de cuando quedo hundido en el lago.

Mía le muestra el video a Daniel y él cree que es falso. Daniel va a casa de Grachi a pedirle explicaciones y Grachi le confiesa que el video es verdadero, y le dice que ama a Tony. Katty tiene planeada una cena romántica con Chema por cámara pero Chema no se conecta, rompe con ella por mensaje de texto. Mía se encuentra con Amaya, quien la saluda cariñosa. Mía no la recuerda. Axel congela a Mía un instante y le dice que no recuerda nada de su vida de bruja.

A Mía le suceden cosas que le hacen creer que tiene poderes. Sebastián y Carlos, sin querer, usan el chapstick' de Grachi. Los dos corren al 7 a decirle a Tony cuánto lo quieren. Tony se pone nervioso porque Grachi está ahí, sin ponerse protector, y no se puede sacar de encima a los chicos. Mecha y Daniel se ponen los lentes y espían, pero parece que Grachi no tiene ningún conjuro. Más tarde, el efecto del protector se va y Grachi se siente mal por haber terminado con Daniel.

Axel quiere hablar con Daniel para decirle algo importante sobre Grachi. Manu le juega una broma a Mecha, haciéndole creer que tiene un Oráculo nuevo. Valeria está feliz porque se publicó la noticia de que ella y Leo son novios. Axel le confirma a Daniel que Grachi está bajo los efectos de un conjuro, pero se niega a decirle la solución si Daniel no expulsa a Diego de los Tiburones.

Las Panteras obligan a Diego a que las lleve a la Noche de los Meteoritos. Tony amenaza a Daniel y Grachi pero Axel lo detiene. Daniel revierte un conjuro y Tony termina encerrado en un espejo. Luego, Grachi lanza el espejo con Tony al Agujero Negro, allí cae en manos de Mía y ella se lo cambia a El Tin por su memoria. Más tarde, Grachi descubre que Daniel tiene una oferta para viajar a entrenar muy lejos. Daniel le dice que no piensa ir para estar junto a ella.

Luego de la colisión, Daniel y Grachi encuentran un meteorito caído. A medida que se acerca, Grachi se debilita, y finalmente se desmaya, recuperándose cuando se aleja. Mía confronta a Axel y le dice que ya recuerda por qué cortaron. Axel le cuenta su sueño sobre Grachi a Manu, que se burla. Grachi convence a su papá de invitar a Daniel a desayunar para darle una oportunidad. Daniel convence a Leo de que no existió un meteorito caído y lo va a buscar

Daniel nunca llega al desayuno con Grachi. Francisco se pone furioso con él. Daniel, impactado por el cambio de cuerpo, finge que viaja a la escuela de natación. Luego, Ricardo le cuenta a Grachi que Daniel viajó muy lejos. Grachi queda abatida. Mecha recibe una nota del consejo de Brujas, debe cuidar un huevo por 48hs para entrar a La Escuela de Brujos.

Daniel y El Tin revisan un libro sobre meteoritos y descubren que el meteorito transformó a Daniel. Si le dice a alguien quién es, se quedará así para siempre. Su única oportunidad es volver a meterse en el meteorito. Además, el Tin le confirma que el meteorito le saca poderes a las brujas. Más tarde, Grachi le hace creer a Los Escorpiones que está enamorada de Axel para burlarse de él. Los Tiburones le proponen a Mía ser una tiburona. Mía acepta.

Grachi sigue muy triste por Daniel. Francisco habla con ella acerca de la ida de Daniel, comparten un lindo momento de padre/hija. Mientras tanto, Chow Mein va a comer con Leo al Laboratorio y se entera de los lentes falsos, que Leo tiene branquias, y que odia al verdadero Daniel, pero aún así acepta ser amigo de Leo. Daniel siente pena porque Leo esté tan solo. Al día siguiente, el Inspector llega a Escolarium.

Grachi ve a Chow Mein y le parece que lo conoce de algún lado, pero Daniel-Chow Mein lo niega categóricamente. Mía está furiosa porque Escolarium canceló las actividades no-académicas y, por ende, no puede hacer su debut como capitana de los Tiburones. Axel habla con Manu y le dice que va a pasar la tarde con Grachi limpiando el salón, puesto que ambos están castigados.

Grachi escucha que Axel quitó del medio a Daniel y se preocupa mucho. Luego, Chow Mein busca el meteorito con Leo, pero descubre que ya no tiene la pulsera que lo protege y aborta la misión. También, Mía ayuda a Diego a recuperar sus poderes con una lista de misiones ridículas. Diego le cuenta a Guillermo que es un Kanay. Más tarde, Alba le dice a Mecha que la aceptaron en la EDB. Mecha se pone feliz, ahora cumplirá su sueño: Ser Guardiana.

Grachi y Chow Mein toman un licuado en La Cueva. Axel y Manu ven a un desconocido y lo intentan echar, pero Grachi lo defiende. Se le escapa una magia frente a Chow Mein y se queda muy preocupada. Leo encuentra el meteorito en su computadora y, emocionado, lo comparte con Chow Mein. Chow Mein hace que Leo le pierda su miedo al agua: el truco es que tiene que exponer sus branquias. Guillermo le confiesa a Rosa que el pelo pintado le queda mal y ella se enfurece.

Mía le echa un conjuro al inspector y logra que devuelva los fondos a Escolarium "con la condición de que Mía Novoa la capitana de los Tiburones". Grachi besa a Chow Mein y reconoce a Daniel. Grachi intenta ayudar a Daniel a recuperar su cuerpo pero sus conjuros no funcionan. Deben recuperar el meteorito y Chow Mein debe entrar otra vez en él, como dijo El Tin. Mía va a casa de Grachi y la acusa de ser mala novia, le dice que ella ayudará a Daniel.

Daniel-Chow Mein, por consejo de Grachi, se mete al meteorito antes de ayudar a las brujas. El meteorito lo devuelve a su cuerpo original. Diego destruye el meteorito y Leo se enfurece. Daniel vuelve a su casa y al colegio, solo para encontrarse con que ahora Mía es la Capitana. Mía y Grachi tienen puntos verdes en la cara y no saben por qué. A Amaya le creció muchísimo el pie. Alba le borra los puntos de la cara a Grachi y Amaya escucha una conversación y se entera de que son abuela y nieta.

Alba llega a casa de Grachi para quedarse. Francisco siente que vive una pesadilla. Úrsula es fan de Alba y la trata como a una reina, en cambio Francisco confronta todo el tiempo con ella. Luego, Manu arruina la cita de Mecha y Diego. Mecha se va del 7 molesta. Manu y Diego confrontan y dejan el 7 hecho un basurero. Más tarde, Leo le enseña un robot mal hecho a Valeria. Ella le dice que se ve horrible y Leo se ofende.

Grachi, Alba, Francisco y Úrsula cenan en familia, pero, Alba y Francisco discuten una vez más y la abuela de Grachi convierte a Francisco y Úrsula en zorrillos. Grachi logra que Alba regrese a Francisco y Úrsula a la normalidad, pero la tensión entre todos continua. Amaya le dice a Alba que Grachi borró la memoria de Mía y le pide que le den otra oportunidad para ir a la EDB. Alba acepta recibir a Mía y además, a solas, regaña a Grachi por hacer algo tan grave.

Leo y Valeria interceptan a Mía que huye con Rocky, la debilitan con el collar y se la llevan al laboratorio para experimentar con ella. Mientras tanto, Los Tiburones confrontan con Los Escorpiones en La Cueva. Justo llega el encargado y termina con la pelea. Diego se va de allí convencido que Manu besó a Mecha. Más tarde, Mecha y Grachi hablan del beso. Mecha, muy sorprendida por la actitud de Diego, le dice a Grachi que fue como besar a otra persona.

Grachi no entiende qué pasa pero corre de su habitación a Daniel con Mía porque escucha a su abuela. Alba se molesta porque la foto de la mamá de Grachi se arruinó. Mía se hace la enferma para que Daniel la cuide. Al día siguiente, Daniel le explica que Mía estaba mal y le regala un osito de peluche a Grachi. Axel y Amaya se cuelan en el laboratorio de Leo.

Francisco y Úrsula quieren ser entrenadores de los Tiburones y Mía sugiere una carrera para que el ganador se quede con el puesto. Guillermo le informa a Diego que es novio de Rosa. Diego y Manu se enfrentarán en una lucha de poderes. Grachi y Axel estudian juntos física y preparan un trabajo sobre la Teoría de Cuerdas para Mirna. Los dos aprueban. Luego, Francisco y Úrsula compiten para ser entrenadores. Úrsula gana.

Daniel le da su foto retocada a Grachi. Aunque está mucho peor que la de Axel, Grachi le agradece, feliz. Daniel está muy molesto por ver a Axel ahí y se va, celoso. Mecha le confiesa a Grachi que le gusta Manu. Amaya quiere echarle un conjuro a Grachi en venganza por "molestar a Mía". Alba las descubre a punto de hechizarse y las regaña. Grachi le regala a Alba el dibujo de su mamá y se queda con la foto de Daniel.

Grachi y Daniel viajaron en el tiempo y están en 1988. Mía presiona a Leo para que los traiga de regreso, pero Leo inventa excusas y se las ingenia para dejar a Grachi y Daniel en los 80s. Grachi reconoce a Maggie, su mamá, y la sigue. Daniel la ayuda a regañadientes. Mientras la espían, ven como Francisco de joven, Frankie, la invita a su primera cita. Luego, Daniel, el más preocupado por no alterar el futuro, pierde su celular.

En 1988, Daniel sigue a Frankie y Grachi a Maggie. Los dos logran vencer la hostilidad y tener una relación cordial para llevarlos al 7. Pero Frankie se enoja mucho con Daniel cuando cree que todo fue una trampa y se marcha. Grachi está desapareciendo de la foto, pero aún así, cuando llega, sube al escenario del 7 a cantar con su mamá. En ese momento, vuelve Frankie a vengarse de Daniel. Queda hipnotizado con la voz de Maggie.

Grachi y Daniel piensan que van a triturar al Bandido del Tiempo. Daniel lleva a Grachi a la Discorage. Van a dormir allí. Amaya está molesta con Diego y Manú con Mecha por la noticia de que son novios. Mecha le explica a Manú y Diego a Amaya pero a los dos les cuesta creerles. Al día siguiente, Axel es descubierto por Alba intentando espiar unos exámenes trimestrales y ella para castigarlo lo envía al Agujero Negro. Axel pasa todo el día contando billeteras.

En el nuevo presente, Axel vive en una casa fea, sucia, toda rota, y su papá no tiene trabajo. Descubrimos que en los ochenta Erik amasó su fortuna porque inventó el celular, copiado de uno que encontró (el de Daniel). Grachi quiere volver al pasado a dejar el celular, pero Daniel no quiere. Los dos discuten por este desacuerdo y porque Grachi encuentra entre las cosas de Daniel un arete de Mía (ella lo dejó ahí a propósito), y ella lo llama egoísta.

Alba logra hablar con Maggie en el pasado y decirle que la quiere. Axel va al laboratorio de Leo, pero Valeria lo atrapa a punto de robar El Bandido del Tiempo. Grachi llega a ayudarlo pero Leo los deja inconscientes usando el collar. Valeria, apenada por la situación, ayuda a Axel y Grachi y ellos logran viajar a 1988. Mientras tanto, Alba le dice a Mecha que será la guardiana de Manú. Mecha está feliz y triste a la vez con su nueva misión.

En el pasado, vemos a Grachi y Axel corriendo, escapando de piratas, como en el final de Grachi 2. (Valeria, Daniel, Mía y Leo) logran traer a los chicos al presente: primero a Axel, luego a Grachi. Los dos se abrazan como algo más que amigos. Para volver, Leo utilizó su máquina que desintegra materia y la integra en otro lado; y Grachi lo hizo dándole el collar a Axel, y luego poniéndoselo ella

Mía va a casa de Daniel para ofrecerle su amistad. Quiere acompañarlo en un momento tan difícil. Le dice a Daniel que esta vez Grachi no tiene un conjuro, que lo que le pasa con Axel es amor de verdad. Daniel descubre a Grachi y Axel abrazados. Daniel termina con el corazón roto en mil pedazos. Mía prende los sprinklers y empapa a Grachi y a Axel mientras se besan. Daniel se lo agradece.

Alba confronta a Amaya por haber entrado en la Secretoteca. Llama a Erik, que, furioso, castiga a Amaya. Daniel y Mía deciden que Leo vuelva a los Tiburones. Grachi le confiesa a Axel que Mecha no puede salir con Manú porque es su Guardiana. Erik castiga a Amaya cuando se entera de que volvió a ver a Diego. Grachi conoce a Erik Vélez. Grachi y Úrsula comparten un momento bonito cuando Grachi confiesa su tristeza por no poder estar con Daniel.

Axel vuelve a la playa de 1888 y saca un libro que enterró en ese año (lo vemos por flashback) Francisco anuncia que si uno de los Tiburones reprueba el examen no puede nadar. Deciden robar el examen, aunque Daniel no los apoya. Mía le echa un conjuro a Luis para que cada vez que escuche la palabra "fiesta" se ponga a bailar. Daniel se da cuenta de que seguramente fue Mía y va a confrontarla.

Daniel está a punto de convencer a Grachi de que le cuente qué pasó en 1888 y le pregunta si ama a Axel. Ella le dice que no. Mía intenta sacarle a Axel por mentira-verdad lo que pasó en 1888 y le explica el conjuro del amor estrellado. Él le dice que simplemente Grachi se enamoró. Valeria y Leo graban juntos su programa "quiero mi química" para el circuito cerrado de la escuela, y Leo, enamorado, no deja de mirar a Valeria.

Kim Kanay le dice a Diego que no hay más Kanays, que ellos son los últimos y que pasó algo muy misterioso. Mía se burla de Grachi y Axel y les dice que se ocupen de ellos, que ella va a proteger a Daniel. Más tarde, Los Tiburones y Chismorrosas siguen con el plan para robar el examen. Algo se complica y Rosa y Guillermo terminan en la EDB. Mientras tanto, allí, Manu desafía a Mecha y hace conjuros para molestarla.

Mecha está harta de Manú y se graba a sí misma contando todo lo malo que hizo para mostrárselo a Alba, ya no le importa ser guardiana. Francisco descubre a Silvia, Carlos, Sebastián, Lucía y Mía hablando de "robar el examen" y, muy molesto, los lleva a la dirección. Mía lo convence de que los culpables no son ellos, sino quien tenga el examen en su mochila. Axel aprovecha una distracción para robar el examen del cajón de Francisco.

Leo desconecta a Valeria y le repara el brazo. Le hace creer que se desmayó. Valeria igual desconfía. Daniel se echa la culpa de haber robado el examen para salvar a sus amigos. Francisco suspende la prueba y planea un castigo para Daniel. Úrsula lo ayuda a pensar y se le ocurre hacer un show de preguntas y respuesta para el canal de Escolarium. Esa será la prueba de Daniel. Francisco acepta a regañadientes. Después, Daniel se presta para el show de preguntas y respuestas.

Valeria enloquece cuando descubre lo que le hizo Leo y se pone furiosa. Grachi quiere llegar a la EDB pero Axel le echa un conjuro para que caiga en otro lado, y Grachi vuelve su casa. Grachi, desde su casa y saliendo de nuevo al colegio, llama a Daniel para saber cómo le fue en el examen pero él no contesta. Entonces aparece Alba en su casa y la retiene. Mecha se reúne con Alba. Ella la sanciona por descuidar a Manu. Le quita su tablet-oráculo por una semana.

Las Chismorrosas ven a Valeria actuando muy raro, pero Guillermo inventa una mentira para no tener que explicarles la verdad. Mientras tanto los demás salen a buscar a Valeria. Daniel la encuentra primero pero justo llega Axel y le saca el panel de control de la espalda, apagándola. Grachi se molesta mucho y le pide explicaciones a Axel y él le dice que tiene que ser más fuerte para enfrentar lo que viene Luego, Alba descubre a Mecha y Manú muy cerca y expulsa a Mecha.

Diego y Guille, con ayuda de Rosa, están a punto de descifrar el libro en código. Pero aparece Mía, congelando a Guille y Rosa; y le dice a Diego que ella tiene el libro Kanay, que le robó a Axel, y le ofrece cambiar los libros. Leo decide que no puede reparar a Valeria, pero llega Grachi y le dice que tiene una solución: como es La Elegida y tiene más poderes que una bruja normal, hace un conjuro para que Valeria pase de ser robot a chica normal.

Carlos tiene un pie enyesado, y todos le piden a Leo reemplazarlo. Leo se niega. Valeria llega a Escolarium y se integra a las Chismorrosas, Leo se acerca y ella lo trata muy fría. Ya no es lo mismo que antes. Mecha discute con Manu y le dice que no quiere saber nada de él, nunca más. Más tarde, Amaya y Mía escuchan a Grachi hablar del conjuro que le hizo a Valeria. Axel le dice a Grachi que sabe lo que hizo, le dio vida a un robot.

Leo acepta reemplazar a Carlos, enyesado, en la carrera de relevos. Los Tiburones y Úrsula festejan felices, están listos para la competencia contra Los Escorpiones. Valeria sigue muy fría con Leo, pero él gana un punto porque la hace descubrir su pasión por el helado. Grachi y Mecha hablan de Axel y Manu, las dos dicen que son muy complicados. Las dos extrañan las épocas donde las cosas eran más simples.

Para festejar que ya no tienen más secretos, Francisco le pide a Grachi organizar una cena con Alba. Axel aparece sin que lo inviten, come con ellos y se presenta como novio de Grachi. Leo intenta continua tratando de ganarse el cariño de Valeria, y aunque ella lo trata bien y es buena, ya no está tan interesada en él como en el resto del mundo. Mía le dice a Mirna que ya no le interesa tener poderes y se va del colegio.

Axel y Manú le echan a Úrsula un conjuro para que todo lo que haga perjudique a los Tiburones. "Grachi mala" aparece en su cuarto en el momento de la competencia y Francisco, que se quedó encerrado porque perdió las llaves, la descubre. Grachi mala lo confunde diciendo que olvidó algo y los dos salen. De vuelta en la piscina, Grachi buena descubre que Úrsula tiene un conjuro (porque da órdenes extrañas y maltrata a todos) y se lo quita.

Axel se burla de Mecha y Manú la defiende, se queda con Mecha y esto enfurece a Axel. Erik Vélez le dice a Axel que tiene que hacer algo para aprovechar los poderes de su amiga La Elegida. Luego, Axel le pide ayuda a Mía, los dos piensan como despertar la maldad de Grachi. Axel acude al Hueco Negro y El Tin le da una cuchara mágica, cuando Grachi se refleje en ella descubrirá su lado malo. Dotty le dice a Katty que tiene novio y Katty desconfía.

Grachi Mala besa a Axel, él no lo puede creer. Amaya escucha el plan y se lo cuenta a Diego y Daniel. Daniel no puede creer que Grachi sea una Bruja Mala. Daniel habla con Grachi Mala, creyendo que es Grachi, y le dice que piensa que ella tiene un conjuro como cuando Tony. Grachi Mala lo niega y le pide a Daniel que no la moleste más, le rompe el corazón. Mecha habla con Manú y con Alba, les dice que ella va a salvar a Grachi cueste lo que cueste.

Grachi, a pesar del efecto de la cuchara, responde a Axel que no, que no quiere controlar el mundo. Los dos discuten cuando a Axel le suena el celular: es Grachi Mala, desde la Cueva. Axel se da cuenta de que son dos. Las Panteras y Mía encuentran una caja, pero adentro no está el collar: hay una nota que dice "demasiado tarde". Mientras tanto, Grachi Mala le confiesa a Axel que es un clon de Grachi que nunca nadie descubrió y se quedó viviendo en las sombras e investigando sobre magia mala.

Grachi mala está a punto de mandar a Grachi al Polo Norte cuando entra Alba y la detiene. Erik les confiesa a Axel y Amaya que él compró el collar en una subasta, porque conocía la leyenda del místico collar que le hace quitar los poderes a los otros brujos. Axel descubre que Mía se robó el collar. Los dos forcejean por él hasta que sin querer lo sacan de su bolsa y se desmayan.

Grachi Mala está lista para la inducción, comienza la ceremonia a cargo de Alba y Mirna. Mientras tanto, Grachi sigue buscando a Daniel. Grachi finalmente encuentra a Daniel usando un conjuro, pero Daniel cae del techo y desaparece. Grachi Mala es anunciada como la Elegida y comienza a generar caos. Grachi llega y confronta con ella, luchan lanzándose rayos. Daniel regresa para ayudar a Grachi. Mía salva a Daniel y pierde sus poderes.