Taichi lleva una vida normal, al igual que el resto de Niños Elegidos. Mientras intenta reunir a sus amigos de nuevo, ahora cada uno ocupado con su vida actual, recuerda con añoranza los días en los que podía visitar el ahora cerrado Mundo Digital. Pero la monotonía de su vida diaria se rompe cuando lo que parece un Digimon aparece sobre Odaiba.

Taichi se ve impotente ante el Digimon que ha aparecido, y el Aeropuerto de Haneda concentra la aparición de varios de ellos. Cuando pensaba que no podía hacer nada, Agumon aparece ante él, y mientras se pregunta cómo llegar a su destino entre todo el caos, una persona conocida decidirá llevarlo. ¿Con quiénes se encontrará en el aeropuerto?

Ahora que los Niños Elegidos se reunieron de nuevo, lo que necesitan son respuestas. ¿Quiénes son las personas que los llevaron hasta Odaiba? ¿Qué saben de lo que está ocurriendo? ¿Por qué los Digimon que aparecieron no eran como los conocían? La única pista que tienen es el profesor Nishijima, a quien irán a buscar.

Taichi está preocupado por lo ocurrido en el aeropuerto. Se siente culpable por haber provocado tantos daños y herido a personas. ¿Sería mejor que no luchase? ¿Está haciendo lo correcto? Será Yamato quien intente hacerle entrar en razón. Mientras tanto, buscarán una forma de detectar distorsiones espaciales para prevenir más ataques.

Meiko y Mimi forjan amistad mientras todo el mundo busca más datos sobre los Digimon Infectados y las Distorsiones. Audio

Se acerca el festival escolar, y Meiko se ofrece como responsable de su curso ante el comité de planificación. Su ilusión es muy grande y quiere que todo el mundo lo pase bien, pero sin darse cuenta, impone sus ideas a los demás. La aparición de un nuevo Digimon Infectado es para Meiko la oportunidad de demostrar al mundo que no todos los Digimon son malvados.

Las dudas de Joe son un lastre en su vida. ¿Por qué tiene que seguir siendo un Niño Elegido? Sus intereses están en seguir con su vida, y no en volver a pelear. Esto hace que su relación con Gomamon se complique. Mientras tanto, los Digimon quieren divertirse y piensan en pasar por el festival escolar.

Una nueva Distorsión aparece, esta vez en la zona del festival escolar, y los protagonistas quedan impotentes. La situación se complica, pero entonces el misterioso mensaje que recibieron anteriormente parece cobrar cierto sentido... ¿qué es esa forma?

Un misterioso apagón y la aparición de un extraño mensaje causan el caos en Japón. Todo está relacionado con los Digimon, pero ¿cómo?

Mientras Toshiro investiga, los Digimon permanecen en su oficina protegidos en un servidor independiente, pero Takeru quiere estar con su compañero.

Toshiro no encuentra solución, y es entonces cuando algo o alguien posee a Hikari. Además, los Digimon encontrarán una dramática y desesperada solución. Audio

Los Digimon se enfrentan a Meicoomon, que ahora tiene más poder que antes. Los mundos están en juego, pero también las relaciones con sus amigos. Audio

Pese a haber salvado el mundo, el reinicio del Mundo Digital ha hecho que los protagonistas pierdan a sus amigos y compañeros. ¿Se quedarán de brazos cruzados y superarán el dolor? Audio

Los protagonistas comienzan a relacionarse desde cero con sus viejos compañeros Digimon, quienes lo han olvidado todo tras el reinicio. Pero uno de ellos no confía en su vieja amistad. Au

Los Digimon han evolucionado durante la noche, pero mientras se plantean el ir a buscar a Meicoomon, Tai tiene problemas con Sora. La aparición de Mugendramon convierte la situación en un caos.

El reinicio y Meicoomon parecen haber sido todo un trazado plan de ciertas personas que ahora se enfrentarán a los protagonistas. Audio

Con sus nuevos enemigos y un nuevo ataque de Mugendramon, los compañeros Digimon que ya empiezan a apreciar a sus nuevos amigos humanos sacan fuerzas de donde pueden para enfrentarse a él con toda su fuerza. Audio

Meiko duda de por qué fue elegida para ser la compañera de Meicoomon mientras su padre analiza lo ocurrido entre ellas. Audio

Los Digimon causan el caos en el mundo real y los protagonistas sienten que el Mundo Digital los rechaza. Por otro lado, Homeostasis tiene su propio plan para recuperar el equilibrio: eliminar a Meicoomon.

Los protagonistas pasan unos pequeños momentos de paz en la escuela mientras se alejan de las cámaras y la prensa. Allí Mei compartirá sus miedos una vez más, pero sus amigos la ayudarán a superarlo. Por desgracia, no pasa mucho antes de que tengan que lanzarse a la batalla.

Homeostasis intenta destruir a Meicoomon por todos los medios, pero parece que su vínculo con Mei todavía existe de algún modo. Los protagonistas luchan por salvar a sus amigas, pero la situación se torna poco menos que desesperada. Audio

Con los Digimon atacando el mundo real, los protagonistas temen que el Mundo Digital se trague el mundo real. Taichi ha desaparecido y Hikari no parece poder soportarlo. La culpa sobrevuela las cabezas de muchos, pero es momento de mirar al frente y solucionar el problema que puede hacer desaparecer ambos mundos.

Hackmon revela a los protagonistas la que puede ser la desgraciada última esperanza de la humanidad, una demasiado dramática para que los protagonistas la acepten sin buscar una alternativa.

Los protagonistas, humanos y Digimon, luchan por evitar el reinicio del mundo real, pero uno de ellos va a descubrir que tiene un rol muy especial en todo lo que está ocurriendo.

Koshiro ha descubierto algo que puede ser la solución que estaban buscando.

La batalla final se desarrolla entre lágrimas y drama, pero los protagonistas ya son adultos y tienen decisiones que deben tomar.