Quinn y Hynek visitan Roswell, NM, con el general Harding como ciudadano local desconocido, amenaza con revelar la evidencia asociada con un aterrizaje forzoso extraterrestre que tuvo lugar hace seis años y dar a conocer su existencia al mundo.

Quinn y Hynek casi alcanzan a un posible culpable, que podría llevarlos a donde necesitan estar para descubrir la verdad detrás del famoso incidente de Roswell.

Hynek y Quinn investigan los informes de un soldado que presuntamente fue llevado dentro de un platillo volador en una base militar remota en Nevada, donde posteriormente se enteraron de las diversas razones por las cuales los secretos contenidos en el Área 51 no deberían ser revelados.

Un supuesto extraterrestre invade una casa rural en Kentucky, lo que lleva a la CIA a dar acceso a Hynek y Quinn a su programa de alto secreto conocido como MK Ultra, que afirma que el ataque extraterrestre tiene el potencial de ser el comienzo de un plan más amplio.

El misterioso Hombre de Negro secuestra a Hynek, que envía a Quinn en una misión con la CIA para seguirlo y rescatar a Hynek.

Mientras recuerda su participación en el set de «Encuentros cercanos del tercer tipo», Hynek relata sus experiencias en el famoso Panel Robertson comandado por la CIA y un grupo de científicos y de la que Hynek afirma que intentaron cerrarle toda su investigación.

Hynek y Quinn visitan un rancho en Utah para aprender más sobre las afirmaciones peculiares de una joven familia sobre un fenómeno inconcebible y potencialmente dañino.

Cuando roban material sensible de los generales Harding y Valentine, Hynek y Quinn se darán cuenta de que su culpable no solo se encuentra mucho más cerca de lo que podrían imaginar, sino que también lo hace la evidencia innegable de una conspiración de ovnis.

Cuando un extraño avión desaparece en el desierto canadiense, Hynek y Quinn se ponen en marcha para encontrar y recuperar su carga perdida, pero encuentran varios peligros en el camino de garantizar que la carga nunca sea encontrada por personas externas.

Este cierre de temporada será de otro caso memorable de múltiples encuentros de ovnis que tuvieron lugar no en tierra, sino sobre el Océano Atlántico, durante una serie de ensayos militares de la OTAN en septiembre de 1952 llamada Operación Mainbrace.