Isami Hanaoka y su madre han vuelto a Japón desde Estados Unidos. El abuelo le cuenta a Isami que un antepasado suyo que vivía en el período Edo, era miembro de los Shinsengumi. Entonces, Isami conoce a Toshi y Soshi, que también tienen antepasados de los Shinsengumi. Los tres descubren que hay un sótano secreto debajo del trastero de la casa de Isami donde sus antepasados dejaron un mensaje secreto.

La madre de Isami, Reiko, está de día libre, por lo que decide organizar una fiesta en casa con los padres de Toshi y Soshi, pues son amigos desde hace mucho tiempo. Durante los preparativos, Isami y sus amigos limpian el sótano subterráneo secreto y forman los Shinsengumi para luchar contra la misteriosa organización malvada de los Duendes Negros. La fiesta está a punto de comenzar, cuando se enteran de que unos ladrones de bancos se han atrincherado en un edificio delante de la estación y han tomado como rehenes a los niños de una guardería.

Isami se levanta temprano a buscar una rosa silvestre en la puerta de su casa. Hoy es su cumpleaños, y su padre, que lleva varios años desaparecido, siempre le trae una rosa silvestre. Incapaz de encontrarla, Isami se dirige a la escuela deprimida y es testigo del atropello de una anciana en la que el conductor se da a la fuga. Afortunadamente, la anciana sufre heridas leves, pero después de clase, Isami es atacada por una moto.

Un día, Soshi se enamora a primera vista de Sakurako Moriwa, una joven adinerada, y ambos tienen una cita al día siguiente, pero el acercamiento de Sakurako es tan contundente que huye. Sin embargo, poco después, Sakurako es secuestrada. Sintiéndose responsable, Soshi busca el escondite de los criminales con Isami y Toshi. La pista, es el sonido del espectáculo de Gambaman que escuchan al otro lado de la llamada telefónica de los secuestradores.

Alguien ha robado la joya "Ojo del Nilo" que se exhibe en un museo. Poco después de ese incidente, hay rumores de que la escuela de Isami está embrujada. Los Shinsengumi se infiltran en la escuela por la noche para descubrir la verdad y se encuentran con un misterioso "Hombre Araña". Un hombre araña que por alguna razón está robando los altavoces de las clases.

Es domingo, e Isami y sus amigos van al zoológico de las afueras de la ciudad con la señorita Haruka. Kei encuentra un muñeco de Gambamán en un cubo de basura frente a la estación. Sin embargo, una nueva y aterradora sustancia se esconde dentro del muñeco. Los Duendes Negros, habían escogido ese cubo de basura para hacer el intercambio, y atacan a Kei para recuperar al Gambamán.

Midori, una pianista amiga de Reiko, la madre de Isami, está practicando mucho para su primer concierto. Isami visita a Midori con su madre, pero se enteran que la pianista recientemente ha estado sufriendo acoso por parte de alguien. Pero el acosador es en realidad un hombre contratado por Sayaka, una amiga íntima de Midori, que está celosa de su éxito. Con el fin de que el concierto salga bien, Isami y sus amigos vigilan la casa de Midori por la noche, pero...

El padre de Toshi, Yasuyuki, es testigo de un misterioso monstruo en el foso de un parque. Aunque huye presa del pánico, el único que cree en él es el pequeño Kei. Sin embargo, testigos del monstruo aparecen uno tras otro, e incluso sale en las noticias de televisión. Durante la conmoción, Kei casi es arrastrado por el agua del foso. Isami, que salta para ayudarlo, también es engullida por el vórtice creado por el monstruo y, antes de darse cuenta, llegan a una misteriosa cueva bajo el agua.

El padre de Toshi, Yasuyuki, trae a casa un maletín de documentos de su empresa, pero lo que hay dentro son documentos secretos de los Duendes Negros. Cuando éstos, se dan cuenta de la pérdida de los documentos, envían a sus subordinados a la casa de los Tsukikage para recuperarlos. Toshi, que está en casa, se encuentra en un grave peligro.

La madre de Isami, Reiko, presentadora de noticias, entrevistará al presidente de Serizawa Japón en "Good Morning 7". El presidente, que rara vez concede entrevistas, accede a hacerlo para obtener pistas sobre el padre desaparecido de Isami, el Doctor Kai. El lugar de la entrevista es la escuela primaria Oedo, a la que asiste Isami. Sin embargo, lo que le espera a Reiko es un prisionero fugitivo.

El doctor Brown, que ha pasado cinco años en el Himalaya, ha descubierto un moho mutante. Se dice que con él, es posible desarrollar un fármaco específico que sea eficaz contra todo tipo de virus. El Dr. Brown tenía una relación cercana con el padre de Isami, Kai, por lo que cuando Isami se entera de su visita a Japón, espera poder obtener información sobre su paradero. Mientras tanto, los Duendes Negros también van tras la pista del moho del Himalaya.

Tratando de descubrir la identidad de los Shinsengumi, los Duendes Negros, idean una nueva estrategia utilizando a Kikumaru, un niño inventor. Kikumaru ha fabricado un control remoto que emite ondas de interferencia para controlar con éxito todo tipo de aparatos eléctricos. La ciudad se ve sumida en el caos, y para colmo, en la escena del crimen, deja unas octavillas con el nombre de "Shinsengumi".

Un hombre llamado Akira Ijuin que dice ser amigo de Kai, el padre de Isami, visita a la familia Hanaoka. Sin embargo, los amigos de la infancia de Kai, Yasuyuki e Eisuke, no lo reconocen. Ijuin, que está en busca y captura por robar en un supermercado, recibe la orden de la Cuervo Negro Número 7, miembro de los Duendes Negros, de obtener información sobre Kai. Isami y sus amigos persiguen a Ijuin pero lo pierden de vista en el parque del castillo, sin embargo, avistan a un grupo de cuervos negros corriendo en la oscuridad.

Creyendo que Isami y los demás tienen algún tipo de conexión con los Shinsengumi, los Duendes Negros deciden secuestrar a Genbe, el perro de la familia Hanaoka, para atraer a Isami y sus amigos. Cuando éstos llegan a un almacén abandonado, el Sr. Sargento, que ha sido contratado por los Duendes Negros, les apunta con una ametralladora. Sin embargo, parece que Isami y sus amigos no son su objetivo, pues cree que si ataca a los niños, aparecerán los Shinsengumi.

Se ha producido un robo en una joyería, e Isami y sus amigos se dirigen allí, pero en el camino se encuentran con el Hombre Araña que intenta colarse en un museo. Isami y sus amigos intentan detenerlo pero... ¡La señorita Haruka los ve usando la Espada del Dragón!

Nobukuni Kodo es un maestro en el arte tradicional de escribir letras sobre granos de arroz. El nieto de Nobukuni descubre que en uno de los antiguos granos de arroz fueron escritas las palabras "Duendes Negros" por sus antepasados. Cuando Isami y sus amigos investigan el caso, descubren que los antepasados de la familia Kodo también dibujaron el mapa de un tesoro enterrado durante el período Edo. Cuando los Duendes Negros se enteran de esto, envían al Duende Cuervo Número 3, que secuestra al viejo Nobukuni y lo hipnotiza para obligarlo a confesar la ubicación del tesoro enterrado.

Los alumnos de quinto curso de la escuela primaria Gran Edo se van de excursión a un hotel cerca de la costa. Existe una leyenda que dice que los niños que se acercan a la Roca del Duende, situada en ese mar, desaparecen. Mayuko, compañera de clase de Isami, e Izumi, una chica con poderes espirituales, se escapan del hotel en medio de la noche para encontrar pruebas de que los espíritus de los niños que desaparecieron están allí. Isami y sus amigos entran en la Roca del Duende en busca de las dos, ¡pero en la parte trasera de la cueva, los Duendes Negros han emprendido una excavación!

El festival de verano comenzará pronto en el Santuario de Gran Edo. El padre de Toshi, Yasuyuki, y el padre de Soshi, Eisuke, son atacados por duendes cuervos. Todo es obra de los Duendes Negros, quienes ya saben que ambos son descendientes de los Shinsengumi, pero un misterioso hombre con la cara vendada aparece y los salva. Isami sospecha que el hombre de las vendas es su padre, Kai, y teme que su abuelo, Kanryusai, sea el siguiente objetivo.

Una noche, el monstruo de Frankenstein aparece en la casa de la familia Hanaoka. Al día siguiente, Isami se lo cuenta a Toshi y Soshi, quienes se muestran incrédulos. Sin embargo, Isami se sorprende cuando ve al mismo monstruo en un folleto sobre el Castillo del Terror que han abierto en el parque de atracciones. Isami y sus amigos van a investigarlo, y allí se encuentran con Kikumaru, el niño inventor. El monstruo que vio Isami es uno de los muchos que Kikumaru ha creado bajo las órdenes de los Duendes Negros.

Isami y los demás son invitados a la casa de campo del presidente Serizawa, pero allí, los chicos ven merodear un Duende Cuervo. Por si acaso, Isami y los demás deciden regresar a casa a por la espada de dragón que habían olvidado. De casualidad, se topan con la señorita Haruka que los lleva en coche hasta la casa. Allí, ven un montón de Duendes Cuervos pero consiguen recuperar la espada del dragón. Cuando son rodeados por el enemigo aparece una misteriosa mujer ninja para ayudarlos.

Unos falsos Ganbaman aparecen frente a Isami y los demás chicos de su clase. Después de ensuciar la piscina de la escuela y causar alboroto por toda la ciudad, se sabe que todo es un plan de la Duende Cuervo Número 7, quien cree que los Shinsengumi tienen una relación estrecha con Isami y sus amigos. Kei, que es un gran fan de los Ganbaman, sigue a los impostores por su cuenta en un intento de descubrir su verdadera identidad, pero es capturado fácilmente, por lo que Isami, Toshi y Soshi van a rescatarlo.

Heisuke y Jusuke ponen la mira en un antiguo documento que Kanryusai atesora. Pensando que esta es su oportunidad de convertirse en miembros oficiales de los Duendes Negros, los dos abordan la recién desarrollada Turbo Mole sin permiso y se dirigen bajo tierra a la casa de la familia Hanaoka. Así pues, consiguen robar con éxito los documentos antiguos, pero Kei entra en el agujero hecho por la Turbo Mole y se monta en ella. ¡La Turbo Mole lleva a Kei a lo que no es otro que el cuartel general subterráneo de los Duendes Negros!

Las hermanas Nihao llegan a Japón desde la sede de los Duendes Negros en Hong Kong. Raichi y Tapioca, que son expertas en artes marciales y hechicería, secuestran a Isami en un intento de capturar al profesor Hanaoka y piden por televisión que éste dé la cara. Isami se entera que los Duendes Negros buscan la súper energía desarrollada por el profesor para poder apoderarse del mundo. Mientras tanto, Toshi y Soshi se dirigen a rescatar a Isami...

La Luminotita es una sustancia que convierte la fuerza mental en energía. Como el Dr. Hanaoka, que logró cristalizarla, está siendo perseguido por la Organización Duende Negro, intenta dejar el cristal en el Laboratorio Nacional de Energía, pero las hermanas Nihao lo tienen en el punto de mira, por lo que confía la Luminotita 100 a Isami y sus amigos, y se hace pasar por señuelo. Sin embargo, en medio de un enfrentamiento contra las tres hermanas, Heisuke y Jusuke se cuelan en el laboratorio, y roban el cristal.

Las hermanas Nihao le quitan la Luminotita 100 a Isami. Sin embargo, Jasmine, enfadada con el Duende Mecánico por intentar robar el cristal, no lo informa al cuartel general. Al mismo tiempo, Raichi le quita a Jasmine la Luminotita 100 sin que se dé cuenta y desafía a los Shinsengumi a un duelo. Isami y sus amigos reciben nuevas armas de la marioneta mecánica de sus antepasados y se dirigen al lugar del enfrentamiento donde la verdadera identidad de los Shinsengumi será revelada.

Isami hace un dibujo en el colegio que es seleccionado como el mejor de su clase. Sin embargo, cuando el subdirector lo ve, se sorprende. En el dibujo hay una luz misteriosa que atraviesa la ciudad, pero en realidad es un sistema de rayo láser que los Duendes Negros están desarrollando. Para mantener el secreto, el subdirector, ordena a Heisuke y Jusuke que roben la pintura, ¡pero se encuentran con Isami y sus amigos en la escuela investigando el misterio del extraño rayo!

El Duende Plateado quiere hacer una película conmemorativa para la Organización Duende Negro, así que recluta al subdirector, Hiroko, Heisuke y Jusuke para que la filmen. Mientras tanto, Isami y sus amigos están animando a Toshi, que participa en el maratón de la ciudad, pero Kei, que lo está animando en un triciclo volador mecánico, es arrastrado por el viento y cae en unos estudios de cine. Cuando Isami y sus amigos van en busca de Kei, encuentran a los Duendes Negros trabajando arduamente en la producción de una película.

El compañero de clase de Isami, Kantaro Egawa, es un gran aficionado a los ovnis. Una noche, cumple su deseo y presencia uno, pero Mayuko y sus amigos no le creen. Para confirmar la existencia de los ovnis, Isami y sus amigos se dirigen al monte Oedo, donde se cree que Kantaro y la nave han desaparecido. Allí, se topan con un ovni, pero en realidad es una nave espacial de los Duendes Negros. Kantaro, sin darse cuenta, se sube al ovni y entra en la base secreta...

El presidente Serizawa es hospitalizado repentinamente, y el Duende Plateado va a visitarlo trayendo consigo al robot secretaria finalizado. Tras enterarse de que es posible clonar la voz y la personalidad de alguien en el robot pulsando su botón, el presidente decide que sea Isami. Así pues, Jusuke y Heisuke dejan al robot cerca de la casa Hanaoka, y cuando Isami pulsa el botón, éste le persigue imitándola en todo. Aunque al principio Isami se enfada, poco a poco se encariña con él.