Comenzando a bordo del Forward Unto Dawn, en el que Cortana y Master Chief quedaron varados después de los eventos de Halo 3, Cortana comienza reflexionando sobre sus siete años de existencia y que ha aprendido mucho más sobre los Forerunners de lo que se sabía anteriormente. La historia luego cambia a un planeta Forerunner antes de la invasión del Diluvio, y luego conduce a la infección del planeta y su eventual bombardeo orbital.

Los Precursores se dan cuenta de la inutilidad de sus acciones. Construyen la red Halo en el Arca y luego los dispersan por todo el universo. Después de la catalogación de todas las especies inteligentes (de las que se muestran una temprana Élite, Brute, Chacal, Grunt y la sociedad humana), los Forerunners activan los anillos de Halo y borran todas las huellas de ellos mismos y del Diluvio.

Un árbitro llamado Fal no quiere seguir la religión del Pacto. Uno de los Profetas acusa a Fal de herejía. Fal no cederá y el Profeta se verá obligado a enviar otra élite para matar a su esposa con el fin de arrastrarlo a una trampa.

Homecoming se enfoca en uno de los compañeros Spartan-II de Master Chief mientras ayuda a las fuerzas de UNSC en la batalla contra el Covenant. Durante el tiroteo, ella experimenta una serie de recuerdos de cuando ella era una niña que crecía dentro del programa espartano altamente secreto y moralmente cuestionable.

Odd One Out es una historia de parodia del universo Halo y no es canon. Sigue las aventuras de Spartan 1337, un miembro de la unidad del Jefe Maestro que sufre tanto de un ego severo como de una horrenda mala suerte, aunque sigue siendo un luchador bastante competente por derecho propio.

La historia se centra en un marine que es enviado a un planeta distante para destruir una armadura con prototipo. A su llegada, descubre que el planeta todavía está habitado por humanos que están bajo el control del Covenant. Siendo el traje el único medio de supervivencia para la gente, el marino desobedece las órdenes y mantiene el traje para ser utilizado por el bien de la gente.

"La Niñera" sigue a un escuadrón de cuatro Orbital Drop Shock Troopers, o Helljumpers. El escuadrón está compuesto por el soldado O'Brien, holandés, el sargento mayor Cortez y el cabo Checkman. O'Brien está siendo reemplazado como el francotirador del escuadrón por Cal-141, un SPARTAN-II, y ahora es el respaldo. El escuadrón es enviado a una zona Covenant bajo la protección de una lluvia de meteoritos para eliminar a un Profeta.

A bordo de un barco humano envuelto en una capa, un superintendente de élite llamado Spartans (John-117 / Jefe Maestro, Frederic-104, Kelly-087, Arthur-079 y Solomon-069) recibe información de un oficial de inteligencia sobre su misión. Una flota Covenant está momentáneamente atrapada en el sistema y lleva un "paquete" importante que los Spartan deben recuperar.