Jin Kanzaki es pobre, pero vive una vida feliz con su abuelo. Junto con sus amigos Kouga y Konoha, él ayuda a la gente. Mientras tanto, la policía está buscando a un asesino en serie.

Unos pocos años han pasado desde que Jin desapareció. Koga, sigue soñando con convertirse en un verdadero héroe, es la intención de la captura de un pirómano en serie rondando las calles.

Cuando Jin despierta, ve un monstruo sosteniendo el cuerpo sin vida de su madre adoptiva, Akemi. Un anciano llamado Mitsugai está tratando de despertar dentro de ZET Jin mediante el uso de ella. Mitsugai tiene éxito y ZET despierta... pero sigue siendo incompleta.

Han pasado dos años. Los jugadores están haciendo estragos en la sociedad, pero los seres humanos todavía no son conscientes de su existencia. La gente vive en el miedo y Mitsugai es incapaz de producir otro ZET.

Koga trata de convertirse en un superhéroe mediante la creación de una vida real Alfas. Un hombre misterioso se le acerca con una prueba para ver si está calificado para convertirse en uno.

Konoha es tomado como rehén y Jin es incapaz de hacer nada. A diferencia de antes, no puede convertirse en ZET por herir a sí mismo y no tiene la goma de activación.

ZET finalmente se vuelve rojo y muestra los poderes diferentes a todo lo visto antes. Con la fuerza abrumadora, ZET domina la lucha contra un jugador. Mientras tanto, Koga está teniendo un momento difícil defenderse de un jugador en su primera batalla como alfas.

Koga se entera de que Jin ha estado luchando por él mismo como ZET. Emocionado por el cumplimiento de un verdadero héroe, Koga le llama “Zetman” y declara que va a luchar junto a él. Jin y Koga se dirigen al laboratorio para averiguar por qué Red ZET se puso blanco.

La clave para completar ZET es el colgante que Konoha tiene en su poder. Haitani y sus hombres se infiltran fácilmente en la residencia Amagi. Konoha se despierta y encuentra a Jin de pie delante de ella. Ella le entrega el colgante, sin saber que en realidad es un clon.

Konoha se pierde. Koga recibe una llamada telefónica del hombre que le dio la primera prueba en la que tuvo que elegir entre la vida de su hermana o tres chicas de secundaria que no conocía. Koga eligió a Konoha y las niñas fueron asesinadas.

Haitani secuestra una señal de emisión en Middletown para declarar la guerra contra la humanidad. Bajo su dirección, los jugadores comienzan a causar estragos retrocedido, pero Jin aparece como ZET para proteger a las personas y peleas como un ejército de un solo hombre.

En el interior de la torre Amagi, ZET está gravemente herido por Haitani y ya no puede retener su forma. ¿Tiene que ser completo con el fin de derrotar a Haitani? ¿Por qué ZET Haitani quiere que se complete con tanta desesperación?

Jin camina por un camino sangriento en la soledad como ZET... Alphas ha cumplido su sueño de convertirse en un héroe y lucha de acuerdo con su idea de la justicia... Después de tanto derramamiento de sangre y lágrimas, ¿qué es lo? ¿Que deseaban alcanzar al final?