En un futuro cercano, la humanidad ha sido impulsada lejos de los mares y masas de tierra están fuertemente aislados unos de otros, con la llegada de la "Flota de la niebla"; AI controlado barcos que poseen tecnología superior y potencia de fuego. A pesar de los esfuerzos combinados de la ONU, la Flota de Niebla logran destruir toda oposición y sumir al mundo en un estado de agitación.

El camino de Takao bloques I-401 a Yokosuka posicionando a sí misma dentro del ojo de un huracán y, después de afirmar que cualquier intento de confrontación evitar son demasiado arriesgado, Gunzo decide tomar la cabeza de Takao. Después de Iona apenas logra evadir un ataque de Takao de Super Gravity Cannon, Gunzo análisis de los datos resultantes de combate y señala que los ataques de Takao han tenido gran precisión desde una distancia mucho mayor que sus capacidades de sensores.

I-401 y su alcance tripulación Yokosuka Base para las reparaciones y reabastecimiento, y Gunzo toma Iona para una visita a un monumento de la marina de guerra de los que murieron en la guerra contra la Flota de niebla. Poco después, se toman en contra de su voluntad por el ejército japonés con el resto de la tripulación se encuentran Ryokan Kita, un ex miembro de la Armada y un político influyente que intenta convencer a Gunzo a renunciar a la I-401 para el Ejército japonés con sin éxito.

La batalla contra Haruna y Kirishima comienza con I-401 a dibujar en una trampa que en las ruinas de la antigua ciudad de Yokosuka. A pesar de que no causará ningún daño significativo, I-401 es capaz de círculo alrededor de los dos barcos de guerra sin ser detectados y lanzar un ataque sorpresa con el ahora hundido acorazado japonés Mikasa como señuelo. Sin embargo, Kirishima se las arregla para evitar ser golpeado y lanza un bombardeo de represalia de las ojivas.

El I-401 vuelve a Yokosuka para recoger el arma secreta desarrollada por el Gobierno japonés, el "Vibración ojiva", antes de regresar a su base en Iwo Jima para hacer los últimos preparativos para su viaje a través del Pacífico. Mientras tanto, Haruna despierta y se encuentra con Makie Osakabe, el niño que la rescató. Pretendiendo ser un ser humano, Haruna hace compañía Makie mientras que el núcleo de Kirishima utiliza algunos de sus nanomáquinas para hacer un cuerpo de reserva para sacarla de un oso de peluche.

Como Tojuro fallece, Haruna decide proteger Makie y pide la ayuda de Kirishima por ello. A pesar de enfrentar alguna oposición pesada, se abstiene de Haruna matar a los atacantes y las órdenes de Kirishima huir con Makie, mientras se crea un señuelo con su nanomáquinas para llamar la atención de los militares. Sin embargo, los soldados ven a través de un truco de Haruna y empieza a buscar Makie que es loco con el aprendizaje que creó un arma que puede destruir Haruna.

Tomando Haruna, de Kirishima y Makie con ellos, el I-401 y su tripulación llego a su base en Iwo Jima, donde son recibidos por el acorazado rápido modelo mental de Hyuga que guardaba la isla para ellos, y gran parte de su sorpresa, Takao se reúnen una vez más. Como Hyuga hace reparaciones en la I-401, Gunzo y su equipo se preparan para abandonar la base, ya que hay pocos suministros izquierda y saben que entrega el torpedo vibraciones a los Estados Unidos puede asegurar su objetivo, que es poner a la humanidad y la niebla en igualdad de condiciones

Con Iwo Jima rodeado por la flota enemiga, Hyuga hace contacto con Kongō por la petición de Gunzo, pidiendo parlamentar con su modelo mental antes de que comiencen las hostilidades. Kongō contesta su llamada y se cita con ellos en la playa, acompañado por el crucero pesado Maya.

Estancias en Hyuga detrás de desviar los ataques de la flota de Kongō a ganar tiempo para Iona y los otros a escapar. Antes de salir de Iwo Jima, Gunzo pide la ayuda de Takao y ella está de acuerdo en unirse a su lado. No dispuesto a escuchar las palabras de Hyuga, Kongō dispara su Super Gravity Cannon en ella, pero no destruirla y órdenes Maya para disparar su propio cañón en el agotado Hyuga pero Takao aparece en el último momento para bloquear el disparo de Maya.

Con sus nanomateriales comprometidos por sus gemelos ataque, el I-401 se hunde en las profundidades del océano, mientras que Iona tiende a un Gunzo heridos. Mientras tanto, Takao y los otros miran para ellos, pero todas las comunicaciones y de radar están atascadas por las distorsiones espaciales a partir de la última batalla. A pesar de saber que la única manera para que ella sobreviva es abandonar su capitán

En su camino a Hawai, su siguiente parada de su viaje para entregar la ojiva vibración en San Diego, la restaurada que I-401, llamado el Ars Nova, es perseguido por varios Nagara barcos de la clase que se sorprendieron y se hundió cuando las órdenes Gunzo una inesperada maniobra para barrer todos a la vez. Después de la batalla, se revela que a pesar de la pérdida de su cuerpo físico, el núcleo de Takao sigue intacta y ahora es parte de los sistemas de la I-401.

Kongō destruye las naves de la Flota Americana de Niebla y Iona, a lo largo de los otros modelos mentales, hacen contacto con Kongō en un intento de llevarla a sus sentidos. Sin embargo, Kongō afirma que es su deber de evitar más anomalías a la niebla por la destrucción de Iona y todos los buques que entran en contacto con ella, incluida ella misma, antes de bloquear toda la comunicación hacia abajo.