Chise admite tímidamente sus sentimientos por Shuji y comienza su relación con él. Durante un ataque inesperado a la ciudad, Shuji descubre que Chise se transforma en un arma viviente. Desde ese momento ambos deben aprender a amar en medio de una guerra que los supera.

Shuji intenta llevar una vida normal con Chise, pero su transformación como arma complica cualquier momento juntos. Ella teme que su poder destruya a quienes ama. Ambos se esfuerzan por mantener la relación pese al caos que crece a su alrededor.

La guerra alcanza un nivel mucho más devastador y el entorno deja de ser seguro incluso para quienes no están involucrados directamente. Chise demuestra un poder que sobrepasa todo lo visto hasta ahora, mientras Shuji observa impotente cómo el mundo colapsa y cómo la persona que ama se aleja cada vez más de su propia humanidad.

Mientras la guerra continúa destruyendo ciudades y vidas, Chise confiesa su profundo deseo de vivir como una chica normal, lejos del dolor y las batallas. Shuji se enfrenta a la impotencia de no poder salvarla de su destino, mientras ambos intentan aferrarse a un amor que parece condenado por la realidad que los rodea.

Mientras el cuerpo de Chise continúa cambiando por la guerra, sus recuerdos y emociones parecen diluirse lentamente. Shuji comprende que ya no lucha solo contra un enemigo exterior, sino contra el tiempo mismo… y contra la posibilidad de perder para siempre a la chica que ama.

Shuji y Chise se fugan y comienzan una nueva vida juntos fuera de su casco antiguo. Ambos encuentran trabajo y un lugar para vivir, por lo que las cosas finalmente vuelven a estar en orden. Sin embargo, Kawahara logra encontrarlos y quiere traer a Chise de vuelta a la base, pero Shuji le promete firmemente que cuando llegue el momento, matará a Chise con sus propias manos ...

Chise ha perdido su capacidad de hablar y su condición mental y física se ha deteriorado gravemente. Shuji pide desesperadamente a Kawahara que la lleve de regreso y la salve, pero le advierte a Shuji que Chise nunca volverá a ser la misma. Shuji descubre el diario de intercambio de Chise, y en él hay una simple solicitud para él: regresar al lugar donde se besaron por primera vez.

Chise le revela a Shuji que el mundo está al borde de la destrucción, pero lo quiere a su lado hasta el final. Chise también dice que intentará proteger a todos del enemigo, incluso si sabe que es inútil. Shuji promete que lo hará cuando se acerque el devastador tsunami ...