Espionaje, delincuencia y política se enfrentan en la Ciudad de México actual. Un brillante pero autodestructivo agente de la CIA , su joven pero ambiciosa protegida mexicano-estadounidense y el inspirador pero reservado alcalde luchan por tener el poder durante una invasión de la ciudad por parte del cartel narcotraficante más sangriento del mundo.

Wayne trabaja con el "Centro Conjunto" mexicano-estadounidense para encontrar a los sicarios responsables de la reciente matanza. Isa ignora sus órdenes de quedarse en la embajada y sigue una pista hasta el cartel de Guerrero. Y Lalo se juega su carrera enfrentándose al presidente de México por conseguir el control de la investigación de los narcotraficantes.

Isa recluta a su primer "activo", una fuente con contactos en el cartel, pero fuerza los límites éticos al hacerlo. Una visita del pasado de Wayne saca a la luz recuerdos desagradables y violentos. Lalo pone en juego su relación con su mujer al apoyar un proceso judicial contra los hijos de los ricos y poderosos. Y el plan de Bautista para la ciudad empieza a estar más claro.

Wayne, Isa y Pamela llevan a cabo una misión peligrosa, infiltrándose en casa de una financiera corrupta que los conducirá al cartel de Guerrero. Lalo e Isa estrechan lazos trabajando juntos en una exposición, pero los conflictos del pasado resurgen y amenazan con poner fin a su amistad. Los sicarios de Bautista llevan a cabo una misteriosa operación con consecuencias aterradoras para la ciudad.

Wayne, Isa y Romero trabajan contrarreloj para rescatar a los rehenes. Lalo y su cuerpo de policía hacen lo mismo, pero Lalo tiene sus propios intereses. Bautista lleva a cabo un misterioso plan con sus sicarios. Y Wayne e Isa acaban dándose cuenta de por qué Bautista invadió la ciudad.

Lalo aún siente los efectos de los eventos del anterior episodio. Viaja a la finca familiar en las afueras, donde Isa descubre uno de los mayores secretos de Lalo. Mientras, Wayne descubre el punto débil de Bautista y lo usa para tender una trampa al narcotraficante. Pero Bautista está tendiendo su propia trampa.

Isa se desmarca de Wayne por las últimas muertes y se comporta de forma temeraria tanto en lo personal como en lo profesional. Wayne visita a alguien de su pasado y, en flashback, conocemos los trágicos orígenes de su odio por Bautista. Bautista viaja a los montes de Guerrero, donde toma una decisión que tendrá consecuencias espantosas para Lalo y para todo México.

La operación secreta de Wayne hace aguas cuando el prometido de Isa sigue pistas que podrían acabar con él y con Isa en la cárcel. Isa debe inventar un activo para cubrir el comportamiento fraudulento de Wayne. Mientras, Bautista amenaza con matar a Wayne, pero misteriosa y proféticamente, no lo hace. Verónica comprende la verdad sobre su matrimonio. Y Lalo se ensucia las manos más que nunca.

Lalo se enfrenta cara a cara con el cartel de Guerrero con resultados nefastos. Una arriesgada jugada de última hora pone a Wayne e Isa en conflicto con la Federación del Norte. Isa y Lalo ven su relación bajo otra luz.

La resaca que deja el episodio anterior es que Wayne, Isa, Verónica y Lalo ven sus vidas y sus relaciones bajo otra luz. Al final de la temporada algunas alianzas han quedado destruidas mientras se forjan otras nuevas. Nuestros personajes principales tienen que prepararse para la guerra, y las líneas de batalla se redefinen.