El año es 2312 d.C., cinco años después de la primera aparición de Celestial Being, y cuatro años después de que la organización fuera destruida por las fuerzas de las Naciones Unidas.

Con la reaparición de Celestial Being, el A-LAWS comienza a reunir personal con experiencia en la lucha contra los Gundams.

El A-LAWS prepara una nueva trampa para el renacido Celestial Being en un centro de detención para elementos anti-gubernamentales.

Setsuna y sus compañeros han logrado vencer al A-LAWS y liberar a Allelujah y Marina del centro de detención de la Federación. Cuando Marina les pide que la devuelvan a Azadistán, ponen rumbo de regreso al Medio Oriente.

Después de ser rescatados de una derrota casi segura por el grupo de resistencia Katharon, el Ptolemaios 2 ahora se refugia en una base de Katharon en el desierto arábigo.

La base de Katharon ha sido devastada por el ataque del A-LAWS. Las palabras de un soldado moribundo recuerdan a Sumeragi un incidente traumático de su pasado, y ella pierde el conocimiento.

Sumeragi ha recuperado la conciencia y, gracias a su plan táctico, el Ptolemaios 2 logra escapar del campo de batalla. Sin embargo, el Gundam de Allelujah ha sido derribado junto con Soma Peries, y sus compañeros no pueden localizarlo.

Tieria se sorprende por la repentina aparición de su doble Regene Regetta. Se siente aún más perturbado por las revelaciones de Regene sobre los Innovators.

Setsuna y Tieria se enfrentan a Ali al-Saachez y su nuevo Arche Gundam. Un furioso Tieria intenta vengar a Lockon, pero es abrumado por la fuerza de combate del enemigo.

El plan de la Federación para reorganizar a la fuerza el Medio Oriente es opuesto por el reino de Suille, la nación más poderosa del Medio Oriente.

Mientras Ian Vashti y sus compañeros mecánicos de Celestial Being preparan el O Raiser, una máquina de soporte para el Gundam 00 de Setsuna, el A-LAWS despliega un nuevo y devastador arma propia.

El Ptolemaios 2 intenta una apresurada escapatoria de los ataques del A-LAWS. Pero los Gundam Meisters se ven presionados por las tácticas de Kati Mannequin y los nuevos trajes móviles del enemigo.

La flota espacial Katharon ha comenzado un asalto en el arma satelital Memento Mori, y ahora está bajo ataque de los trajes móviles del A-LAWS.

El Ptolemaios 2, dañado por el ataque de los Innovators, desciende a la Tierra. Ahora separado de sus compañeros, Setsuna busca el Ptolemaios 2. Pero en su lugar, encuentra a Ali al-Saachez y su Arche Gundam esperándolo.

El Ptolemaios 2 ha recibido suministros de Katharon, y las reparaciones están en curso. Pero no puede romper el cerco de la Federación sin la fuerza de combate del 00, y Setsuna aún no ha regresado a la nave.

El A-LAWS ha retrocedido abruptamente tras recibir noticias de un golpe de estado dentro de la Federación. Con la esperanza de reunirse con sus compañeros, Setsuna dirige al 00 hacia África.

Una crisis se está desarrollando, pero el Ptolemaios 2, que aún no ha sido reparado completamente, no puede romper el estancamiento. El herido Setsuna regresa a la batalla a pesar de sus lesiones, pidiendo a Saji que lo ayude a salvar a innumerables vidas inocentes.

Han pasado cuatro meses desde el incidente del "Break Pillar", el casi colapso de un elevador orbital. Los líderes del A-LAWS reciben noticias de que Celestial Being ha reanudado sus actividades después de meses de silencio.

Mientras Saji Crossroad busca a Louise Halevy en medio del caos de la batalla, Soma Peries busca a Andrei Smirnov para vengar la muerte de Sergei. Setsuna se enfrenta al Innovator Hiling Care y desata el poder del Twin Drive.

El Innovator Revive Revival es ahora prisionero a bordo del Ptolemaios 2, pero se burla de las preguntas de la tripulación y les da respuestas evasivas. De repente, la tripulación recibe noticias de que la miembro Mileina Vashti ha sido tomada como rehén.

El Ptolemaios 2 ha recibido un mensaje con coordenadas para un punto en Lagrange 5. La tripulación está sospechosa, pero Setsuna sugiere que se dirijan a esta misteriosa ubicación.

Las fuerzas del A-LAWS y de la Federación están reuniendo una gran flota para exterminar a Celestial Being, y sus líderes anticipan una batalla final decisiva.

El Innovator Regene Regetta finalmente se rebela contra Ribbons Almark.

Mientras Tieria entra en la nave enemiga y descubre verdades impactantes, el Ptolemaios 2 libra una batalla defensiva contra el implacable asalto enemigo. Uno por uno, nuestros héroes caen. Setsuna clama como si respondiera a la luz desvanecida de sus vidas.

Setsuna comienza un duelo final decisivo. Las intenciones de Lyle, las esperanzas de Allelujah y los pensamientos de Tieria fluyen a través de la oscuridad del espacio. Las partículas del 00 Raiser envuelven el área a su alrededor.