Rebecca, una desconocida B-Cuber, va a Granbell, también conocida como la "estrella del parque de atracciones" con su gato Happy. La joven quiere grabar videos para su canal. Los robots que pueblan el planeta le confían una misión, durante la cual conoce a un chico misterioso, un tal Shiki ...

Rebecca, Happy y Shiki viajan a Blue Garden para registrar a Shiki como Aventurero en el Gremio de Aventureros, Meteor Candle. Shiki, emocionado por este nuevo entorno, ya no puede quedarse quieto... ¡Es entonces cuando los ladrones aprovechan un momento de distracción de los aventureros para secuestrar a Happy!

Shiki ha tomado una decisión: quiere conocer a Madre, una mujer gigantesca más grande que una estrella, que se encuentra en algún lugar del universo. Rebecca y Happy desean acompañarlo para hacer nuevos videos. Para ello necesitan un barco mejor.

Shiki, Rebecca y Happy acaban de llegar a Norma y se dirigen a ver al Doctor Wise. Luego conocen a un joven, que dice ser Wise Steiner, que sorprende un poco a Rebecca y Happy, ¡ya que su conocido debería ser una persona mayor!

Shiki, Rebecca y Happy se enteran de que Pino es un androide del futuro y aunque no quisieron intervenir en ese momento, por miedo a cambiar el pasado, acuden a su rescate en la sede de la Familia Sybille. Mientras tanto, Wise está esperando su momento para recuperar a Pino.

¡El tiempo se acaba para Shiki y sus amigos! Perseguidos por la policía, intentan dejar Norma, pero un campo de fuerza desconocido les impide salir del planeta. Mientras tanto, el legendario pirata que gobierna los siete mares cósmicos, Erzy Crimson, ha localizado a Shiki.

¡Shiki ha ido en busca de Erzy para derrotarla y robar el barco! Durante la pelea, se entera de que el capitán pirata es un viejo conocido de su abuelo, el Gran Demonio Ziggy, y que ni siquiera él ha logrado conocer a Madre.

Mientras explora el barco con sus amigos, Shiki y sus amigos conocen a Witch, una de las Cuatro Estrellas Brillantes del Gran Demonio. A cargo de la gestión de la nave, ella les informa que deben encontrar las otras 3 Estrellas Brillantes si quieren dejar Cosmos Sakura con el Edens Zero.

¡Rebecca acaba de ser secuestrada, como muchos B-Cubers, en Blue Garden! Para salvar a su amiga, Shiki se dirige al planeta Guilst, un planeta habitado por muchos criminales. Pero debe darse prisa porque Rebecca está a punto de ser vendida a un sinvergüenza de la peor especie, un tal Illega.

Shiki, Homura y Pino están en el cuartel general de Rogue Out, donde se encuentran con Sister. Pero, lamentablemente para ellos, Rebecca no está allí. Peor aún, están lejos de ser bien recibidos por las viejas Shining Stars. Mientras tanto, la situación se vuelve crítica para los B-cubers.

Cuando estaban a punto de lograr escapar, las B-cubers son capturadas por Jin, el mercenario perteneciente al gremio Rogue One. Ahí es cuando llega Shiki para vengarse de su pelea en Blue Garden. Mientras tanto, Wise, contra todo pronóstico, se opone a Homura, estando seguro de que la samurái esconde algo.

Shiki y sus amigos rescatan a Rebecca y a las B-cubers de las manos de Illega y logran escapar del planeta Guilst al borde de ser aniquilados por "devoradores del tiempo".

Hermit, uno de los cuatro demonios que se encuentran en Iron Hill en el planeta Blue Garden, se encontraba en un estado de sueño anormal, un estado en el que su "corazón" estaba dañado. Shiki y sus colegas descubren que la causa de este sueño anormal es que el espíritu de Hermit permanece sumergido en un mundo digital.

Shiki y sus amigos finalmente encontraron a Hermit en el planeta Digitalis. Sin embargo, Hermit se niega a regresar a Edens Zero. Casi al mismo tiempo, una horda de monstruos manipulados por el jugador Jamirov, que había estado atacando repetidamente en Digitalis, atacó la ciudad de Crysta.

Shiki y sus amigos están atónitos por la traición de Homura. Mientras tanto, Hermit, que había cerrado su corazón, aconseja a Shiki y sus amigos que están luchando con la trampa de Jamilov: "Tú también deberías usar esta trampa".

Edens Zero, cuyo sistema fue pirateado, es destruido desde adentro. Hermit es la única que puede normalizar el sistema. Sin embargo, se encierra en la fábrica de vestidos y se niega a hacerlo...

Hermit por fin regresó a Edens Zero, y ya se reunieron tres de los cuatro reyes demonios. Para tener una pista sobre el paradero del restante, Valkyrie, Shiki y sus amigos se dirigen al Planeta del Tiempo Mildian.

La tripulación se encuentra con Xiaomei, el Oráculo del Tiempo, quien le revela a la tripulación que tendrán que ganar cuatro rondas para que ella les dé la ubicación de Valkyrie. Sin embargo, durante la batalla, Homura es elegido para la ronda final y se enfrenta a un oponente sorprendente.

Habiendo ganado su último combate, Xiaomei cumple su promesa y le revela a la tripulación que encontrarán a Valkyrie en el Planeta de las Gemas, Sun Jewel.

Después de que los ladrones son derrotados, Shiki y Homura son enviados al Distrito Laboral como sub-criminales y deben recolectar los metales del planeta para poder obtener su libertad.

El grupo de Rebecca salva a Homura y Shiki, uniéndose a ellos para derrotar al Señor de las minas, Black Rock, para llevar sus contadores a cero y poder salir de su cautiverio.

Un flashback muestra el pasado de Homura y Valkyrie juntas y por qué esta última abandona a su estudiante...

Después de irrumpir en la guarida de Madame Kurenai, Shiki planea llevarla de vuelta ante Homura.

Rebecca y Weisz se dirigen al almacén en busca de ropa y nuevas armas. Mientras tanto, Shiki lleva a Madame Kurenai al Distrito Laboral, donde continúan su lucha.

Por fin, Homura se enfrenta a su madre, Kurenai, y se decide su destino.

Después de derrotar a la Dama Roja y dejar el planeta Sun Jewel, Shiki y sus amigos aceptan la muerte de Valkyrie y continúan su viaje. Rebecca, orgullosa de su despertar de Ether Gear "Reaper", se baña y tiene un sueño extraño... Mientras Rebecca está inconsciente, Shiki y los demás intentan infiltrarse en el enorme acorazado urbano Belial Gore, donde Drakken Joe está tras Edens Zero.

Los protagonistas se enfrentan a Element 4, el escuadrón de élite de Drakken, quien ha tomado la Edens Zero como rehén.

Mientras Weisz se enfrenta a Laguna para intentar salvar a sus compañeros, Sister interroga a Maria.

Mientras Rebecca lucha por llevar la medicina a Weiss, Sylph, de Element 4, la atrapa. Parece ser que Drakken quiere algo de ella.

Mientras Shiki se enfrenta a Jin, Homura intenta escapar de Sylphe. Por su parte, Rebecca sufre las torturas de Daichi, el último de los Element 4. Pero es la intervención de Drakken Joe la que trastornará, de manera trágica, toda la aventura de la tripulación de Edens Zero...

Han pasado siete días desde la trágica situación que vivieron la tripulación del Edens Zero. Sin embargo, Drakken aún necesita a Rebecca para despertar su poder. Rebecca decide tomarse una ducha y algo cambia...

Con los poderes de su Ether Gear "Cat Leaper" activados, Rebecca viaja en el tiempo antes de la infiltración en Belial Gore. Una vez más, las Cuatro Estrellas Brillantes del Rey Demonio, incluido Homura, se enfrentan a Element 4.

Las Cuatro Estrellas Brillantes se enfrentan a Element 4 mientras nuestros protagonistas descubren más sobre Drakken Joe.

Si Labilia no es Labilia, ¿quién es? Alguien que ya conocen, aunque con un objetivo que desconocían. Pese a todo, Drakken encuentra al grupo protagonista y Shiki se dispone a enfrentarlo. ¿Ocurrirá de nuevo la misma desgracia que en la línea temporal anterior?

La intensa batalla entre Shiki y Drakken continúa. Drakken activa su Overdrive para intimidar a Shiki, ¡pero de repente aparece Arsenal! Weisz, que ahora sabe la verdad sobre el sistema de soporte vital, ataca con toda su rabia a Drakken.

Shiki logra finalmente derrotar a Drakken Joe, pero Weisz todavía está decidido a acabar con su vida de una vez por todas. Después de eso, la tripulación de Edens Zero se prepara para partir hacia el próximo destino.

Antes de aventurarse más allá del cosmos en busca de Madre, la Diosa del Cosmos, Edens Zero visita Granbell a petición de Shiki, donde tiene un reencuentro inesperado.

Con la llegada de Elsie Crimson, el equipo aprende más sobre lo que pasó con Ziggy y considera dejar el cosmos Sakura por primera vez.

Shiki y compañía llegan al planeta de fuego Red Cave, aunque lo que allí encuentran es una playa y lo que parece un ambiente ideal para relajarse... hasta que descubren algo especial bajo el agua.

La tripulación de la Edens Zero descubre algo perturbador sobre el supuesto ataque de Ziggy y la rebelión de los robots de Foresta.