Chisa Yukizome, una antigua alumna de la Academia Hope's Peak, es contratada como nueva profesora de la Clase 1 - B. Sin embargo, la mayoría de los alumnos no se presentan a clase, por lo que Chisa, Fuyuhiko Kuzuryu, Hiyoko Saionji, Mahiru Koizumi, Sonia Nevermind y Mikan Tsumiki tienen que buscarlos. Pero las cosas pueden volverse bastante locas cuando los estudiantes de élite están en juego.

Chisa Yukizome lleva su investigación al Curso de Reserva y espera sacarle información a Hajime Hinata. Chiaki Nanami intenta hacer amigos utilizando su amor por los juegos para ayudar a sus compañeros de clase a estrechar lazos, logrando unir a su alocada clase.

La actitud pomposa de Natsumi la mete en una discusión con Sato, el amigo de la fotógrafa Mahiru Koizumi. Hajime se entera de la determinación de Natsumi por entrar en el plató principal y ser reconocida por su hermano. Al día siguiente, Hajime llega a la escuela y descubre que Natsumi ha sido asesinada, sospechando que Sato puede haber sido el responsable. Mientras Chisa y Juzo se preocupan por la dirección que está tomando la Academia Hope's Peak, Hajime se prepara para participar en un experimento organizado por la escuela para recibir un talento artificial.

Con la clase preparándose para un examen práctico a pesar de la melancolía tras la muerte de Sato, el afortunado estudiante Nagito Komaeda se acerca a Seiko para pedirle un laxante que pueda utilizar para posponer el examen. Al mismo tiempo, Ruruka le pide a Seiko una droga para mejorar su rendimiento y utilizarla en sus pasteles para el examen.

Después de pasar medio año enseñando a la clase de reserva, Chisa pide a Juzo un carné de administrador para investigar algo conocido como el Proyecto Kamakura. Mientras tanto, se revela que Ryota ha estado pasando todo su tiempo en casa trabajando en un anime, haciendo que el Impostor Definitivo ocupe su lugar en clase. Por otra parte, Junko Enoshima se reúne con su hermana, Mukuro Ikusaba, mientras se preparan para matricularse en Hope's Peak como parte de la 78ª promoción.

Hajime emerge del experimento bajo la nueva persona de Izuru Kamukura. Más tarde, después de que la clase 77 se muda a un nuevo edificio, Chisa se cuela en la oficina del administrador, donde se entera de todo sobre el Proyecto Kamukura, que está diseñado para crear al estudiante de élite definitivo de la esperanza.

Junko consigue que Ryota le enseñe el anime en el que ha estado trabajando, enterándose de que se utilizan varias técnicas parecidas a los mensajes subliminales para provocar emociones en sus espectadores. Preocupado por su ausencia, el Impostor Definitivo envía a Mikan a comprobar el dormitorio de Ryota, donde es capturada por Mukuro y llevada al lugar donde Junko está haciendo trabajar a Ryot. Mientras el director de Hope's Peak, Jin Kirigiri, se prepara para tomar sus propias medidas, Junko corre la voz sobre los experimentos e incidentes que Hope's Peak intentó encubrir, lo que lleva al Curso de Reserva a rebelarse.

Después de notar que Mikan ha estado actuando de manera extraña cerca de Junko, Ryota se sorprende al descubrir un video del juego de matar del consejo estudiantil. Junko revela que planea combinar este video con el anime de Ryota para crear algo que le lave el cerebro a la gente y los envíe a la desesperación, amenazando con someter a sus compañeros de clase a otro juego de matanza en caso de que se niegue a cooperar.

Chisa se presenta para enfrentarse a Junko, quien le revela su plan de lavar el cerebro a su clase para convertirla en la estudiante de élite de la Desesperación. Mientras tanto, Chiaki escapa con Nagito e informa al resto de la clase, que decide ir a ayudar a su profesora.

Junko domina a Juzo y deduce que está enamorado de Kyosuke, amenazándolo con exponer sus sentimientos hacia él a menos que haga lo que ella dice. Decidiendo que Chiaki es el elemento final necesario para completar su prototipo de vídeo, Junko la atrapa en un laberinto lleno de trampas mortales, obligando al resto de la clase a ver cómo lucha.

Juzo y Chisa le dicen a Kyosuke que Junko es inocente, permitiéndole pasar a las etapas finales de su plan. Mientras Junko hace que los alumnos del Curso de Reserva a los que ha lavado el cerebro asalten el edificio principal y maten a los demás estudiantes antes de llevarlos a suicidarse, la clase 77 parte para sembrar la desesperación por todo el mundo mientras Izuru se va por su cuenta, curioso por saber si aún posee algunos de los recuerdos de Hajime.