Gibbs y Franks investigan la desaparición de un joven marine vinculado a un misterioso complejo con un líder carismático, y se revela el destino de Lala.

Cuando el cuerpo de un nadador universitario aparece en la playa, el equipo debe determinar si se trató de un accidente o un asesinato. Además, Gibbs se prepara para su primer interrogatorio.

El joven Ducky es enviado al Campamento Pendleton para acompañar al equipo mientras investigan un caso y, en el proceso, se reencuentra con Gibbs después de que sus caminos se cruzaran años atrás.

La tensión aumenta cuando Mason, el hermano mayor de Franks, con quien no tiene relación, llega a la ciudad desesperado en busca de ayuda tras tocar fondo. Además, el equipo investiga el robo de un banco de la Marina mientras Lala, aún recuperándose de su accidente, toma una decisión sobre su futuro.

Gibbs y el equipo del NIS investigan la muerte de un oficial naval en un pequeño pueblo, pero tienen dificultades para hacer justicia. El 'crossover' continúa en Navy: Investigación Criminal (Temporada 23, Episodio 5) Ahora y entonces (II).

Cuando una pista anónima lleva al descubrimiento del cuerpo de un joven marine en la escena de un crimen escalofriante, Randy cree que podría estar relacionado con un caso anterior en el que se dejó una moneda en la garganta de la víctima. Además, Franks intenta localizar unos paquetes de gran valor destinados a su hermano, Mason.

El equipo investiga el asesinato de un marine que había sido seleccionado recientemente para una misión clasificada. Además, la vida personal de Wheeler da un vuelco, Lala se queda desconcertada por una noticia inesperada de Vera, y Gibbs y Diane tienen una cita doble con Randy y su esposa.

Cuando el informante favorito de Lala recibe un disparo, el equipo une fuerzas con la policía de Oceanside para determinar quién está detrás del ataque. Además, Franks visita a su hermano Mason en el complejo, y la relación de Gibbs con Diane se pone a prueba cuando ella consigue un trabajo en Los Ángeles.

Mientras el equipo descubre la fuga de Gibbs con Diane en Las Vegas, en estado de ebriedad, los recién casados ​​reflexionan sobre su futuro. Además, el equipo investiga un atentado con bomba en un cine que resultó fatal y que tiene relación con la propiedad de los Pruitt, donde se hospeda Mason.

Cuando un capitán de la Marina llega a Camp Pendleton con síntomas de un virus mortal, el NIS entra en confinamiento y Gibbs se ve obligado a tomar el mando. Mientras el pánico se extiende, el equipo se apresura a determinar si se trata realmente de un brote mortal o de algo completamente distinto.

Cuando se descubre el cuerpo empapado de un teniente, con una posible conexión a una red internacional de contrabando, se solicita la ayuda de agentes del NIS de Panamá, y Gibbs se reencuentra con un viejo enemigo: el agente especial Dwayne Pride. Una vez que ambos son asignados a una peligrosa misión encubierta, Gibbs debe encontrar la manera de dejar atrás su pasado.

Cuando el director regional del NIS intenta trasladar a Mary Jo, ella se reencuentra con una vieja amiga de Atlantic City para ayudar a investigar la muerte de dos marines en la carretera.

Cuando el Dr. Tango es arrestado por robar restos humanos de un parque nacional, el Dr. Donald "Ducky" Mallard regresa para ayudar al equipo a demostrar su inocencia.

Cuando Gary Callahan, el agente canino de confianza del equipo, resulta gravemente herido en la escena de un crimen, el NIS se apresura a localizar al culpable mientras se revela un sorprendente capítulo de la vida de Franks anterior a Pendleton.

La determinación de Lala por sacar a Manny de la vida de pandillas mete al equipo en medio de una guerra territorial.

Gibbs y Lala estrechan lazos mientras trabajan juntos en un caso. Mientras tanto, el romance a distancia de Gibbs con Diane se enfrenta a nuevos desafíos cuando su padre, Jackson, aparece inesperadamente.

Wheeler toma el mando cuando un coche bomba explota frente a la sede del NIS. Además, se revela la verdad sobre la aversión de Franks hacia los abogados.

Ante el riesgo de cierre de la oficina de Camp Pendleton, el equipo se enfrenta a un futuro incierto.