Uryu es un joven huérfano al que el sacerdote de un templo invita a vivir con él. Aunque él solo quiere pasar el día entre sus libros para poder ir a la Universidad de Kyoto a estudiar medicina, descubre que el templo viven tres hermanas que tal vez le compliquen un poco la vida.

Las tres hermanas urden un plan para echar a Uryu del templo y así evitar que se produzca el matrimonio, pero se dan cuenta de que Uryu aguanta bastante.

Aunque intente evitar el tema, Uryu tiene que elegir a una de las tres hermanas con la que unirse en matrimonio, así que es el momento de tener con ellas unos encuentros para conocerse mejor.

El templo está en una situación complicada, y es que si las hermanas no consiguen atraer a 5000 visitantes a su próximo festival, se verán obligadas a vender el templo.

Llega el día del festival y comienzan los problemas. Si no alcanzan los 5000 visitantes prometidos, perderán el templo e incluso la casa.

Uryu se pone a pensar en lo ocurrido tras el festival del templo y Asahi se ofrece a ayudarle a encontrar la respuesta que busca.

La nueva afluencia de feligreses al Templo Amagami es una bendición, pero con las tres hermanas tan ocupadas y el regreso de sus clases, necesitan consejo sobre cómo gestionar mejor el templo, así que acuden a visitar a la mujer que les enseñó a ser sacerdotisas.

Mientras las tres hermanas se preocupan por qué dirán a su maestra sobre el futuro, Uryu no puede evitar el sueño que tuvo y todo sucede tal y como vio. Pero, ¿qué quieren realmente la hermana mayor y la menor?

Mientras las tres hermanas se preparan para hablar con su maestra de sus sueños, Uryu no deja de pensar en los suyos, aunque en un sentido más literal.

Terminan las vacaciones de primavera y llega el momento de retomar los estudios, aunque Uryu tendrá que adecuarse a su nuevo instituto... y su peculiar situación.

Yuna y Asahi piden a Uryu que acompañe a Yae a una fiesta de su universidad, puesto que la mayor de las hermanas tiende a abusar del alcohol y temen que alguien pueda aprovecharse de ella, pero esto llevará a Uryu a conocer a cierta persona y a descubrir cierto secreto.

El grupo llega en plena noche al Templo Inari y Uryu espera tener un momento a solas con Yae para preguntarle por el nombre que vio en sus documentos. Makoto le advierte de que no lo haga, pero ese nombre es uno que Uryu conoce desde hace tiempo...

Uryu por fin recuerda que conoció a Yae cuando eran los dos unos niños, pero aunque han pasado muchos años, él sigue queriendo cumplir su promesa con ella y ayudarla siempre.

Asahi lleva tiempo entrenando para una maratón, pero unas lluvias inesperadas hacen que la competición se posponga y se celebre el mismo día que un importante festival del templo.

Asahi y Uryu siguen atrapados en el bucle temporal, así que esta vez tienen que cambiar de estrategia.

Asahi se da cuenta de lo que realmente quiere en cuanto el bucle llega a su fin.

Dado que Uryu no parece ir por buen camino para poder estudiar medicina, las hermanas toman una decisión radical.

Las ocurrencias sobrenaturales en el Templo Amagami se suceden una tras otra, y esta vez afectan a Uryu y a Yuna.

Mientras Yuna y Uryu se acostumbran a su nueva vida, la mejor amiga de Yuna nota que algo va mal.

Uryu habla con Yuna sobre sus sueños para el futuro y descubre la verdad sobre su secreto. Mientras, el festival cultural se acerca y tanto Uryu como Yuna deben prepararse para la obra de teatro que protagonizarán, ¡pero los problemas con las hermanas no podían faltar a la cita!

Con las hermanas Amagami enamoradas de Uryu, Shirahi, quien siempre estuvo a su lado, se siente desplazada. Esto hará que recurra a un rumor muy popular entre los adolescentes: que pedir un deseo en el Templo Kuragami hace que se convierta en realidad de inmediato.

Uryu se encuentra atrapado en otro mundo en el que vive con Shirahi, pero esto no será suficiente para aplacar su espíritu y luchar por regresar a la vida que tanto ama en el templo Amagami.

Uryu cree haber encontrado la causa del cambio repentino en el mundo: Shirahi. Sin dudarlo, le pregunta a ella directamente. ¿Qué siente su amiga de la infancia realmente por él? Pero, más importante, ¿qué siente él realmente por las hermanas Amagami?