Los últimos reductos de la humanidad luchan por sobrevivir frente a los B.R.A.I., unas entidades mitad orgánicas mitad inteligencia artificial en constante evolución.

La investigación de Leon da sus frutos cuando consigue derrotar a un monstruoso B.R.A.I. empleando sus nuevos poderes. Cain propone una alianza para defender la ciudad.

No sin reservas, Jay le ordena a Leon que siga trabajando en el inestable hyperdrive con la esperanza de obtener alguna ventaja sobre los B.R.A.I.

Leon se siente responsable del accidente del reactor, y se ofrece voluntario para ir al frente cuando un nuevo tipo de B.R.A.I. amenaza con destruir la ciudad.

Cuando una fuerza desconocida destruye un avión de carga, Leon sospecha que el responsable es un B.R.A.I. volador semejante a un pájaro.

Gravemente herida tras combatir contra Wang, la discípula Queenie Yoh deberá levantar el vuelo para enfrentarse al B.R.A.I. alado que controla su ahora enemigo.

Leon se pone elegante para visitar la ciudad. Chloe le sigue pensando que tiene una amante, pero en realidad está rastreando un curioso fenómeno.

Varias personas mueren víctima de potentes proyectiles dentro de la ciudad. Leon y el equipo Pandora deben dar con el asesino antes de que provoque más muertes.

El equipo Pandora se apresura a encontrar al culpable, pero uno de sus miembros acaba herido. Cain cuenta la historia de un francotirador que le perdonó la vida.

El señor Gold jura derrocar a Cecile y hacerse con el control de la ciudad. Gren está desesperado por ayudar, y le ruega a Leon que instale otro hyperdrive en su MOEV.

Tras probar el drive oscuro que parece acelerar la evolución de los B.R.A.I., Leon recuerda al líder de su investigación, quien pereciera en el accidente del reactor.

Cuando una infección letal se propaga fuera de la ciudad, el equipo debe decidir entre proteger la urbe o acoger a las oleadas de refugiados que se aproximan.

La inestabilidad del reactor aumenta peligrosamente a causa de los ataques de los B.R.A.I., y Leon deduce que una fuga en el núcleo podría ser la causa.

Pese a las dificultades técnicas, el equipo debe detener a un BRAI semejante a un ciempiés que está destruyendo instalaciones clave fuera de la muralla de la ciudad.

Leon se lleva al equipo a su vieja cabaña para reparar sus MOEV mientras los efectos secundarios del uso del sistema hyperdrive les pasa factura.

La batalla por el control de la ciudad llega a su dramático final. El misterioso Sieg, consejero y aliado de Mr. Gold, se presenta ante un fatigado Leon.

Con Cecile fuera de escena mientras se recupera de sus heridas, Jay instruye a Queenie para que se haga pasar por la alcaldesa.

Tras sufrir una grave escasez de alimentos debido a los recientes ataques de los BRAI, el equipo Pandora debe proteger a un convoy con suministros de vuelta a la ciudad.

Mientras Leon se recupera de las heridas infligidas por Sieg, los miembros del equipo Pandora que usaron el sistema hyperdrive empiezan a padecer un extraño fenómeno.

Después de que un misterioso rayo de energía destruya una ciudad vecina, el equipo debe hallar la forma de impedir que su ciudad sea aniquilada de la misma forma.

Tras entablar contacto con un misterioso BRAI, Doug le pregunta a Leon si conservarán sus personalidades tras fusionarse con sus MOEV.

Leon y Queenie van en busca de Fiona, cuyos poderes son vitales para contener el núcleo del reactor.

Un enjambre de BRAI parecidos a abejas se dirige hacia la muralla, pero Leon cree que sus intenciones no son hostiles y pide a la unidad de Gren que no entable combate.

La mente de Leon está atrapada, perdida sin rumbo aparente en un laberinto multidimensional. Fiona considera la opción de entrar en su consciencia para rescatarlo.

Mientras el diabólico plan de Sieg empieza a manifestarse en el plano físico, Cecile y el equipo Pandora se preparan para su misión final: salvar el mundo.

Leon y el equipo Pandora afrontan la batalla definitiva cuando la emanación oscura de Sieg se adentra en la ciudad.