El equipo Scorpion debe trabajar con su vieja némesis, Mark Collins, para prevenir la extinción de la humanidad. Además, Walter y Paige exploran torpemente su nueva relación.

El equipo continúa trabajando para prevenir un posible evento que podría provocar la extinción. Además, una decisión en el último minuto de Cabe en el caso pone en peligro su carrera.

Cuando unos cazadores furtivos casi matan a una cierva embarazada en peligro de extinción, el equipo Scorpion recrea el útero del animal para intentar salvarlo. Además, Happy y Toby discuten sobre el futuro de su familia.

Mientras desmantelan un viejo misil nuclear, un simple accidente hace que el equipo quede expuesto a un vapor tóxico mientras trata de evitar que la bomba nuclear detone.

Mientras asisten a una convención tecnológica, el Equipo Scorpion al completo es tomado como rehén por un grupo que trama un atraco virtual.

En Halloween, el equipo Scorpion se enfrenta a un caso para demostrar la existencia de fantasmas en el Queen Mary, pero descubren un desastre demasiado real cuando encuentran un "barco fantasma" en riesgo de colisión mortal. Además, Walter considera tomar nota de los intereses de Paige para mejorar su relación.

Mientras rastrea un dispositivo que puede prevenir una fusión nuclear a través de las alcantarillas de Los Ángeles, Walter aprende los matices de escuchar y no ofrecer consejos a Paige. Además, el equipo se encuentra con Florence, su nueva vecina en el garaje, cuando envía una mezcla de sustancias químicas malolientes a través de su ventilación compartida como advertencia para mantener el ruido a un tono moderado.

Para el cumpleaños de Sylvester, el equipo Scorpion visita un festival renacentista, pero la fiesta se tuerce cuando un grupo intenta robar un armario de evidencias policiales situado cerca. Además, Paige se cansa de los comentarios de Walter sobre todas las inexactitudes históricas en el festival.

En Acción de Gracias, la vecina nueva del equipo Scorpion, Florence, se une a ellos en una misión marina para destruir una isla flotante de basura, pero su mala contribución la deja a ella, Walter y Happy varados en la isla que se disuelve rápidamente. Además, Toby trabaja con Cabe para descubrir los detalles de la muerte de su padre que ha enterrado en su mente desde que era un niño.

Mientras el juicio de Cabe se cierne sobre el Equipo Scorpion, un caso simple se tuerce cuando ayudan a un padre y su hija, cuyo avión se ha estrellado cerca. Además, Paige ayuda a Walter a conocer sus sentimientos sobre el posible futuro de Cabe en prisión.

Mientras el Equipo aguarda ansiosamente el veredicto del juicio de Cabe, que podría enviarlo a prisión, enfocan su energía en tratar de salvar a un perro atrapado en una cisterna.

En Nochebuena, cuando Walter elige trabajar en lugar de pasar tiempo con sus amigos, se cae por las escaleras y se golpea la cabeza. Cuando yace inconsciente, entra en un mundo de ensueño donde el equipo Scorpion nunca existió y se encuentra con su ángel guardián.

El equipo Scorpion debe trabajar con la némesis de Toby, Quincy Berkstead, y su esposa Amy, la ex prometida de Toby, cuando se quedan encerrados en un bunker con inteligencia artificial que pretende matarlos. Además, Walter está distraído por su reciente sueño en el que está casado con Florence en y no con Paige.

Una tormenta solar deja sin electricidad la ciudad de Los Ángeles, y el equipo debe ayudar a un joven piloto y su novia que se pierden en el Pacífico sin sistema de navegación o contacto por radio. Además, durante la crisis, Walter debe cuidar a un grupo de compañeros de clase de Ralph, y Cabe trata de decirle finalmente a Allie que la ama.

El equipo Scorpion debe evitar que un tsunami llegue a una instalación de energía nuclear vulnerable, y Toby ayuda en secreto a su ex prometida a recuperar su identidad robada.

En el Día de San Valentín, el equipo debe dejar de lado sus planes románticos para ayudar a un médico y piloto atrapado dentro de un helicóptero que se ha estrellado en lo alto de un rascacielos. Además, Toby y Happy esperan noticias sobre sus resultados de fertilidad, y Sylvester se da cuenta de que siente algo por Florence.

Los genios del equipo Scorpion se convierten en cabezas huecas y Paige debe simplificar la ciencia para ellos, cuando sus facultades mentales se ven afectadas durante un trabajo para evitar la creación de un agujero negro. Además, Florence y Sylvester se acercan más cuando ella lo ayuda con un proyecto especial.

El equipo Scorpion bloquea de forma inadvertida el robo de un banco y es tomado como rehén. Además, los sentimientos de Sylvester por Florence aumentan.

El Equipo Scorpion se dirige al pantano para localizar a un caimán cachorro y detener un virus mortal transmitido por mosquitos, y Paige enseña a Walter el concepto de "mentira piadosa". Además, Walter golpea a Cabe con un arma tranquilizadora y Toby debe salvarle la vida. Sylvester y Ralph ayudan a Patty cuando las abusonas del colegio la juegan una mala pasada.

El equipo Scorpion debe usar su alto coeficiente para ganar un partido de softbol cuando el director nacional los desafía, con todos sus futuros contratos gubernamentales en juego. Además, la noche secreta de Walter con Florence pone nerviosos a Toby y Happy.

El lado materno de Paige se despierta cuando el equipo debe salvar a un niño inconsciente e hipotérmico atrapado en la cavidad de la rueda de una avión. Además, la mentira piadosa que Walter le dijo a Paige comienza a pasarle factura, y Paige se da cuenta de que algo está pasando.

El equipo Scorpion se dirige al noreste de África, donde deben pasar con sumo cuidado un campo lleno de minas para salvar las vidas de los aldeanos locales. Además, la relación de Paige y Walter da un giro sorprendente, y Toby y Happy toman una decisión importante.