Los monstruos inmortales conocidos como Kabane han atacado la Estación Aragane. Ikoma, un joven que vive en la Estación Aragane, corrió contra las oleadas de civiles aterrorizados para luchar contra Kabane usando un arma que ha estado desarrollando en secreto: la pistola Piercing.

Ikoma logra sobrevivir y se dirige hacia el último Hayajiro que queda en la Estación Kenkin, el Kotetsujyo. Mientras tanto, Ayame y su gente se quedaron atrás para defenderse de los Kabane cuando una joven llamada Mumei aparece ante ellos.

Habiendo escapado de la estación de Kenkin, el Kotetsujyo se dirige a Kongokaku, la fortaleza del shogunato. Sin embargo, las personas en Kotetsujyo se vuelven rápidamente contra Ikoma y Mumei e intentan sacarlos del tren.

Las otras personas encierran a Ikoma y Mumei en el auto trasero, a pesar de que son dos de los mejores luchadores. ¡Justo entonces, el ataque de Kabane! Y entre ellos se encuentra un Wazatori, un Kabane que tiene la capacidad de aprender y ser más fuerte en cada batalla.

El Kotetsujyo recoge a los sobrevivientes de la Estación Yatsushiro, que ha sido destruida por el Kabane. Entre los sobrevivientes está Enoku, un viejo amigo de Mumei. Él señala a Mumei lo débil que se ha vuelto a medida que se acerca más a la gente del Kotetsujyo.

El Koutetsujou está de pie ante un grupo gigante de Kabane, el Humo Negro, y todo parece desesperado. Mientras tanto, Ikoma y Mumei se encuentran en el fondo de una estación abandonada.

El Kotetsujyo llega a la estación de Shitori, la primera estación poblada que se encuentra desde que salió de la estación de Kenkin. Ikoma y los demás van de compras para comprar suministros y experimentan su primer momento de paz en años.

El hermano mayor que Mumei sirve es Biba Tenshin, líder de los Cazadores, una división especial dedicada a la caza de Kabane. Sin embargo, mientras la gente elogia a Biba como un héroe, Ikoma no confía en él.

El Shogunate cierra el camino hacia Kongokaku porque desconfían de Biba y del apoyo que ha logrado obtener. Biba busca una audiencia con el Señor de la Estación de Iwado, aunque con menos de intenciones puras.

El Kotetsujyo había sido vinculado al Kokujyo, y Takumi y los demás estaban bajo el dominio de los Cazadores que exigían que se recogiera su sangre. Mientras que otros caen en la desesperación, Ikoma se niega a perder la esperanza mientras diseña una contraofensiva.

Biba se reúne con su padre Shogun Koukyo después de 10 años, mientras Nue de Mumei está listo. Mientras tanto, Ikoma ha perdido la confianza y la fuerza de voluntad. Ahora es un mero caparazón de su antiguo yo y solo puede acobardarse ante la vista del Kabane.

El plan de Biba, la transformación de Nue de Mumei y la afluencia de Kabane eran demasiado para que Kongokaku pudiera resistir. Ikoma llega, habiendo modificado su cuerpo una vez más, y entra en Kongokaku para rescatar a Mumei.