En la Ciudad de los Domos, sus habitantes han de fallecer en la ceremonia de Carrusel a los treinta años con la promesa de que se renovaran en nuevos cuerpos. Existen fugitivos que no creen esto e intentan escapar a un lugar llamado Santuario. Jessica es una fugitiva que convence al cazador Logan para que escape con ella. Otro cazador, y antiguo amigo de Logan, Francis es llevado ante un concilio de ancianos. Estos explican que la renovación no existe pero morir a los treinta es necesario, excepto para el concilio, si la ciudad ha de sobrevivir. Francis recibe la misión de cazar a Logan y Jessica. Si lo logra, obtendrá un puesto en el concilio, con lo que escapara a ese terrible destino. Sin embargo, el Concilio no tiene la intención de cumplir su parte del trato. Logan y Jessica huyen al exterior consiguiendo un vehículo que funciona con energía solar. De camino conocen a una colonia de fugitivos liderados por un anciano, el primero al que ambos héroes ven. Francis intenta detenerlos en vano, pero son retenidos en una ciudad liderada por androides. El encargado de repararlos, Rem, les ayuda a escapar con la condición de unirse a ellos, y buscar juntos el Santuario. Francis queda retenido en la ciudad durante su intento de capturar en Logan.

Una nave alienígena intenta llevarse a Logan y Jessica como muestra de la especie dominante del planeta. Rem consigue llegar a tiempo de ayudarles a organizar una revuelta de las especies prisioneras en la nave. Estas toman control de la nave para viajar a sus mundos.

Mientras Rem es retenido por un vigilante, Logan, Francis y Jessica caen prisioneros de una pareja dedicada a la caza de seres humanos. Rem logra controlar al vigilante que le retenía, llegando a tiempo de salvar a sus compañeros. Por esta vez Francis permite que Logan escape por la ayuda recibida.

Perseguidos por Francis, los fugitivos se refugian en un complejo donde vive una muchacha de gran poder telequinetico que se encapricha de Logan. Dicha atracción está a punto de causar su desastre, cuando la chica rechazada está a punto de entregarle a Francis, pero Logan logra enseñarla a ser justa.

El Doctor David Eakins viaja desde el año 2118 al pasado para conseguir información de unos ordenadores que le ayudaran a salvar a su gente en el pasado, e impedir el holocausto. Logan y los demás le ayudan pero el plan no logra funcionar.

Los fugitivos llegan a una sociedad que divide a las personas molecularmente en su lado bueno, y malo. Jessica es sometida al tratamiento, su lado negativo siendo expulsado con los desechados. Logan lidera una revuelta de los desechados para reestablecerla, y al mismo tiempo reunificar a ambas sociedades considerando que ambas son partes de un todo.

Logan y los demás ayudan a un grupo en animación suspendida a regresar, ya que la cura del virus que necesitaban es disponible. Uno de ellos comienza a asesinar a los demás, debido a falta de dosis, hasta que se le descubre, gracias a Logan.

En su camino, Logan, Jessica y Rem descubren una residencia donde los habitantes están siendo sometidos a controles terapéuticos para que no tengan emociones. La idea es eliminar el factor del miedo en los habitantes para crear un ejército indestructible. El ejército derrota al líder dejando que uno más benévolo guíe a la comunidad.

El concilio de la Ciudad de los Domos envía a un vigilante haciéndose pasar por fugitivo para traer de vuelta a Logan. Este intenta convencerles para regresar, cuando el grupo se encuentra con el que fuera primer fugitivo de la ciudad Matthew. Ahora egoísta, no duda en traicionar a Logan y Jessica, pero fallece al enfrentarse a Rem. El vigilante es acribillado por otros vigilantes cerca de la ciudad que lo confunden con un fugitivo.

Los fugitivos llegan a una estación dirigida por un androide femenino llamado Ariana, cuya función es estudiar los sueños de los humanos. Rem y Ariana desarrollan afecto mutuo, lo que ayuda a que Logan y Jessica sobrevivan al estudio, y a retener a Francis, que les ha seguido hasta allí, mientras escapan. Francis y sus hombres son retenidos con el mismo experimento.

Logan pierde todo recuerdo del último año, y Francis le lleva de vuelta a la ciudad para que regrese a su estatus de vigilante y testifique ante la asamblea. Sin embargo los planes del Concilio es que perezca en la ceremonia del Carrusel. Jessica y Rem logran rescatar a Logan justo cuando sus recuerdos regresen, y los tres abandonan la ciudad de nuevo.

Durante una noche de tormenta, Logan y Rem acaban en una mansión donde han de evitar que tres habitantes, en comunión con un ser de ultratumba, utilicen a Jessica para que su cuerpo alberge el espíritu de uno de los suyos. Durante la experiencia, Logan y Jessica comienzan a explorar sus sentimientos mutuos besándose por primera vez.

Fugitivos y vigilantes son hechos prisioneros en una civilización xenófoba que somete a las mujeres. Logan logrará que sus amigos escapen, mientras el gobierno de la ciudad es reemplazado por otro más tolerante, que permitirá la expansión de su sociedad.

Logan y Jessica han de impedir que unos alienígenas utilicen mecanismos de Rem para contactar con su planeta, y así poder continuar con su plan de invasión.