Cuando los niños de Washington D.C. comienzan a cometer crímenes tras haber hablado con un 'amigo imaginario' al que llaman Drill, la agente del F.B.I. y especialista en conducta infantil Claire Bennigam se encargará de investigar el caso. En paralelo, el Departamento de Defensa envía al operativo Wes Lawrence para investigar un extraño fenómeno geológico en el desierto del Sáhara.

Mientras Drill continúa manipulando a los niños, Claire y Jessup descubren que Sean ha estado en el hospital y que es el mismo hombre del retrato robot. Esperanzada, Claire contacta con Wes para interrogarle sobre el accidente de avión en el que desapareció su marido.

John Doe toma como rehén a la doctora María Benavidez cuando una misteriosa entidad lleva a la mujer a un lugar desconocido. Mientras, Claire y Wes prosiguen su investigación sobre los lugares en los que ha estado John Doe y descubren cuál es su próximo objetivo.

Mientras Minx trata de convencer a Henry para que participe en otro de los juegos de Drill, la agente Benningan y Wes Lawrence trabajan contra reloj para impedir que el misterioso John Doe provoque un incidente que podría matar a millones de personas.

Claire habla con su marido Sean, al que creía muerto, sobre su vida en común para intentar que vuelvan a su memoria algunos hechos de su pasado. Por otra parte, Wes regresa a Malí para volver a examinar el extraño hallazgo que encontró allí. Mientras, su esposa Lena vigila a Minx, la hija de la pareja, para asegurarse de que sus conversaciones con Drill han acabado.

Un gran avance sobre Drill es hecho; Claire habla con un grupo de niños que han sido contactados por Drill, Wes hace un terrible descubrimiento.

Mientras Wes se reúne con el Presidente acerca de su descubrimiento, Drill dirige a un miembro de la familia del presidente; Sean se enfrenta a posibles consecuencias para su colaboración con Drill.

Claire y Sean descubren un hombre que tuvo un encuentro peligroso con Drill hace más de 30 años.

Sean, Claire, Wes y Lena investigan el pasado del hombre que encontró por primera vez a Drill más de tres décadas atrás - antes que Drill lo asesinara.

Un plan para atrapar a Drill y robarle su energía, pero que podría salir mal, y en caso de hacerlo, no hay duda de que Drill buscaría venganza.

Wes tiene un plan, consistente en poner a todos niños en una zona protegida, para despertar a Drill, e intenta persuadir al presidente para que le haga caso.

Drill se queda con uno de los niños, generando confusión y miedo. Sin embargo, no está claro de quién se trata.

Los miembros del equipo esperan parar el juego final de Drill de llegar a su conclusión potencialmente mortal.