Chase, Adam, Bree y Leo descubren que Sebastian está tramando en secreto una rebelión maligna cuyo objetivo es destruir a Davenport para vengarse de la muerte de Krane.

Sebastian y los rebeldes encierran a Leo y al resto de estudiantes en la zona de entrenamiento.

Tras sacar a un grupo de estudiantes biónicos de la isla, Adam, Bree y Chase acaban olvidándose de Spin y de Bob por accidente.

Cuando tienen lugar varios hechos sospechosos, de noche, en la academia, todos parecen convencidos de que ha aparecido una nueva amenaza.

Cuando el perro perdido de Douglas, Otis, aparece en la isla, Chase desarrolla una fuerte alergia y Adam se hace muy amigo de él. Otis tiene una sorpresa para todos.

Leo se siente desplazado porque nadie le reconoce como el cuarto miembro del equipo, así que, decide autopromocionarse. Sin embargo, acaban recibiendo más alertas de las que son capaces de atender.

Adam y Chase lideran a sus respectivos equipos en una serie de ejercicios simulados que evaluarán tanto su rendimiento como el de sus estudiantes.

Cuando Leo se hace daño durante una misión, Tasha llega corriendo a la academia para cuidar de él. Enseguida se da cuenta del peligro que corre durante las misiones.

Douglas y Chase consiguen resucitar una araña marina extinta. La araña se escapa y pone a toda la academia en peligro.

Bree y Chase descubren que una estudiante biónica tiene la aplicación comando, igual que Chase. Cuando empieza a aterrorizar a la academia, activan a Spike para que se enfrente a ella.

Chase y Davenport crean una nueva y revolucionaria fuente de energía y se la presentan al mundo. Mientras, Kaz y Oliver van a la academia con la esperanza de que, al fin, Kaz obtenga poderes.

El mejor científico de Davenport llega a la academia para poner a prueba su último avance en tecnología espacial. Sin embargo, un fallo en el diseño lanza a Davenport hacia el espacio.

Douglas les cuenta a sus chicos que su antigua novia de la universidad, Giselle Vickers, que ahora es directora de cine, quiere hacer una película basada en Adam, Bree y Chase.

Cuando Adam, Bree, Leo y Douglas consiguen escapar de un estudio lleno de explosivos, tienen que encontrar a Chase, al que han secuestrado Giselle y Troy.

Chase y Douglas descubren que Kran le implantó a todos los estudiantes un virus letal, incluyendo a los tres jóvenes originales.

Douglas desarrolla una nueva tecnología replicando la inteligencia biónica de Chase y se la da a algunos de los estudiantes de la academia, incluido Bob.

Davenport le da a Eddy, su sistema inteligente, un cuerpo humano sintético y rápidamente se convierte en un empleado modelo que trabaja con Perry.

Perry recupera una misteriosa calavera de una isla cercana, que podría estar o no estar maldita.

Leo se siente muy culpable después de que su nueva habilidad haya herido a otro estudiante biónico, pero se ve obligado a ser valiente cuando se entera de que su familia corre un grave peligro.

Cuando Tasha consigue entradas para todo el mundo menos para Perry para un partido de fútbol universitario, Perry se pone como loca.

Todos se quedan impactados cuando Douglas presenta a un cuarto hermano biónico llamado Daniel que vive una vida normal con una familia adoptiva.

El equipo biónico se ve amenazado por el regreso de un diabólico villano con un malvado plan para hacerse con la colonia espacial y destruir toda la vida en la Tierra.

Donald lleva a toda la familia a visitar Davenportia, la primera colonia espacial situada en otro planeta de una galaxia lejana.

Los héroes biónicos ponen sus vidas en peligro cuando se enfrentan a los captores de los estudiantes: un malvado dúo al que ya conocen.