(Parte 2): Siguiendo en el final de la temporada anterior, Rex se queda frente a la oficina de Caballero Negro (Rex cree que es una dimensión de Breach) después de que Caballero Blanco fue en contra de las órdenes de sus superiores, durante la misión Rex ve que los guardias usan una máquina de control mental creado por Cesar para capturar a los EVOs y le ponen un collar. Luego de huir de Providencia se encuentra con dos tipos que en realidad son la Dra. Holiday y el agente Seis que crean un nuevo grupo llamado "Providence Defect Group".

Rex tiene una afición en las carreras de motos subterráneo y se verá obligado a participar en una carrera de motos contra el líder llamado Valve.

Parte 1: Es un episodio crossover entre Ben 10: Supremacía Alienígena y Generador Rex. Ben Tennyson accidentalmente viaja a la dimensión de Rex cuando pelea lo que cree que es un extraterrestre. Después de peleas entre Rex y Ben, los dos finalmente trabajan juntos para detener la verdadera amenaza, un villano llamado Alpha creado por Cesar.

Parte 2: Es un episodio crossover entre Ben 10: Supremacía Alienígena y Generador Rex. Ben Tennyson accidentalmente viaja a la dimensión de Rex cuando pelea lo que cree que es un extraterrestre. Después de peleas entre Rex y Ben, los dos finalmente trabajan juntos para detener la verdadera amenaza, un villano llamado Alpha creado por Cesar.

Noah obtiene un trabajo en el estudio de televisión donde se graba el programa favorito de Rex. Después que el uniforme de Noah se mancha, él hace un montón de peticiones extrañas, como que persigue a un tamaño de desplazamiento mangosta, con todo el mundo que se reúne pensando que es Noah.

La pandilla viaja a Egipto donde Caballero Negro cuenta con equipos para investigar la tumba del secreto de la Esfinge donde una momia se cobra vida por los viejos nanites que menciona que le dio su "padre"; Caballero Negro obtiene algo importante y decide destruir la tumba con algún motivo desconocido, Caballero Negro mirando en un jeroglífico donde esta el dibujo de Van Kleiss revelando su paradero lo que indica que está en el Antiguo Egipto.

Después de perder sus gafas durante una pelea con una enorme planta de EVO, Rex cree que sus gafas son únicas y trata de recuperarlas. Pero tiene alguna dificultad en esa misión y Caballero Negro le salva la vida a la Dra. Holiday pidiendo una tregua para trabajar juntos. Su misión es evitar que un EVO convierta a la gente en EVOs al escupir una especie de polen que los hace transformar a la gente y hacérselo en 36 horas.

Rex planea una broma a Noah y le pide ayuda a Bobo.

White Knight ayuda para infiltrarse en Nueva Providencia con el fin de descubrir la verdadera intención de Caballero Negro y Cesar tienen con el Consortium, que es apoderar el mundo y convertirse en dioses conocido como "El Código de Dios", Rex encuentra a Cesar en su laboratorio con una persona que trata de "revivir" cuyo ser Gabriel Rylader, ahí obtiene el primer Meta-Nanite. Y Rex piensa declarar guerra contra Caballero Negro.

Rex y Noah ven a un chico EVO cautivo por los guardias de Providencia llamado Feakins Fitzy que tiene la capacidad de interferir de alguna manera con los poderes de Rex. Varios guardias de Providencia los persiguen sin descanso y Caballero Negro observa sus movimientos.

Circe está cubriendo a la vieja pandilla cuando los guardias están capturando EVOS poniéndoles collares pero sus amigos se sacrifican para salvarla y pide ayuda a Rex, con la esperanza de vencer a Caballero Negro y a Providencia por un nanite Maestro. Sin embargo, él se encontró con Biowulf que es el nuevo líder poco después de llegar junto con las fuerzas lideradas por Caballero Negro y sus peones negros. Circe le da un beso a Rex por primera vez y es capturada por el Peón Negro a cambio de salvara a Rex con el segundo Meta-Nanite.

En Hong Kong, China, Rex se entera de que Quarry ha regresado y está utilizando un mando a distancia robado de los agentes de Providencia, convirtiendo a sus viejos amigos Skywdd, Tuck, y Cricket, en contra de él una vez más como un gran ejército pero descubre que los que controlaban a los EVOs fueron los chicos de los videojuegos; en la pequeña batalla contra Quarry acaba quedando en pedazos por Rex. (Nota: Rex no mencionó a Circe que fue capturada en Abysus cuando él estaba cubriendo para ayudarle a escapar).

Van Kleiss se encuentra atrapado en Egipto tratando de volver a su época actual pero sin embargo despierta tan pronto de la máquina de la hibernación que acaba capturado por los romanos quienes lo forzan a luchar contra los gladiadores. Luego Rex encuentra la máquina donde esta Van Kleiss pero con el estado de shock y ve un portal de oro que resulta ser Breach por el anti-tiempo pero ella huye nuevamente sin decir la respuesta de seguir siendo amigos. Van Kleiss es arrestado en Providencia cuando se reúne con Caballero Negro que había estado por un largo tiempo fuera.

Rex salva a Circe de Providencia, pero ella está actuando muy extraño sin saber como logró escapar de Providencia cuando fue capturada en Abysus. Rex y los demás pronto descubren que Circe en realidad es un EVO que cambian de forma llamado John Scarecrow, que se ha infiltrado en la planta por órdenes de Caballero Negro para tratar de obtener información sobre el meta-nanite. Mientras que en Providencia Cesar se reencuentra con uno de los científicos del Evento Nanite, que es Peter Meechum pero no le agrada trabajar junto con Van Kleiss después de que le hizo convertirse en EVO para proteger a su hija Sarah; la verdadera Circe aún sigue siendo prisionera en la cárcel.

Rex descubre que ha heredado una granja en Argentina por lo que Noah, Claire, y Annie acuden juntos para visitarla.

El gato de la selva EVO regresa para ayudar a Rex y a Seis, quien quiere vengarse de Van Kleiss por haberlo petrificado en el Amazonas para infiltrarse en la base del Consortium con intención de obtener el tercer Meta-Nanite, pero sin embargo Caballero Negro mata a un miembro del Consortium sustituyéndose en su lugar.

Hunter Caín, Gatlocke, NoFace y Valve se fugan de la cárcel para formar un equipo para acabar a Rex. Sin embargo en realidad fue una gran distracción cuando Caballero Negro obtiene el cuarto Meta-Nanite.

Caballero Negro ataca al Equipo del Defecto de Providencia y robar los Meta-Nanites que faltaban para completar el plan del Consortium, ahí se cuenta el origen de que llegó a Providence cuando Caballero Blanco es despedido y contando historia de los científicos originales y de los padres de Rex. Fitzy Feakins reaparece para poder interferir los poderes de Rex y llevarlo de vuelta a la base del Consortium, ahí se reúne nuevamente con los científicos; Rex se siente traicionado por Cesar y empieza ha odiarlo. El Caballero Negro y el Consortium obtiene poderes preparando la gran batalla contra Rex y Providencia. Rex es vencido pero todavía no termina.

Caballero Negro ataca al Equipo del Defecto de Providencia y robar los Meta-Nanites que faltaban para completar el plan del Consortium, ahí se cuenta el origen de que llegó a Providence cuando Caballero Blanco es despedido y contando historia de los científicos originales y de los padres de Rex. Fitzy Feakins reaparece para poder interferir los poderes de Rex y llevarlo de vuelta a la base del Consortium, ahí se reúne nuevamente con los científicos; Rex se siente traicionado por Cesar y empieza ha odiarlo. El Caballero Negro y el Consortium obtiene poderes preparando la gran batalla contra Rex y Providencia. Rex es vencido pero todavía no termina.