Un coleccionista llamado Kyouma Mabuchi es llamado por Mary a confiscar bobinas ilegales adquiridas por una ambiciosa pandilla local. El Kyouma espera en posición, se sorprende al ver a la chica secuestrada traída, pero trata con los criminales de todos modos. La última situación delictiva agarra a la chica como rehén, pero Kyouma no se mueve y la chica se ve obligada a defenderse, arrojando un sofá a su atacante y revelándose a sí misma como un robot. Ella golpea a Kyouma inconsciente en aparente vergüenza y se escapa con la mayoría de las bobinas ilegales. Albert Schuman, que lo reprende por quedarse dormido en el trabajo. Kyouma lo saca del cepillo y persigue a la chica, enfrentándola en un tejado cercano. Mientras tanto, Albert ha localizado al Dr. Yurizaki y le pide que regrese a Nueva Tesla. Yurizaki se niega, activando un dispositivo que quema todas las bobinas antes de desaparecer en un pilar de luz verde. Esto también cierra la niña robot que Kyouma había capturado, que es examinado y reactivado en Mary's con una bobina legal. Después de superar la vergüenza de estar desnuda, la niña ruega a Mary ya Kyouma que la dejen convertirse en una coleccionista.

La chica robot, Mira Yurizaki, creyendo que su padre estaba muerto, suplica convertirse en un coleccionista para seguir su última instrucción: "perseguir a los bobos ilegales". Mary concede su deseo y Kyouma de mala gana acepta trabajar con ella. Los dos van al acontecimiento altamente divulgado de un ladrón de arte extraño, enmascarado apodado "perdedor" como él nunca logra robar la obra de arte en sus robos. Mientras Mira traza la fuente de los alimentos de la cámara de Loser, Kyouma se infiltra en el museo y se enfrenta al perdedor mismo. Mientras que hace su manera abajo a la nueva exhibición del museo, Perdedor deja encendido que él sabe sobre el pasado de Kyouma, y ​​que la obra de arte contiene su blanco verdadero: una bobina "numerada" especial. Sin embargo, el curador del museo se impacienta y utiliza un par de muñecas robóticas dominadas por bobinas ilegales para atacar tanto a Kyouma como a Loser. Kyouma subyuga a los robots mientras que Loser toma la Bobina Numerada y escapa. El curador, temeroso de ser descubierto usando bobinas ilegales, intenta ocultar la evidencia, pero termina causando un mal funcionamiento catastrófico en las bobinas dañadas y un colapso dimensional - resultando en su cuerpo clonando y fusionándose con las muñecas en un desorden grotesco y retorcido.

Mira Yurizaki recibe seis millones de yenes de Mary por recolectar las palomas robóticas impulsadas por bobinas ilegales, y Kyouma le ayuda a comprar un remolque para que ella tenga su propio espacio privado. Kyouma se va a preguntar a un contacto, Dendendo, sobre las bobinas de números: nuevos prototipos de Tesla realizados antes de que se construyeran las grandes torres estabilizadoras, que sacan energía de las profundidades de Dimensión W, haciéndolas potentes y potencialmente peligrosas. Mira, mientras tanto, limpia y suministra su remolque, y conoce a los niños que juegan alrededor de la yarda del automóvil. Tres de ellos están en peligro cuando una pila de naufragios se derrumba, y Mira revela sus habilidades robóticas para salvarlos y es decapitado en el proceso. Kyouma es detenido por la policía que lo investiga por posible negligencia, pero es liberado por la palabra de Claire Skyheart, jefe de operaciones de Nueva Tesla Central 47 y abuela de uno de los niños, Shiora. Koorogi es capaz de poner a Mira de nuevo juntos, y los niños la visitan, aceptando mantener el secreto de que ella es un robot. Además, Albert le da a Claire Skyheart su informe final sobre el incidente con el Dr. Yurizaki, y mencionan los planes de Kyouma.

Albert contrata a Kyouma para investigar el ahogamiento del novelista de misterio recluso Shijuro Sakaki en su residencia en un hotel remoto en el lago Yasogami, infame para los avistamientos de fantasmas. Mira se enerva, viendo una figura fantasmal aunque no hay registro coincidente en sus registros. Kyouma visita la presa y un monumento conmemorativo para los que murieron en la inundación del lago artificial hace 21 años, mientras Mira escanea los libros del estudio de Sakaki - historias de fantasmas horribles que aún más la enojan. Kyouma se enfrenta a Albert que revela que los estudiantes que protestaban tomaron una Bobina Numerada para demostrar que la presa hidroeléctrica pronto sería obsoleta, y las expediciones para recuperar los Números se encontraron con la muerte. Las observaciones y las muertes se detuvieron hace una década cuando Sakaki compró el hotel, pero ahora los fantasmas han regresado. Koorogi reconstruye la memoria de un robot doméstico, mostrando figuras espectrales atacando a Sakaki, y sugiere que su materialización de Dimension W resultó en más datos de los que se podrían almacenar, sobrescribiendo fragmentos en tiempo real. Mientras tanto, reconstruyendo visualmente la aldea de Yasagami, Mira se encuentra atrapada en una visión con el pasado acodada sobre el presente, y es atacada por un fantasma. Un periodista es encontrado ahogado en una furgoneta del hotel, y otros tres huéspedes secuestran a la hermana afligida de Sakaki, Marisa. Mira es atado y mirado por Shiro Kamiki, quien revela que en el presente de Mira se llamaba Shijuro Sakaki.

El fantasmal Shiro Kamiki le dice a Mira que exterminará a cualquiera para proteger su mundo. Las figuras espectrales salen de la niebla para atacar a los del hotel. Kyouma se da cuenta de que se efectúan con agua embotellada, y Albert dispara los rociadores del hotel para detenerlos. Mira lucha con su propia mortalidad y hace cumplir su voluntad sobre la lógica del mundo atado, encontrándose con otro "fantasma" antes de despertar para decirle a Kyouma que los Números están ocultos dentro de la presa. Los secuestradores toman a una droga Marisa Sakaki en la presa, pero son derrotados por Kamiki. Elizabeth "Ellie" Greenhough-Smith, que también está buscando los Números, es advertida por Perdedor que se da cuenta de que Albert ha estado tratando de atraparlos. Mientras Kyouma y Mira corren hacia la presa, ella explica que los Números han almacenado una realidad alternativa en la Dimensión W tomada de la noche de la inundación, de la que Kamiki fue responsable, donde pudo salvar a los estudiantes del accidente pero no de él hermana. El verdadero Kamiki, que cambió su nombre por Sakaki, también deseó mantener vivos a sus amigos y así permitió que los Números los preservaran mientras protegían el mundo real. Kyouma se sumerge en agua de manantial para luchar contra Kamiki, mientras que Mira rompe las percepciones de Kamiki y le permite ver la verdad antes de apagar los Números.

Príncipe Salva-Enna-Tibesti, C.E.O. Del fabricante de robots Islero y C.O.O. Del Central 60, llega a Japón. Su hermano menor, el príncipe Lwai-Aura-Tibesti, corre a explorar con entusiasmo Japón, pero lo encuentra mucho como Isla hasta que ve a "samurai" Kyouma regresando de la tumba de la familia Azumaya. Un guardaespaldas de Islero los encuentra e intenta atacar a Kyouma que fácilmente desactiva el vehículo transformable del hombre. Cuando Lwai lo aleja, Kyouma se da cuenta de que Lwai tiene un cuerpo artificial. Él va a la tienda de kimono Azumaya y es recibido por su "hermana", Tsubaki, que le proporciona a Kyouma un nuevo abrigo de happi. Se revela que Kyouma sufrió pérdidas de memoria que le hicieron imposible aceptar o perdonar ciertas cosas, como su participación en la muerte de Miyabi Azumaya hace cinco años. Sin embargo, Kyouma ahora promete recuperar lo que perdió. El retenedor de Salva, Lashiti, llega para reclamar a Lwai, quien obedientemente sigue adelante. El príncipe Salva instiga la visita de Lwai a Mary's esa noche, luchando y dañando gravemente a su robot bodyguard Four antes de dejar una carta de desafío para los Collectors. El Príncipe Salva le dice a Claire Skyheart que en 7 días en la ruina prohibida de la Isla de Pascua comenzará una guerra para prevenir la guerra.

Un flashback muestra cómo Kyouma se reunió con su prometida, Miyabi Azumaya, y se unió a Grendel con el fin de salvar su vida. Grendel fue enviado a las instalaciones de recaptura en la Isla de Pascua, pero Kyouma no recuerda lo que pasó, le dijo después que habían ganado la guerra, pero la cirugía de Miyabi fue un fracaso. Sintiendo que lo había perdido todo porque las bobinas se volvían locas, Kyouma las ha odiado desde entonces. En la actualidad, Kyouma decide asumir la invitación e ir con Mira a Isla de Pascua, donde ocurrió el mayor mal funcionamiento dimensional de la historia. Salva explica a New Tesla que ha convocado a los Coleccionistas para investigar la Isla de Pascua para que todo lo que se encuentre se comparta en lugar de iniciar otra guerra dentro de la compañía. Los coleccionistas incluyen Harry & Debbie Eastriver, Yuri Antonov, Jason "Héroe" Chrysler, Hitman K.K., Scorpion Cat Cassidy & Sanchos y Elizabeth Greenhough-Smith & Loser. Se trata de recuperar una sola bobina que ha comenzado a funcionar y parece estar permitiendo que la región se recupera de la nada de la posibilidad. Debido a que las bobinas no funcionan allí, viajan en una aeronave de D.A.B. que sufre pérdida de potencia cuando se cierra bajo condiciones climáticas adversas. Una esfera extraña rompe la nave matando a la tripulación de vuelo, y el avión se estrella. Kyouma y Mira son volados por Al a lo largo de una ruta diferente a la Isla de Pascua.

Al aterriza en la Isla de Pascua y Kyouma y Mira compiten en su V-10 hacia el centro de investigación y el punto cero del desastre. Un flashback muestra que el Rey de Isla adoptó a Salva de un orfanato antes de formar un zon natural, Lwai; Como niños, Salva le dice a Lwai que él sueña con hacer el mundo que Lwai gobernará. En la actualidad, Collectors Hero, K.K., Yuri y Cassidy desembarcan y ayudan a Lwai a proteger al príncipe Salva y Sanchos que están comatosos después de haber sido tocados por la esfera que causó el choque. Aprendiendo que la caza todavía está en marcha, los coleccionistas masculinos comienzan a buscar la bobina de destino, dejando atrás a Cassidy. La esfera hace una reaparición pero parece extrañamente desinteresada en las mujeres. Las formas de vida y la maquinaria que se habían atrapado en la posibilidad nula comienzan a moverse otra vez, incluyendo los robots blindados grandes que siguen respondiendo al ataque de Grendel. Combatiendo a un robot, Kyouma y Mira se unen con los hermanos de Eastriver. Tienen una llamada cercana que pasa por una región de la nada, y Kyouma convoca su coraje para continuar cuando son inesperadamente confrontados por Perdedor.

El perdedor está decidido a bloquear el camino de Kyouma hasta que recupera sus recuerdos de su papel en la destrucción de la Isla de Pascua, y muestra que ha incorporado cuatro Números en su traje, dándole un tremendo poder. Su batalla se interrumpe cuando la extraña esfera reaparece y Kyouma la toca y pierde la conciencia. Kyouma y Salva parecen estar reviviendo su pasado, cuando Grendel fue enviado a Isla para proteger el Centro 60 y ayudar a Salva a acabar con una revuelta. Sin embargo, Lwai es accidentalmente atrapado en el fuego cruzado y es gravemente herido por una de las máquinas de guerra de Salva, mucho a su conmoción. Nuevo Tesla aprende que el hombre detrás de la revuelta de Isla es Haruka Seameyer, un ex estudiante del Dr. Yurizaki. Kyouma y Grendel se encargan de cazar a Seameyer, que recluta a muchos de los estudiantes de Yurizaki para rebelarse contra New Tesla. En el presente, Loser y Ellie viajan más profundamente al laboratorio, codenamed Adrastea, donde él era una vez un investigador. Kyouma finalmente se da cuenta de que está atrapado en una ilusión. La esfera entonces se acerca a Kyouma, revelándose a sí misma como Seameyer, quien también quiere los recuerdos de Kyouma. Mientras tanto, Mira tiende al cuerpo inconsciente de Kyouma cuando un enorme robot ataca.

Mira trabaja con los Eastrivers para destruir al robot, pero está casi perdido en la región de la nada antes de que Kyouma se recupere para salvarla. Kyouma revela que se despertó al quitar un implante que había sido colocado secretamente en su oído, y que ha comenzado a recuperar sus recuerdos. Un Lwai fuertemente dañado entonces llega, advirtiendo que Hitman K.K. Y un Yuri controlado por la mente había intentado quitarle la vida. Mientras tanto, Chrysler se enfrenta al perdedor, y rápidamente se revela que Chrysler también está usando secretamente Números en su demanda. Kyouma, Mira, Lwai y los Eastrivers se encuentran con K.K., quien les dice que fue contratado para asegurarse de que nadie encuentre a la Bobina escondida en la Isla de Pascua y envíe a Yuri a atacarlos. Kyouma está separado y obligado a luchar contra uno de sus viejos compañeros de equipo de Grendel, Doug, que ahora es un títere sin vida bajo el control de K.K. Kyouma destruye el dispositivo de control de Doug, poniéndole a descansar, pero K.K. Escapa y mata a Lwai. Un Kyouma enfurecido está a punto de matar a K.K. Cuando es detenido por Mira, y aparece un segundo Lwai, explicando que tiene múltiples cuerpos.

El perdedor derrota Chrysler para sus números, totalmente accionado mientras que él se traslada más profundo en Adrastea. Lwai explica que puede habitar remotamente cuerpos de robot desde Isla. Contada sobre los implantes, Lwai despierta a Salva quien se une a ellos y explica que está buscando Génesis, una bobina supuestamente capaz de crear "algo de la nada", esperando que pueda regenerar el cuerpo de Lwai. Mientras los otros sostienen robots, Kyouma, Mira, Salva y Lashiti entran en Adrastea. Se encuentran con Loser, quien confirma que fue un investigador y la destrucción de Isla de Pascua fue causada por el mal funcionamiento de un transportador experimental. Loser, Seameyer y el Dr. Yurizaki habían trabajado juntos para crear Genesis hasta que el Dr. Yurizaki y el Tesla cerraron el proyecto, enviando a Seameyer a la locura, eventualmente desarrollando su propio Génesis E implacablemente experimentando con sus propios científicos. Atrapado en una dimensión de bolsillo, Seameyer dice que Kyouma tomó Génesis y se teletransportó lejos - y sólo Kyouma sabe dónde está Génesis. Cuando Perdedor pregunta lo que Seameyer ha hecho con su esposa, Sophie, Seameyer responde que él la castigó por frustrar sus planes convirtiéndola en un monstruo gigante, y la envía para atacarlos.

El perdedor lucha contra el monstruo de Seameyer, pero rápidamente pierde la ventaja. Mientras tanto, Kyouma se siente culpable por haber causado el accidente del teletransportador, pero Mira señala que si no fuera por él y Miyabi, no existiría ya que originalmente se suponía que era el cuerpo de reemplazo de Miyabi. Recordando a Miyabi, Kyouma recupera su resolución, y permite que Mira entre en sus recuerdos para restaurarlos. Cuando Kyouma despierta, encuentra a Salva, Loser, Ellie y los Eastriver listos para ayudarlo a luchar contra Seameyer. Mira huye cuando su Bobina está a punto de sobrecargarse y ella es capturada por Seameyer, pero Kyouma lo insulta deliberadamente permitiéndole mirar sus recuerdos. Kyouma revela a Seameyer que Miyabi rechazó ser restaurado por Génesis, y honrando sus deseos, Kyouma lo destruyó. Seameyer se vuelve loco de rabia, pero es rápidamente derrotado por los esfuerzos combinados de Kyouma y sus amigos. Seameyer tiene una visión agonizante de que el Dr. Yurikazi lo conforte en sus últimos momentos. Fuera, Mira's Coil se sobrecarga, pero el Dr. Yurikazi aparece repentinamente y le confía a Mira un nuevo Coil. Después de la batalla, el perdedor sucumbe a sus heridas y los colectores supervivientes vuelven a casa. En el epílogo, Kyouma y Mira continúan trabajando juntos como Coleccionistas.