Una década después de la destrucción de los clanes ninja Kouga e Iga, solo quedan dos sobrevivientes en una aldea escondida. Pero el destino aún no ha terminado con los ninjas ...

Hachirou quiere abandonar la aldea ninja y comenzar una nueva vida. Él y Hibiki están destinados a nunca estar juntos, y él está aterrorizado por sus poderes. Pero la guerra entre Kouga e Iga aún no ha terminado ...

Una fuerza oscura desciende sobre los Cinco Tesoros cuando son atacados por un misterioso ninja.

La matanza de los Iga y Kouga continúa mientras los Joujinshuu atraviesan las Cinco Flores. ¿Quienes son ellos y que quieren?

Los Joujinshuu continúan cortando una franja a través del ninja, y el propio Hachirou se ve obligado a unirse a la refriega.

Han pasado muchos años. Los ninjas sobrevivientes están escondidos, y Hachirou ha desaparecido. Los Joujinshuu aún no han regresado, pero ¿pueden estos días de relativa paz durar para siempre?

Mientras el castillo negro se eleva en el bosque cerca del puesto de té, Hachirou es llamado a encontrarse con Tadanaga, donde descubre la verdad sobre los pensamientos de Tadanaga durante el incidente hace cuatro años.

Los ninjas se preparan para asaltar a Murakumo mientras Hachirou escapa de las trampas cuidadosamente puestas de Suruga.

Hachirou está decidido a matar a Joujin y su Joujinshuu, pero Joujin tiene planes más profundos para el Señor de Suruga de lo que había pensado.

El daimyo local realiza un ataque contra el castillo Murakumo de Joujinshuu. A medida que su ejército masivo es aniquilado por los cañones de Murakumo, Tenkai se da cuenta de que solo los ninjas pueden destruir el castillo.

Mientras los ninjas se preparan para un asalto al castillo, la armadura de Shikibu se rompe. Gorone intenta repararlo, pero es vulnerable cuando no lo está usando. Entonces un enemigo ataca y lo separa del grupo ...

El asalto al castillo de Murakumo ha comenzado, y la primera tarea es alejar a las tropas que lo rodean. Rui y Shichigen intentan un asalto, pero el enemigo se ha preparado para sus técnicas ...

El asalto a Murakumo continúa mientras se revela el terrible pasado de Utsutsu y el origen de sus técnicas.

Hadaebou se infiltra en el castillo de Murakumo, donde intenta matar al Señor de Suruga. Joujin intenta que Hachirou y Hibiki unan fuerzas con él.

El castillo de Murakumo ha desaparecido sin dejar rastro, y parece que los Joujinshuu han desaparecido. Los ninjas vuelven a sus vidas normales, pero ¿se acabó todo?

Murakumo está de vuelta! Ahora el castillo está sobre ruedas y se dirige lentamente hacia Edo. Los ninjas intentan entrar mientras Hachirou intenta huir.

El sirviente de Tenkai se infiltra en el castillo de Murakumo con una misión: traer de vuelta a Tadanaga o matarlo si se niega a irse.

El intento de Hadaebou de recuperar a Tadanaga del Castillo Mukakumo no sale como estaba planeado. Hachirou aparece ante los ninjas reunidos de Kouga e Iga, frente a un enemigo al que no puede derrotar solo.

Hachirou entra al castillo por fin, ya que Saizou es víctima del Pasaje del Destino de Yasha Itaru.

Saizou está muerto, pero su sacrificio ha permitido a los ninjas entrar finalmente en Murakumo. Pero en el interior les aguardan amenazas aún mayores.

Los ninjas suben al castillo de Murakumo, pero Neirichiou los detiene. Todavía está vivo y los quiere muertos.

El secreto de Kujaku se revela cuando Joujin encuentra un final espeluznante y el Rey Demonio Nobunaga revive.

Nobunaga revive, solo para morir rápidamente de nuevo. Entonces Hibiki y Hachirou quedan atrapados en un extraño espacio creado por las técnicas de Joujinshuu. Cuando escapan, se encuentran en un mundo paralelo.

En un mundo paralelo, Hibiki y Hachirou se enfrentan con Joujinshuu por última vez. Los Joujinshuu son tomados con la guardia baja y abrumados, pero Joujin todavía tiene un último truco bajo la manga: una conexión profunda con un poderoso ninja oculto.