La tensión crece entre la Iglesia Católica Romana y Ciudad Academia desde el ataque de Vento del Frente. Tōma Kamijō tiene un día desafortunado cuando Index hambrienta lo muerde, Seiri Fukiyose golpea su cabeza con una pelota, su maestra llamada Suama Oyafune lo ataca por caminar quitándose la falda y Mikoto Misaka lo ataca después de encontrar una selfie de él y su madre en su teléfono. Más tarde, se ve obligado a seguir a una anciana llamada Monaka Oyafune, que resulta ser la madre de Suama, a un parque vacío.

Tōma se lanza en paracaídas a un río y casi se ahoga, pero Itsuwa de la Iglesia Amakusa lo salva. Tōma explica su misión de encontrar el Documento de Constantino, un artefacto mágico con el poder de hacer que todo lo que dice el Papa parezca la verdad absoluta, lo que resulta en disturbios en todo el mundo contra la Ciudad Academia. Mientras están en un café, Tōma e Itsuwa huyen cuando los alborotadores se dan cuenta de que está conectado con Ciudad Academia. En Londres, Stiyl Magnus y Agnese Sanctis interrogan a los prisioneros Lidvia Lorenzetti y Biagio Busoni para obtener información sobre el Asiento a la Derecha de Dios.

Motoharu se une a Tōma e Itsuwa en su lucha contra Terra, quien escapa rápidamente después de que llegaran los trajes de poder no tripulados enviados por Ciudad Academia. Luego se queda atrás para detenerlos, mientras Tōma e Itsuwa persiguen a Terra hasta el Palais des Papes. Al llegar, Tōma llama a Mikoto para revisar algunas noticias en Ciudad Academia. Mikoto le informa que la ciudad envió una operación de limpieza a Avignon para lidiar con un grupo religioso peligroso, pero su llamada telefónica se interrumpe cuando Terra llega con el Documento C. Durante su pelea, Terra se da cuenta de que Tōma aún no ha alcanzado todo el poder del Imagine Breaker debido a sus recuerdos perdidos.

GROUP captura a un individuo anónimo conocido como 'Administración', que luego es asesinado por Banka Yobō. Etzali investiga el apartamento de Management cuando llega BLOCK, obligándolo a disfrazarse como uno de ellos. GROUP se entera de que Management vendió un arma a un francotirador llamado Chimitsu Sunazara, que planeaba apuntar a Monaka, pero Accelerator detiene el intento de asesinato. Pronto se enteran de que fue una desviación del plan real de SCHOOL de apuntar al laboratorio de ingeniería de partículas.

Kazari Uiharu acompaña a un Last Order fugitivo. Al llegar al centro de control de satélites, Accelerator se enfrenta a un teletransportador de MEMBER llamado Saraku y logra derrotarlo. En otra parte, el líder del MIEMBRO llamado 'Profesor' se enfrenta a Teitoku, pero en su lugar muere. Mientras tanto, BLOCK comienza a apagar el sistema de vigilancia de Ciudad Academia para permitir la entrada de mercenarios desde el exterior, pero Etzali alerta a los helicópteros no tripulados para que los detengan. Los miembros restantes de BLOCK llamados Tatsuhiko Saku y Megumi Teshio continúan con su plan de matar a Aleister Crowley tomando como rehenes a los camaradas encarcelados de Awaki Musujime a cambio de teletransportarlos al interior del edificio sin ventanas.

Shiage descubre que el escondite de ITEM está siendo atacado por SCHOOL. Teitoku intenta matar a Shiage, pero Rikō Takitsubo lo detiene con su habilidad activada por las drogas Body Crystal. SCHOOL luego se va después de que logran su misión de desactivar el poder de Rikō. Una vengativa Shizuri Mugino le ordena a Rikō que use más su habilidad. Shiage confisca la droga y la lleva a Aiho Yomikawa por seguridad. Luego se enfrenta a Shizuri, quien recientemente mató a Frenda por traicionarlos.

Itsuwa llega a Ciudad Academia y le dice a Tōma que fue asignado como su guardaespaldas para protegerlo de Acqua, quien quiere matarlo por arruinar los planes del Asiento a la Derecha de Dios. Mientras sus compañeros católicos de Amakusa observan a los dos y planean acercarlos, Mikoto pasa mientras se ocupa de la revelación de la pérdida de memoria de Tōma. Tōma lleva a Itsuwa a su dormitorio y luego encuentra a Index destruyendo accidentalmente su baño. Itsuwa decide llevar a Tōma e Index a un spa ubicado en un nivel subterráneo del Distrito 22.

Tōma está hospitalizado, mientras que Itsuwa todavía está deprimida, pero se motiva para defenderse después de que Saiji Tatemiya le dio una severa lección. Los Católicos Amakusa preparan sus armas para otra pelea contra Acqua. Reciben información de Orsola Aquinas sobre el pasado y las habilidades de Acqua, preparándolos para enfrentarlo. Los Católicos Amakusa lanzan una maldición sobre Acqua, pero es anulada por su habilidad de Madre Divina.

Tōma recupera la conciencia y se escapa del hospital para ayudar en la lucha de los católicos Amakusa contra Acqua. Se encuentra con Mikoto en su camino y tiene una conversación profunda con ella. Mientras tanto, Acqua continúa dominando a Kaori hasta que los católicos Amakusa se unen a la batalla para ayudarla.

Una explosión en el Eurotúnel daña gravemente tanto a la economía inglesa como a la francesa, provocando un aumento de las tensiones entre ambos países. La familia real británica convoca a Index para determinar la causa, con Tōma actuando como su guardián.

Tōma e Index llegan a Edimburgo y Kaori los lleva al Palacio de Buckingham para encontrarse con la Reina Elizard, la Primera Princesa Riméa, la Segunda Princesa Carissa, la Tercera Princesa Villian y el Caballero Líder.

Carissa comienza a movilizar a los Caballeros de Inglaterra. Smartvery y sus compañeras brujas chocan con los caballeros cerca de la frontera del país. Agnese y sus compañeras monjas de batalla se enfrentan a otros caballeros, pero logran escapar de ellos.

Tōma y Floris se encuentran con Villian y son encontrados por los católicos de Amakusa. Continúa encontrando a Index y ve a Acqua, quien recientemente derrotó al Líder de los Caballeros y su carruaje.

Las brujas de Coven Compass comienzan a lanzar un ataque en el Palacio de Buckingham, mientras que los aliados de Tōma logran llegar al palacio y luchar contra Carissa, pero se encuentran en desventaja.

GROUP tiene la tarea de eliminar un grupo llamado 'Spark Signal'. Shiage visita a Rikō y Saiai Kinuhata en una habitación privada, y este último le informa más tarde sobre unirse a un nuevo equipo que constaba de miembros difuntos de ITEM, SCHOOL, BLOCK y MEMBER. Accelerator salva a un grupo de niños retenidos como rehenes por Spark Signal en una instalación subterránea de aceleradores de partículas y se molesta con la demanda de los terroristas de revelar toda la información relacionada con DRAGON.

Shiage logra llegar al edificio de la habitación privada en helicóptero. Accelerator también llega y somete a Spark Signal cuando aparece el guardaespaldas de Shiokishi llamado Sugitani y mata a los agentes restantes. Más tarde encuentra a Shiage y a Rikō debilitado. Saiai llega cerca del edificio pero de repente es atacado por Stephanie.

Mientras Awaki está inconsciente, Accelerator se enfrenta a Sugitani y logra derrotarlo a pesar de estar paralizado. Etzali continúa luchando contra Tecpatl empuñando un grimorio original basado en el calendario azteca hasta que finalmente lo mata. Mientras tanto, Saiai logra derrotar a Stephanie a pesar de la falta de suministro de nitrógeno para su habilidad en el área.

El gobierno ruso declara la guerra a Ciudad Academia. En Rusia, Shiage y Rikō llegan cuando la salud de este último empeora, mientras que Accelerator y Last Order abordan un tren y se encuentran con tres soldados desconocidos de alto poder con un maletín. A Tōma le sigue Lessar, quien intenta seducirlo para ponerlo del lado del Reino Unido.

La mujer enmascarada confronta a Accelerator y se presenta como Misaka Worst. Mientras tanto, Vento convoca un barco de hielo de la Flota Reina de Biagio para atacar a Fiamma, pero es derrotado. Fiamma revela estar conectado conscientemente con Index, quien actualmente descansa en Londres, y se burla de Tōma por mentir sobre su pérdida de memoria frente a ella.

Héroes, villanos... Parece que Accelerator lo tenía todo bastante claro, pero Touma tiene algo más que palabras con él y le hace ver que está equivocado.

Vasilisa contacta al Papa para discutir su plan para lidiar con la guerra actual. Aiwass le indica a Hyōka Kazakiri que detenga al Arcángel Gabriel en Rusia. Acqua y Shiage logran liberar a los aldeanos de los corsarios militares. Luego se retira cuando las fuerzas de Ciudad Academia se acercan para asegurar la aldea.

Fiamma cada vez está más cerca de lograr su objetivo. Y si fuera poco, cuenta con el tremendo poder de un arcángel que dará muchos problemas a los presentes.

El arcángel Gabriel ataca desencadenando una fuerza temible, pero por suerte habrá varias personas que lucharán para hacerle frente de diferentes modos.

Touma se encuentra frente a Fiamma para hacerle frente, derrotarlo y acabar con sus ambiciones de una vez por todas.

Mientras Touma sigue enfrentándose a Fiamma, el resto combate por su lado y comienza a sacar la bondad de su interior. Accelerator por su parte ha conseguido comprender algo que le puede servir para savar a la mocosa que quiere proteger.

Accelerator salva a Last Order a pesar de sufrir graves heridas por el uso de la magia. Mientras tanto, Tōma derrota a Fiamma y decide dejarlo escapar. Se encuentra con Mikoto y Misaka #10777 que llegan para rescatarlo, pero rechaza que se ocupen del descenso de la Estrella de Belén. Tōma luego se encuentra con Index en su modo John Pen y se disculpa por mantener su pérdida de memoria en secreto para ella. Stiyl contacta a Tōma y le indica que destruya los elementos mágicos elevados que se encuentran en la fortaleza voladora. Llega el Arcángel Gabriel, pero es derrotado por Tōma mientras se sumergen en el Océano Ártico. ITEM se encuentra con soldados liderados por su enlace, que querían recuperar a Rikō debido a su potencial de convertirse en el Esper de nivel 5 número 8, pero los aldeanos los salvan.