Después de que Ciudad Gótica quedara destruida por le ataque de La Unión, Superman viaja hasta ahí para entregarle un cheque, proveniente de Metrópolis, para ayudar en las tareas de reconstrucción. Pero en medio de la ceremonia el héroe es atacado por Metallo. Para evitar perdidas civiles, Superman traslada la pelea hacia el centro de chatarra de la ciudad; pero Metallo ataca a Superman develando un corazón de Kriptonica, la única debilidad del héroe. Cuando esta casi todo perdido, Batman y Robin atacan a mettalo y le quitan su corazón, dándole la posibilidad a Superman de recuperarse. Cuando finalmente Superman derrota al villano le exige a Batman que le entregue la Kriptonita, pero él se niega, entonces Superman le revela que conoce su verdadera identidad antes de que llegue Lois Lane.

Superman/ Clack Kent esta bajo el control de Lex Luthor y solo Batman puede salvarlo. Usando la kriptonica que le quito a Metallo, Batman idea una ingeosa manera de traer de vuelta a la normalidad al hombre de acero, al mismo tiempo que trata de detener el descabellado plan de Lex, que planea utilizar un ejercito de robot para privatizar la seguridad mundial.

Flecha Verde irrumpe en los laboratorios Wayne, pero es sorprendido por un equipo de ninjas que inician el combate. Él se escapa, pero no antes de ver a Bruce Wayne y decirle que él está haciendo enfermar a muchos niños. Esto lleva a Bruce a examinar los alrededores de los laboratorios, y se encuentra con que muchos niños y niñas dentro de un radio de los laboratorios sufren de distintas enfermedades de las que no se conoce. Batman y Robin toman unas muestras del agua, pero se terminan encontrando con Flecha Verde, justo al mismo tiempo que Robin cae gravemente enfermo. Después de que Batman convence a Flecha de que Bruce Wayne no es responsable, y ambos se dan cuenta de que el Conde Vértigo esta detrás de todo ese caos. En este episodio, el origen de Flecha Verde es reinventado para incluir a Vértigo como la causa de su nacimiento.

El episodio comienza con Firefly y su novia, Blaze, robando un isótopo de fósforo radioactivo. Él trata de incorporarlo a su traje como una nueva arma, pero disparatadamente lo toca con una llama y este explota, impregnándolo completamente con radiación, convirtiéndolo en un ser de fosfato capaz de caminar, hablar y lanzar llamas. Batman, Batichica y Robin deberán actuar rápido antes que Phosphorus destruya Ciudad Gótica con todo su poder.

Cuando Batman es alertado por un robo en un laboratorio de óptica, no espera terminar peleando consigo mismo. Ambos son luchadores poseen las misma habilidades y los mismo gadgets. Pero cuando los falsos Batman y Robin, se escapan el Batman original se da cuenta de que su doble era zurdo. Cuando vuelven a ser alertados en otra óptica, se encuentra con que el ladrón esta vez es Flash. Pero al final resulta ser solo otra copia generada a base de un espejo. Cuando el Flash real, se descubre que su enemigo el Maestro de los Espejos esta tratando de transportar a todos los ciudadanos de Ciudad Gótica al universo espejo, planeando pedir un rescate por la ciudad. Ahora los héroes deberán combatirse a ellos mismos si quieren salvar a la población de Gótica.

Por toda Ciudad Gótica, los ciudadanos se ven obligados a robar objetos, siempre con grandes sonrisas en la cara. Lo extraño es que no están intoxicados con el gas de la risa, pero es obvio que el Guason esta detrás de todo. Y mientras que Batman trata de convencer al Comisonado Gordon de que solo se tratan de crímenes menores, su compañera, Batichica también comienza a manifestar ese comportamiento extraño. Por eso Bruce Wayne y Dick Grayson deciden seguir a Barbara Gordon para determinar como fue corrompida por el payaso - pero más tarde, ellos dos también terminan participando en la ola de crímenes pergeniados por el Guason. Sin poder recordar nada, Batman termina deduciendo que el plan del payaso tiene algo que ver con el tren subterráneo de Ciudad Gótica.

Cuando Sinestro se escapa de la custodia de los Linterna Verde, Hal Jordan se reúne con Batman para que lo ayude a vigilar los cielos en busca de cualquier rastro que pueda generar el anillo de Sinestro. Sin embargo, Siniestro ataca de imprevisto, y como Linterna Verde se encuentra solo y con bajo poder en el anillo, cae ante el villano. En un último esfuerzo para proteger el anillo, se lo envía volando a Batman. Accidentalmente es interceptado por el Pinguino, que no tiene ni idea de lo que ha encontrado, pero aprende rápidamente a usar su poder. El único problema es que su fuerza de voluntad y su inteligencia son casi nulas. Batman y Robin tratan de detenerlo, pero el Pingüino se encuentra con Sinestro. Desesperado por protección, el Pingüino termina entregándole al anillo a Batman. La Batalla entre Batman y Sinestro ha comenzado.

El episodio inicia con Nightwing - la futura identidad de Dick Grayson - luchando contra un villano llamado capitán Slash en un videojuego en línea, en que el personaje de Robin (Nightwing) está luchando contra un personaje de uno de los matones del Guason. Cuando Marty, en nuevo secuaz del payaso le construye un casco de videojuego que le permite descargar mentalmente el dinero de las cuentas de lo bancos, el accidentalmente introduce una copia digital de la mente del Guason a Internet. Mientras tanto, Bruce Wayne presenta las última innovación de su laboratorios - un enjambres de nanobots que son auto-replicantes, y pueden unirse para formar cualquier objeto sólido. Eso le permite al Guason 2.0 hacer la transición de digital a físico. Pero, ¿cual Guason es el más peligroso? ¿y que pude ocurrir ya que ninguno de los dos quiere un gemelo?

El Trío Terrible son un trío de jóvenes inadaptados que asisten a la universidad. Ellos han robado la formula del Man-Bat del Dr. Kirk Langstrom y modificaron los mutágenos de manera que se pueda absorber a través de un parche y convertirse cuando lo deseen. Batman y Batichica descubren que químico reacciona de manera diferente en cada persona, y que el trío planea convertir un partido de fútbol americano en una nueva versión de "La isla del Dr. Moreau". En este episodio, también nos enteramos de que Barbara Gordon se ha graduado recientemente de secundaria y ahora asiste a la universidad - la misma universidad que el Trío Terrible.

Wrath fue creado como el anti-Batman. En esta nueva versión del personaje, las similitudes entre ambos son aún más sorprendentes. Ahora el tambien tiene un compañero adolescente llamado Scorn. En realidad son Will y Andy Mallory, amigos de Bruce y Dick. Hasta tal punto llega su amistad, que en sucesivas ocasiones van a escalar juntos. En una de esas oportunidades, Bruce aprovecha para presentarle un prototipo de cable para escalar que esta desarrollando, y decide prestárselo a Will, pero lo que él no sabe es que está armando a su enemigo.

Black Mask logra escapar de Arkham, con la ayuda de su nuevo ayudante, Shadow Thief. Juntos, le roban al Museo de Ciudad Gótica un asteroide llegado desde el sistema de Thanagar. Black Mask quiere explotar el elemento Nth del asteroide para realizar un gran atraco, pero son interrumpidos por Batman y Robin, a los que se les suma el Hombre Halcón . Las propiedades de anti-gravedad del meteorito son de sumo beneficio paraBlack Mask, quien se pone en acción para robar el depósito de joyas de Ciudad Gótica, robando no sólo el contenido, sino todo el edificio haciéndolo flotar por los aires.

El episodio comienza con Batman y Superman enfrentandose a Toyman. Cuando la Batalla termina, algo inesperado sucede, y Superman desaparece. Del mismo modo, Flecha Verde y Flash le siguen la pista Maestro de los Espejos, y todo desemboca en el secuestro del corredor. Los restantes miembros de la Liga se reúnen en la Baticueva, donde Linterna Verde y el Detective Marciano anuncian que el Hombre Halcón también ha desaparecido.

Concientes de que para derrotar a La Unión, primero deben derrotar a sus androides, los miembros mas poderosos de la Liga de Justicia deben recuperar sus poderes. Utilizando armas creadas por Batman para "contener" a los miembros de Liga, uno por uno atacan a sus contra-partes reboticas. La segunda invasión ha comenzado, y los héroes se dividen en grupos para tratar de contener los ataques. Sabiendo que para acabar con la Unión, se debe destruir su central matriz, Batman, junto a Robin, Batichica y el Detective Marciano atacan el refugio de Hugo Strange. Al llegar allí, se encuentran con el Dr. inducido en estado vegetativo ya que su mente no resistió tanto conocimiento. Si todo el conocimiento del universo esta dentro del cerebro de Strange, entonces la manera de destruir a La unión se encuentra allí dentro. Luchando por sus vidas, la invasión finaliza cuando Batichica logra acceder el código de desactivacion, salvando a la tierra. El episodio finaliza con toda la liga en al atalaya de la justicia.