Después de un encuentro con un cada vez más paranoico Bart Bass, la preocupación de Blair por la seguridad de Chuck crece rápidamente. Sin embargo, sintiéndose seguro de que su padre nunca le haría daño físico, Chuck hace un trato que podría cambiar su vida. Mientras tanto, y queriendo hacer lo mejor para Chuck, Blair idea un plan con la ayuda de la Serena, Georgina y Sage para conseguir de Bart lo que necesitan. Por otra parte, los problemas financieros de Nate le llevan a un lugar en el que jamás se imaginó.

El fiscal Guillermo Ivers (la estrella invitada Jeffrey Donovan) es traído para investigar las prácticas de la oficina de los jueces de instrucción y expresamente aquellos de Jordan (Jill Hennessy), causando presión en Macy (Miguel Ferrer) para que siga el procedimiento y abandone sus métodos poco ortodoxos de solucionar crímenes. Lu (Leslie Bibb) y Jordan hacen las paces el tiempo suficiente para investigar la muerte de un muchacho adolescente. Cuando las partes de su cuerpo son encontradas esparcidas por una carretera, Woody (Jerry O‘Connell), Nigel (Steve Valentine) y Bug (Ravi Kapoor) trabajan para destapar la identidad de la víctima y determinar si esto fue un suicidio o un asesinato. Mientras tanto, Lily (Catherina Hahn) recibe algunas noticias inesperadas que pueden amenazar su reciente romance con Bug.

Un disturbio estalla en Boston después de que un muchacho de ocho años reciba 33 tiros de la policía.Jordan , el resto del equipo de jueces de instrucción, así como Lu y Woody se unen para investigar la muerte del joven muchacho y la participación de los policías en ello.

Cuando en Las Vegas aparece un luchador que es encontrado muerto después de ganar un partido, Danny y Delinda deciden quedarse en Boston para ayudar a Jordan y Woody a investigar su asesinato. Mientras tanto, Bug investiga la muerte de una joven cuyo cuerpo fue encontrado en el río y había estado allí desde el año 1980

El fiscal Ivers sigue su investigación en las prácticas del depósito de cadáveres, y Macy pide a Jordan otra vez, comportarse. Jordan y Lily continúan su viaje para recuperar el cuerpo de una pequeña persona, robado de la parte de atrás de la furgoneta del depósito de cadáveres. Woody encuentra el cuerpo de un muchacho de 16 años y pillan a un granuja durante la investigación. Mientras tanto, Lily lucha por las consecuencias que su triángulo amoroso tendrá sobre su bebé recién nacido.

Un importante abogado de defensa, Shelly Levine, el cual tiene una historia con Macy, es encontrado con un tiro y probablemente muerto. El único problema es que él está muy vivo y puede oír y sentir todo. ¿Con la autopsia inminente, actuará Jordan o el resto del equipo de aviso de jueces de instrucción antes de que sea demasiado tarde?

Jordan desafía las órdenes del fiscal Williams Iverspara realizar una autopsia a un cadáver que ella cree que en realidad no murió de la gripe. Woody el interés aumenta después de que el cadáver vomite hacia fuera un líquido insólito y se ofrece a ir con Jordan a investigar. Ellos rápidamente comprenden que la situación es más seria de lo que ellos pensaron y podrían provocar pánico en la salud pública. Mientras tanto, Bug está preocupado por Lily que entra en contacto con el virus mortal, ya que, ella está embarazada y no puede tomar ninguna medicación, dejando a Lily tomar una difícil decisión.

Un asesino en serie se burla de Nigel a través de su blog en Internet, con pistas que conducen a una verdadera escena de asesinato real. Como Woody, el Doctor Kate Switzer y Nigel intentan reunir pistas uniendo las partes de los cuerpos de víctimas, el asesino desafía a Nigel para que encuentre a la siguiente víctima antes de que sea demasiado tarde, pero sólo tiene 24 horas. Detrás, en el depósito de cadáveres, fuerzan a Jordan y Bug a revisar viejos archivos para Williams Ivers.Jordan encuentra un error que puede haber enviado a un hombre inocente a la prisión, ella duda si lo cuenta o no.

Cuando Jordan, Macy y el Detective Matt Seely intentan solucionar el asesinato de una chica de 16 años, descubren que ella guardaba un secreto escandaloso. Durante la investigación, Jordan comienza a luchar con su salud que disminuye y Macy decide enfrentarse a ella. Mientras tanto, Woody, el Doctor Kate Swtizer y Bug trata de determinar la causa de muerte de una momia pero, descubren que el cuerpo es en realidad el de una mujer de hoy día.

Jordan y Woody tienen una tarea difícil para intentar solucionar el asesinato de una mujer embarazada y el encuentro del bebé que ahora está fuera de su matriz. Mientras ellos esperan los resultados de prueba de ADN, Woody descubre que Jordan ha cometido un error crucial que afecta el caso. Macy da un viaje por el depósito de cadáveres a un manojo de delincuentes juveniles y trata de enseñarlos una lección sobre el valor de vida, pero, entonces, se da cuenta de que es más difícil de lo que pensaba.

Woodyy Jordan desesperadamente tratan de encontrar un autobús escolar lleno de niños que han sido secuestrados y luego han desaparecido. Después de que localizaran el autobús tienen que utilizar las pistas forenses que habían dejado para conducirles a los niños pero, esto resulta ser más difícil de lo que habían pensado. Mientras tanto, el Doctor Kate Switzer y Nigel se quedan pasmados cuando encuentran, por casualidad, el muerto de "Santa" en el depósito de cadáveres. También, el secreto de Jordan finalmente es revelado y todos en el depósito están preocupados por su salud.

Macy lleva a Jordan al hospital para su neurocirugía, sumamente arriesgada, con la esperanza de que salvará su vida. Como él espera en el hospital, todos los demás tratan de mantenerse ocupados en el depósito, para evitar preocuparse más por Jordan. Woody trata de conservar su mente ocupada lanzándose a un caso de asesinato de un poli y un testigo ocular que estuvo a punto de declarar contra el líder de una banda.

Macy y el resto de los jueces de instrucción deciden rotar para ayudar en el cuidado de Jordan después de su neurocirugía. Cuando Bugno se presenta ante Jordan para relevar a Woody, Nigel se enfada y luego comprende que se equivoca. Woody y Nigel comienzan a investigar y averiguar que la Seguridad Nacional le ha adjudicado en su custodia y le acusan de ser un terrorista. Mientras tanto, un detective perverso mantiene acosado al personal del depósito para hacer una autopsia, pero todos están preocupados por lo que va a pasar con Bug y si realmente él será puesto en libertad.

Tom coge un resfriado por lo que debe quedarse en cama, mientras Judith y Jessie compiten por ver quien le cuida mejor de las dos. Ben se horroriza al descubrir que Phil está en alguna parte de Mensa y Tara llega a un acuerdo con un amargo cartero que hace la ruta por su manzana.

Una mujer que supuestamente lleva muerta durante seis años, en realidad acaba de morir hace unas horas y ha motivado a Jordan y William Ivers a formar un equipo sobre este caso peculiar. Woody y Bug llaman para ayudar al Lily y Brandau cuando el psiquiatra que ellos han estado viendo de repente muere delante de ellos durante su sesión. Al principio ellos creen que era un infarto hasta que encuentran una herida de puñalada misteriosa.

Un hombre extraño revela que le dieron un veneno de actuación lenta que inevitablemente lo matará. Su única petición es que deben encontrar a su hija antes de que él muera, mientras que Jordan y Woody están de acuerdo en ayudarle. Nigel y Kate forman un equipo para solucionar el asesinato de dos magos que aparentemente se han matado el uno al otro. Bug toma una decisión que cambiará a Lily y sus vidas.

Kate Switzer se encarga de formar un equipo para investigar quién cometió un asesinato en un barco lleno de gente sobre el Mar Noruego y recluta la ayuda del grupo entero de jueces de instrucción. En su vuelta a Boston, el avión de repente vuela entre una tormenta inesperada que le hace estrellarse entre las montañas. Woody y Bug dispuestos a intentar ponerse en el punto más alto consiguen una recepción de radio para pedir ayuda, pero golpean una barrera cuando ellos alcanzan una montaña infranqueable. Para mantenerse abrigados y ocupados, Jordan , Macy , Kate y Nigel decidieron hacer lo que mejor hacen, autopsias. Mientras ellos tratan de entender que mató misteriosamente a esta gente, ellos en secreto se preguntan si serán rescatados.