Ha comenzado el último semestre del Undécimo Grado, Zoey decide volver a la academia para hablar con Chase, pero Lola, Quinn, Michael y Logan le dicen que fue a Inglaterra a buscarla. Ella decide hablar con él por videocámara, pero él le dice que debe quedarse en Inglaterra por un semestre.

Luego de la partida de Chase, la Srta. Burvich se entera de esto y decide asignarles un nuevo compañero a Michael y Logan. Ellos quieren demostrarle que no necesitan un nuevo compañero, por lo que hacen a un Chase falso para convencerla de lo contrario. Mientras, por un accidente provocado por Coco, el Decano Rivers la despide y asigna a una nueva asesora del dormitorio de chicas, Myra, quien resulta ser cleptómana, ladrona, fastidiosa, presumida, insoportable y odiosa.

Los chicos quieren salir de la academia por el receso de primavera, pero el viaje se suspende ya que una vez más, Coco rompió con su novio, por lo que se quedan en la academia. Sin embargo, uno de los trofeos del Decano Rivers es golpeado, por lo que él piensa que Michael y Logan fueron los culpables, por lo que quedan confinados en su dormitorio.

El nuevo compañero de cuarto de Logan y Michael por fin llega y al ver una foto, ellos piensan que es un simplón, pero resulta ser un guapo muchacho llamado James Garrett. James pronto es codiciado por las mujeres del campus, pero pronto se esparce el rumor de que Zoey y James están saliendo.

Dustin es contratado como el asistente de Logan, pero él le grita constantemente. Luego de dejarle un mensaje en su celular donde lo amenaza, Zoey, James y Michael suben el mensaje a internet, luego de lo cual Logan debe ir a un curso de control de la ira, al cual Logan no irá si logra manejar su ira por él mismo. Mientras, al comer maní con caramelo, Quinn sólo se come el caramelo y escupe el maní, dejándolo en un platón. Lola, inadvertidamente, se come el maní y luego de enterarse de ello, se enoja con Quinn.

Quinn y Mark aceptan darse un descanso en su relación, pero ella se enoja al ver que Mark pasa tiempo con otra chica llamada Brooke, por lo que Quinn quiere vestirse y actuar como ella para volver a ganarse el corazón de Mark. Mientras, un caballo se come las galletas que debía llevar Michael al dormitorio y James y Logan piensan que Michael se las comió.

Lola decide donar dinero, colaborando así con Dustin, quien está en una Caminatón, un evento solidario, pero accidentalmente debe donar un total de $600. Zoey entonces va a hablar de ello con Carmine, el organizador del evento, pero ve que él es demasiado rudo. Mientras, luego de que Mark terminara con Quinn, ella empieza a salir con Logan, pero tratan de convencer a todos, sobre todo a Michael, de que su relación sigue siendo igual de antagónica que siempre.

Luego de ser expulsado de la academia por hacer trampa en un examen, Vince Blake ha vuelto, por lo que Michael y Logan deciden vengarse de él por haberlos golpeado. Sin embargo, Zoey, Quinn y Lola ven que él ha cambiado, mientras que Lola empieza a salir con él.

Zoey quiere salir en una cita únicamente con James y van al Vaccaro, un caro restaurante, al que también van Quinn y Logan, pero en el medio se meten Lola y Michael, quienes causan un revuelo.

Luego de un accidente de un carrito de café con la esposa del Decano Rivers, él decide prohibir los carritos de café y el consumo de café en el campus. En eso, Michael y Logan inician su propio negocio de café, al igual que Zoey, Quinn y Lola, con la diferencia de que ellas lo venden más barato, por lo cual se convierte en una batalla entre ambas partes.

En la clase de Física, todos deciden ir a la montaña rusa, pero Michael le tiene miedo a las montañas rusas. Todo empeora cuando Logan decide contarle este secreto a todo el campus, además de que Michael piensa que Lisa no lo querrá luego de este devastador secreto que lo aterra.

El baile de graduación se acerca y James decide regalarle un collar a Zoey que dice "Te amo", pero ella empieza a cuestionarse sus sentimientos por James. Mientras, para seguir escondiendo su relación, Quinn y Logan deciden ir al baile de graduación con otras personas, pero eligiendo el uno por el otro. Así, Quinn le dice a Logan que invite a Stacey Dillsen al baile y Logan le dice a Quinn que invite a Dustin. También, Michael se consigue un auto y debe aprender a manejarlo antes del baile de graduación.

Zoey ha terminado con James, luego de admitir que no lo ama de la misma forma que él la ama a ella. Debido a esto, Zoey decide no ir al baile de graduación, pero recibe la sorpresa de que Chase ha regresado de Inglaterra. Entonces, Zoey se besa con Chase y comienzan una relación. Mientras, Logan y Quinn van al baile con sus respectivas parejas, pero no soportan más y deciden confesar su amor.

Para la recepción de nuevos estudiantes, Zoey, Chase y Stacey deben contarle a los nuevos estudiantes sobre su experiencia en PCA. Todos les preguntan a Zoey y Chase, quienes recuerdan eventos de temporadas y episodios anteriores, mientras Stacey se frustra, ya que nadie quiere hacerle ninguna pregunta.