Lucy, Marina y Anaís, las Legendarias Guerreras Mágicas, han regresado a la Tierra después de cumplir su misión en Céfiro. Ellas deben lidiar con la tragedia en la que se vieron involucradas hasta que, reunidas en la Torre de Tokio, una misteriosa luz aparece y las transporta de nuevo al mágico mundo donde otras aventuras les esperan.

El mundo de Céfiro está en crisis ahora sin su Pilar y además, países extranjeros intentan tomar el control aprovechando el caos. Las Magic Knights han regresado y se ofrecen a defenderlo de tales amenazas justo cuando la expedición de Autozam hace su aparición.

El poder de los Mashin (Genios) es puesto a prueba por el comandante enemigo, Eagle (Águila), en una breve pero intensa escaramuza. Luego de ello las Magic Knights regresan al Castillo, donde una reunión con viejos amigos les depara varias sorpresas.

Las Magic Knights se reúnen con aquellos por quien guardan un afecto especial. También conoceremos mejor a Lantis (Latis), hermano del difunto Zagato, cuando nuevamente Autozam hará su aparición. Sin embargo será una cara conocida quien plantará lucha a las chicas.

Alcyone (Alanis) regresa como portadora de un poder siniestro que ha buscado a Hikaru desde sus sueños. En el Castillo, Clef y los demás se preguntan por el nuevo enemigo mientras que la nave de Autozam se prepara para recibir a las chicas en una misión que puede decidir el curso del conflicto.

La informal reunión entre Eagle y las Magic Knights es interrumpida por la llegada de la nave de Fahren. Es hora de la lucha entre el poder de los Mashin contra la Magia Imperial de la Princesa Aska, ante la atenta mirada del comandante de Autozam.

La extraña actitud de Hikaru preocupa a sus amigas Umi y Fuu, y luego Clef decide comentar los pormenores del sistema del Pilar mostrando la Habitación de la Corona, el lugar donde la Tiara que le perteneciera a la Princesa Emeraude (Esmeralda) aguarda por su próximo dueño.

Hikaru y Lantis buscan en el desolado Céfiro por algún sobreviviente que pueda ser el Pilar. Pronto recibirán a Eagle en su máquina FTO (Iron) iniciando el duelo contra Hikaru y su Mashin Rayearth. Asimismo, Lantis deberá enfrentar a Alcyone quien llega enviada por el ser llamado Debonair.

Eagle ha derrotado a Hikaru y la lleva prisionera a la nave NSX donde se reúnen con la tripulación de Autozam y tratarán de entrar en razones. Mientras tanto, Umi, Fuu y Lantis emprenderán misiones de rescate pero será Nova (Luz), la joven protegida de Debonair, quien llegará primero.

Nova lleva a Hikaru a donde podrán “jugar” sin interrupciones. Allí empieza su violento ataque que remata con la presentación del Mashin Regalia (Lopetego) y ni siquiera la ayuda de Umi y Fuu parece ser suficiente para la victoria, en especial luego que todos viajen a otra dimensión donde el poder de Nova y de Debonair es terriblemente mayor.

De nuevo en el Castillo, las chicas de Céfiro hacen lo posible por reconfortar a Hikaru quien ha perdido la lucha, su espada y su Mashin. Mientras tanto, la expedición de Cizeta llega bajo el mando de las Princesas Tarta (Tata) y Tatra, recayendo la defensa en Umi y Fuu.

La batalla entre los Mashin de Umi y Fuu contra los Espíritus Guardianes de Cizeta ha empezado. Y cuando la situación parecía complicarse las fuerzas de Fahren traen un gigantesco San Yung mágico terminando de completar la más extravagante pelea en los cielos de Céfiro.

Son tiempos difíciles para los defensores de Céfiro tras la derrota y captura de las Magic Knights. En esas circunstancias, “Presea” (quien se creía había muerto durante la crisis del Pilar), le ofrece a Hikaru una peligrosa y desesperada opción para recuperar su espada mágica.

La ceremonia para revivir la espada de Hikaru la llevará a explorar lo más recóndito de su corazón, situación que Nova aprovechará para atacarla donde más le afecta: el vínculo con sus amigas. Además, nuevas revelaciones en Eagle pondrán en duda sus intenciones detrás de la invasión.

Mientras la Ceremonia de la Espada continúa, Umi es llevada en presencia de las Princesas de Cizeta en el fuerte Bravada. Allí se batirá en duelo contra Tarta y tratará de averiguar los motivos que las llevan a querer apoderarse de Céfiro.

Mientras la Ceremonia de la Espada continúa, Umi y su Mashin Ceres intentan escapar de sus captoras. También veremos a Fuu, a bordo del Domo de Fahren, que apuesta su libertad y su Mashin Windom en una competencia de arquería contra la Princesa Aska.

Ferio (Paris) y Ascot emprenden sendas misiones para rescatar a Fuu y Umi, lo cual consiguen a medias mientras que Hikaru y Nova se enfrascan en una lucha de voluntad en pos de la espada. Un nuevo sentimiento en el corazón de Hikaru y la aparición de Debonair en Céfiro auguran un sombrío futuro para todos.

Debonair utiliza a la capturada Alcyone como entrada al Castillo. Con las Magic Knights ocupadas en la batalla contra Autozam y los defensores de Céfiro combatiendo los monstruos del terror, nada parece podrá evitar que Debonair consiga aquello que ha venido a buscar.

Con el Castillo a salvo y tras una visión en sueños del pasado de Céfiro, Hikaru y sus amigas tendrán oportunidad de recuperarse en compañía de los niños refugiados. Lantis confronta a Eagle, y Debonair planeará su venganza por medio de Nova.

Una nueva oleada de monstruos irrumpen en el Castillo liderados por Nova, pero el objetivo de la joven será Lantis sabiendo que Hikaru ha empezado ha desarrollar sentimientos hacia él. Al final, el resultado de la batalla estará en manos de los niños de Céfiro.

Umi y Fuu están cada vez más preocupadas por el triste semblante de Hikaru. Entre tanto Aska de Fahren, aún impresionada por su encuentro con Fuu, se incomoda por la presencia de la nave de Autozam en las cercanías del Castillo y decide tomar cartas en el asunto.

Eagle, prisionero desde su último encuentro con las Magic Knights, logra escabullirse y se dirige hacia poder del Pilar. Se enfrentará primero contra Lantis pero la llegada de Hikaru desatará una reacción en la Corona que se se venía gestando de mucho tiempo atrás.

Clef y Lantis discuten las implicancias del incidente de la Corona, en tanto que la nave de Cizeta llega al Castillo. Las Princesas Tarta y Tatra demandan un duelo contra Umi de cuyo resultado dependerá el curso de la invasión que su país ha iniciado.

Clef y Lantis discuten acerca de Céfiro y su sistema del Pilar, en tanto que las expediciones de Cizeta y Fahren se convierten en aliadas gracias al accionar de Umi y Fuu. Nova por su parte atacará a Lantis de nuevo trayendo como apoyo dos monstruos excepcionalmente fuertes.

La batalla contra los esbirros de Nova llega al clímax mientras que Clef advierte a Hikaru sobre la naturaleza de Nova y el vínculo que tienen ambas. Ella queda mortificada por su responsabilidad en la derrota y captura de Lantis, y buscará apoyo nada menos que en Eagle.

Hikaru e Eagle se entrevistan con Clef, sabedores que la Corona escogerá a uno de ellos como posible Pilar. Eagle es liberado y Hikaru cuenta la verdad a sus amigas pero pronto deberán combatir contra el recién llegado Regalia. La presencia de Lantis en el interior del Mashin negro dificultará las cosas.

Se enciende la batalla entre Nova/Regalia contra las Magic Knights quienes son apoyadas por Eagle/FTO. Conforme el colapso de Céfiro se acelera, el desesperado plan de Eagle se muestra como la única posibilidad de éxito para las chicas.

Hikaru confronta por última vez a Nova mientras que Alcyone revela la ubicación secreta de Debonair: el lado oculto de Céfiro. Hacia allá se dirigen las Magic Knights para acabar con la mayor amenaza que han conocido pero necesitarán todo el apoyo de sus amigos si desean conseguir la victoria. Finalmente, la identidad del Pilar será revelada.