Los Cazafantasmas originales deciden retirarse y traspasar su negocio de cazafantasmas a sus hijos. Cuando sus padres son secuestrados por los fantasmas del Premier Malvado, Jake y Eddie deben superar sus miedos y dedicarse a la caza de fantasmas antes de lo que esperaban viajando al futuro.

Al llegar al futuro, los Cazafantasmas descubren a sus primeros fantasmas y conocen a Futura, la encantadora Cazafantasmas del futuro. Se enteran de la existencia de una antigua Tabla de Piedra que contiene pistas sobre el paradero de sus padres y que les lleva al pasado, a Camelot.

En Camelot, los Cazafantasmas forman equipo con Fuddy, el aprendiz de Merlín, para luchar contra Sir Trancelot y recuperar la siguiente pieza de la Tabla de Piedra. Luego deben viajar en el tiempo hasta el antiguo Egipto, donde Aparicia y Cabezahueca capturan a Tracy con la intención de momificarlo.

Mientras Jake y Futura intentan rescatar a Tracy. Eddie se pierde y es venerado por los egipcios como el fantasma del Gran Faraón. Los Cazafantasmas deben ponerse las pilas para localizar la siguiente pieza de la Tabla de Piedra.

Evitando el peligro en la prehistoria y escapando del Fantasma del Eslabón Perdido, los Cazafantasmas y Futura son dominados y encarcelados en el cuartel general de los fantasmas de Premier Malvado. Los Cazafantasmas deben localizar a sus padres y derrotar a todos los fantasmas antes de convertirse ellos mismos en fantasmas.

Los Cazafantasmas retroceden en el tiempo para rescatar a Futura del Premier Malvado en un juicio por brujería en Salem. No sólo deben detener el último plan del villano, sino también convencer a los habitantes del pueblo de que no son espíritus malignos.

Sabiendo que el mundo se paralizaría sin petróleo, Premier Malvado transforma a Cabezahueca en un gigante para que pueda asustar a los trabajadores de los campos petrolíferos. Los Cazafantasmas viajan a Oriente Medio para derrotar a la momia gigante.

Los Cazafantasmas viajan alegremente a París para la inauguración de sus estatuas en el Museo de Cera de Madame Tutu. Durante su visita tienen que impedir que los Terroríficos Dientes den vida a estatuas malignas y evitar que la Torre Eiffel sea destruida.

El abuelo de Jake va a jurar su cargo como ciudadano de los Estados Unidos de América, pero durante la ceremonia todos se sorprenden al descubrir que el Premier Malvado ha robado la Estatua de la Libertad. Los Cazafantasmas deben apresurarse para salvar el día.

El último plan de Premier Malvado consiste en que sus Fantasmas del Trueno asusten a las nubes para que hagan llover en un intento de inundar la Tierra. Jake y Tracy se debaten entre salvar la Tierra o salvar a Eddie, que ha sido capturado por el Premier Malvado.

Cuando Jake y Jessica tienen una cita, Eddie y Tracy van al rescate de una niña que resulta ser una trampa tendida por Premier Malvado y se encuentran en un viejo pueblo fantasma donde conocen a un fantasma bueno llamado Comisario Mina de Oro y se enteran de que Premier Malvado ha reunido a los fantasmas más temibles de todo el universo.

Mientras patrullan los cielos, los Cazafantasmas son sorprendidos y secuestran a Tracy. Viajando a otro planeta, los Cazafantasmas descubren que es el Gran Gorila Fantasma quien ha secuestrado a Tracy y planea utilizarlo como modelo para un ejército de supergorilas robots.

El rival de Premier Malvado, Gran Malvado, llega al cuartel general y utiliza su cetro espectral para dominar y encarcelar al villano. Para salvar la Tierra, los Cazafantasmas se ven obligados a colaborar con Premier Malvado.

Premier Malvado crea un dragón para derretir los casquetes polares e inundar la Tierra. Cuando los Cazafantasmas descubren a su Comando Fantasma bajo el agua, corren hacia el Polo Norte, donde descubren que luchar contra un dragón que escupe fuego no es tarea fácil.

Gran Malvado regresa al cuartel general y maldice a Premier Malvado con la maldición arcana, un hechizo que sólo puede romperse realizando una buena acción de corazón. Una batalla entre Premier Malvado y Gran Malvado tiene lugar en el Comando Fantasma sin que los Cazafantasmas consigan vencer.

En el futuro, el malvado cyborg Cyman envía un ser fantasmal al ordenador central de la Base Cruzada Estelar para vengarse de Futura. Los Cazafantasmas viajan al futuro, se encogen y entran en el ordenador maestro, sin saber lo que les espera.

Cuando Premier Malvado envía a Loberto a recuperar el Medallón Azteca, el Jinete sin Cabeza de Sleepy Hollow, un antiguo esbirro fantasma de Premier Malvado, llega al Comando Fantasma de los Cazafantasmas advirtiéndoles del peligro. ¿Pero pueden confiar en él?

Después de que se celebre un concurso de aullidos en el cuartel general de los fantasmas, Premier Malvado convoca a la Banshee de los Lamentos, cuya voz puede provocar tormentas eléctricas. Los Cazafantasmas deben retroceder en el tiempo y encontrar un duende que les ayude a derrotar a la Banshee.

Un parque de atracciones de temática fantasmagórica recién inaugurado hace que Premier Malvado envíe a Aparicia y Bratarat para atormentarlo. Cuando los Cazafantasmas se dan cuenta de que los fantasmas andan sueltos por el parque, contraatacan, pero primero deben encontrar a Corky, el travieso sobrino de Jessica.

En un intento de impresionar a Vampirina, Vampirrata aprovecha las vacaciones de Premier Malvado para decir que es el dueño del cuartel general de los fantasmas. Los Cazafantasmas corren a Inglaterra para detener a Vampirrata, pero no antes de que el villano haya derrocado el Palacio de Buckingham.

Cuando los invertroides extradimensionales empiezan a capturar gente a través de espejos, los Cazafantasmas unen sus fuerzas con John Guardián, el tío de Jessica, para derrotarlos. Pero para que los Cazafantasmas prevalezcan hay que hacer un gran sacrificio.

Los Cazafantasmas viajan al futuro para ayudar a Futura a salvar a su sobrino Láser y a sus amigos Rae y Tempo, que han sido capturados por Corpulón, un gran fantasma energético con forma de babosa que busca vengarse de Futura.

Los Cazafantasmas viajan a Noruega para proteger al ganador del premio de la paz, el Dr. Alex Miller, y a Jessica del último plan fantasmal de Premier Malvado. La pandilla no sólo tiene que proteger al Dr. Miller de Aparicia y Miedosín, sino también detener el tren fuera de control en el que se encuentran.

Premier Malvado envía a Haunter a robar un huevo de dinosaurio recientemente descubierto, creyendo que puede criar a la criatura y conquistar la Tierra. Los Cazafantasmas viajan al pasado con el huevo para reunirlo con su madre antes de que eclosione.

Los Cazafantasmas retroceden en el tiempo hasta la antigua Roma para ayudar a la gran antepasada de Madam Qué, Tonya, y evitar que los fantasmas de Premier Malvado roben una corona mágica propiedad de Julio César. Los Cazafantasmas no tardan en participar en una mortal carrera de cuadrigas contra Marcus Phantamus.

Cuando un joven llamado Copernicus Randall ve a Loberto en la luna a través de su nuevo telescopio, Los Cazafantasmas deben averiguar por qué el Premier Malvado está intentando impedir que el joven mire a las estrellas. Descubrirán la verdad en el futuro.

Los Cazafantasmas participan en una carrera alrededor del mundo para recaudar fondos para una organización benéfica. Desgraciadamente, el último participante resulta ser Horrendus, que conduce el Buggy Bestial de Premier Malvado. Los Cazafantasmas tienen que hacer frente a los numerosos obstáculos que les pone Premier Malvado para ganar la carrera.

Cuando Premier Malvado descubre criaturas con forma de topo que viven en cuevas subterráneas con una entrada en el Polo Norte, él y Aparicia ven una oportunidad para derrocar la Tierra. Vampirín y los Cazafantasmas intentan detener a Premier Malvado y convencer a los topos de que son amigos.

Los Cazafantasmas se quedan perplejos cuando sus dispositivos fantasmales en el Comando Fantasma empiezan a comportarse como locos. Un extraño vapor verde parece ser la causa del extraño comportamiento. Cuando los Cazafantasmas se adentran en las alcantarillas para descubrir el origen, descubren que el vapor procede de una fábrica de residuos tóxicos.

Cuando el primo de Premier Malvado, el Conde Trompetilla, crea un doble de Tracy utilizando algunos de los pelos del simio, envía al clon a sembrar el caos. Los Cazafantasmas se sorprenden cuando Tracy es encarcelada y juran demostrar la inocencia de su amiga.

El último plan de Premier Malvado para derrotar a los Cazafantasmas hace que sus fantasmas viajen al futuro y reprogramen el robot Roballos de Morrow para el mal. De vuelta al pasado, los Cazafantasmas se sorprenden al verse atacados por robots que creían buenos.

Madam Qué recibe un regalo que resulta ser de Premier Malvado y la esconde como su cautiva en el cuartel general de los fantasmas. Usándola como cebo, captura a los Cazafantasmas, así que Futura y Jessica tienen que salvar el día.

Premier Malvado roba el dispositivo futurista Megaláser y lo esconde en el centro de la Tierra, lo que lleva a los Cazafantasmas a recuperarlo. Sin embargo, cuando llegan descubren que los guerreros Gólem de Premier Malvado han derrocado a los pacíficos habitantes que habitan en las profundidades.

Jessica, Futura y los Cazafantasmas viajan a China para descubrir por qué el Dragón Durmiente ha despertado y está convirtiendo a la gente en piedra. Cuando llegan, Jake y Eddie son convertidos en piedra, y sólo serán liberados junto con todas las demás personas si Jessica, Futura y Tracy aceptan competir contra los guerreros del Dragón.

Siempre intentando conseguir la última primicia, Jessica recibe una nota y decide reunirse con la misteriosa persona de la que procede. Pronto es capturada por el Fantasma, que quiere utilizar su programa de televisión para decirle a la gente que se rinda. Mientras la amenaza, los Cazafantasmas se abren camino a través de las pesadillas de Nueva York.

Cuando los Cazafantasmas reciben una llamada del alcalde de Transilvania se enteran de que, para sorpresa de todos, ¡el famoso Conde Drácula ha regresado! Los Cazafantasmas viajan a Transilvania, pero ni siquiera ellos están preparados para luchar contra uno de los mayores villanos de todos los tiempos.

En su último plan para dominar el mundo, Premier Malvado decide amplificar la onda sónica de Vampirín. Sin embargo, las cosas no salen según lo previsto cuando llegan su hermana Premier Ordalia y su malcriado hijo Gordito. Mientras los Cazafantasmas luchan por salvar a Vampirín, Premier Malvado está ocupado con muchos otros problemas.

En un esfuerzo por aumentar su poder, Premier Malvado envía a Cazador y a Miedosín a secuestrar a Merlín, ¡sólo para que regresen con Rigo en su lugar! Los Cazafantasmas se enteran de que han capturado a Rigo y corren a rescatarlo mientras sufre las bromas de una rata gigante sin sentido del humor.

Los Cazafantasmas reciben una llamada del Príncipe Otis de Petronia que les pide que protejan la Corona Real de Petronia situada en la Torre de Londres de Inglaterra. ¡Premier Malvado desea obtener la corona para poder aprovecharse de la Ley Real que dicta que debe ser declarado Rey de Petronia!

En el País de las Hadas, el príncipe Delwin y la princesa Gwendolyn están a punto de casarse cuando el malvado fantasma Gimghoul aparece y se lleva al príncipe. Sin que nadie lo sepa, se ha transformado en un troll y depende de los Cazafantasmas ayudar al antiguo príncipe y recuperar el reino.

Los Fantasmas Dentales, un cuarteto de traviesos fantasmas del centro de la ciudad, son persuadidos por Premier Malvado para robar el Diamante del Nilo que le fue robado hace cuatro mil años. Los Cazafantasmas, con la ayuda de su hermana Flossy, deben convencer a los Fantasmas Dentales de que el bien es mejor que el mal.

Tracy es capturado por Premier Malvado e introducido en una máquina que sustituirá todos sus buenos recuerdos por recuerdos en los que Premier Malvado siempre gana y él siempre fracasa. Los Cazafantasmas trabajan contrarreloj para devolver al gran simio a la normalidad.

Loberto sale por su cuenta y localiza el Hueso Perdido del Hombre Lobo. Con el misterioso hueso planea completar un arco mágico capaz de transformar a los perros en salvajes hombres lobo. Loberto no sólo debe dominar a los Cazafantasmas para que su plan tenga éxito, sino también enfrentarse a la ira de Premier Malvado.

Premier Malvado y su banda de fantasmas viajan al siglo XXIV y se hacen pasar por alienígenas. Premier Malvado planea hacerse amigo de la gente y conseguir el control de la Estación de Energía Global, con la que podrá acabar con la Tierra. Depende de los Cazafantasmas encontrar a los alienígenas a los que realmente pertenece la nave espacial.

Premier Malvado secuestra el vuelo de prueba Star Wing de Galaxy Airlines; su nueva nave secreta que tiene la capacidad de viajar por el espacio como ninguna otra nave. Los Cazafantasmas y Futura deben formar equipo e impedir que Premier Malvado se haga con el control total de la nave más poderosa de su clase.

En España, un propietario de minas sin escrúpulos planea desalojar a un granjero y a su familia de su propiedad utilizando la fuerza. Los Cazafantasmas deben ayudar, pero cuando aparece el fantasma de Don Quijote se cuestionan si pueden o no confiar en la ayuda de un fantasma.

El malvado fantasma Arpón y su cadera llena de piratas secuestran al fantasma de Moby Dick y al fantasma del capitán Ahab. Con Moby Dick en su poder, Arpón planea capturar transatlánticos espaciales y seguir saqueando. Los Cazafantasmas se enteran de esto y corren a rescatar a Moby Dick y al capitán Ahab.

Los Rativampis, Basilio, Rafter y Eaves, se horrorizan cuando su amiga Madam Qué es secuestrada por el malvado Lombraíz. El villano planea drenar todos los poderes de Madam Qué y añadirlos a los suyos propios. Los Cazafantasmas deben formar equipo con los Batz y superar los numerosos obstáculos que Lombraíz pone en su camino.

Gene, el amigo de Corky y joven genio de la informática, es secuestrado por el Premier Malvado. El villano planea utilizar al chico para apoderarse de los ordenadores que controlan los misiles nucleares y dominar el mundo. El Rey del Terror, primo del Premier Malvado, utiliza sus poderes fantasmales para asustar a Corky y conseguir que no cuente nada a nadie.

Los Cazafantasmas viajan a una colonia lunar del futuro para ayudar a instalar un dispositivo de seguridad antifantasmas. Allí conocen a Keyta, una niña aficionada a las falsas alarmas. Sin embargo, cuando Keyta ve a dos vampiros disfrazados de humanos, ¿podrá conseguir que alguien la crea?

Cuando Premier Malvado se entera de que Vampirín quiere ser más grande, se disfraza del mago Magazo y le entrega un amuleto para ayudarle. Cuando Vampirín muestra el amuleto a los Cazafantasmas, éste dispara un rayo que los encoge. Vampirín debe aprender una valiosa lección mientras ayuda a Jessica y Futura a salvar a los Cazafantasmas.

Los Cazafantasmas, en un esfuerzo por alejarse de todo, se toman unas vacaciones en la naturaleza con Corky. Sin embargo, los malvados fantasmas Benny y Clyde han robado una estatua para el Premier Malvado y se ocultan cerca. Cuando Corky es capturado por los dos horripilantes fantasmas, los Cazafantasmas se apresuran a rescatarlo.

En el cuartel general de los fantasmas, Premier Malvado aprovecha el poder de cuatro misteriosas urnas para desatar los espíritus de los cuatro fantasmas de Babilonia. Con su poder, el villano planea devolver al mundo a la época de la antigua Babilonia en un nefasto complot para apoderarse del mundo. Los Cazafantasmas deberán viajar en el tiempo para detenerlo.

El profesor Von Ziflin localiza el Diamante Gloom, que es rápidamente robado por los matones de Premier Malvado. Los Cazafantasmas lo recuperan del cuartel general y deben devolverlo a su templo antes de la luna llena o la Tierra quedará maldita para siempre.

Cuando aparece el misterioso Vodun, Premier Malvado envía a Miedosín y Cazador a capturar a la gran criatura. En un inesperado cúmulo de circunstancias, Eddie se encuentra encadenado a Vodun, y la aventura que ambos emprenden hace que tanto el monstruo como el humano tengan una nueva percepción del otro.

Premier Malvado envía a Sir Trancelot al pasado para capturar al bisabuelo de Jake, Marshall Clint, y llevarlo al cuartel general. Premier Malvado lanza una maldición sobre Marshall Clint, una maldición de hombre lobo que ahora maldice a todas las generaciones de la familia Kong.

Los Cazafantasmas ofrecen a Corky el puesto de Cazafantasmas honorario. Por desgracia, este honor se le sube a la cabeza y Corky roba el Cazacarcacha para cazar fantasmas e impresionar a su amigo. Cuando los Cazafantasmas se dan cuenta de que Corky y su amigo han desaparecido, los persiguen hasta el cuartel general.

Mientras Basilio, el primo de Vampirín, visita el Comando Fantasma, los Cazafantasmas reciben una llamada telefónica invitándoles a asistir a una fiesta. Jake, Eddie y Tracy se marchan a la fiesta sin saber que no hay fiesta, y que sólo les espera el malvado y poderoso Sr. Pulpo Bigotín.

Cuando Premier Malvado ve que un cometa atraviesa el espacio, envía al capitán Bola de Cebo y a su banda de guerreros piratas a capturar el cometa y dirigirlo hacia la Tierra. Los Cazafantasmas no tienen ni idea de cuál es el plan de Premier Malvado hasta que el cometa choca contra la Tierra y aparece el volcán más grande jamás visto.

La paz y tranquilidad de los Cazafantasmas se rompe cuando una llamada telefónica les convoca en Escocia, donde un niño ha liberado accidentalmente al espíritu de Slort, el rey de los trolls. Cuando los Cazafantasmas se ven dominados por el poder del troll, piden ayuda a sus padres y los Cazafantasmas originales salen de su retiro.

Una malvada bruja llamada Sassella llega a la sede de los Cazafantasmas con la pretensión de asustar a los Cazafantasmas y convertirlos en niños de cinco años. Los Cazafantasmas originales acuden de nuevo al rescate de sus hijos, mientras una horda de fantasmas del Premier Malvado se interpone en su camino.

Premier Malvado desea localizar una caja decodificadora que cayó accidentalmente desde el espacio al océano. Con la caja decodificadora en su poder cree que podría utilizarla para conocer todos los secretos que poseen los gobiernos del mundo. Cuando se descubre que se ha construido un nuevo submarino, Premier Malvado envía al capitán Bola de Cebo a robarlo.

Eddie, deseoso de ser un gran pintor, pide a Madame Qué que le conjure unas pinturas mágicas. Cuando ella se niega, Premier Malvado se aprovecha de la situación y envía a Eddie unas pinturas mágicas. Eddie no tarda en pintar una obra maestra, una obra maestra que podría llevar a los Cazafantasmas a su perdición.

El capitán Bola de Cebo muestra a Premier Malvado un mapa que conduce a un tesoro enterrado inexistente. Sabiendo que la ruta les llevaría al planeta Doom, Premier Malvado envía el mapa al Comando Fantasma. Mientras Eddie y Tracy parten en busca del tesoro, Jake y Jessica se dan cuenta de que sus amigos han desaparecido.

El Conde Helado llega al cuartel general informando a Premier Malvado de que puede derrotar a los Cazafantasmas. Premier Malvado acepta y Jake y Tracy no tardan en ser congelados por el Conde en el Castillo de Blackstone. Sin que el mago del Castillo Blackstone lo sepa, Premier Malvado ofrece a Eddie la oportunidad de convertirse en un superhéroe.