El Director de Cine Quentin Smithee realiza un concurso de películas, el cual gana Jimmy, pero la película la realiza en la ciudad y no en Londres donde supuestamente era el inicio. En realidad es Profesor Calamitus disfrazado, y hace que las escenas que realicen sean un simple accidente, obvio para acabar con Jimmy y sus amigos. Al final es derrotado por Hugh Neutrón, Jimmy y sus amigos. y obviamente Jimmy queria terminar su película, pero mejor se decidió realizar una combinando varias historias que sus amigos escribieron.

Despues de jugar golf en miniatura en Mercurio, Jimmy y sus amigos son atravesados por el Anillo de radiación de Van Patten, y a causa de ello desarrollan superpoderes, Sheen desarrollo hipervelocidad, Cindy la fuerza, Libby la invisibilidad, Carl el poder del supereructo y Jimmy mostro fuerza, pero lo hace al enfadarse, cosa que todavia no ocurria hasta que Cindy lo empieza a molestar. Intentaron crear una liga de superheroes, pero no controlaron sus poderes y causaron medio destrozo, pero resulta que sus atomos se disolvian y Jimmy debera crear una cura para evitar desaparecer.

Jimmy, Sheen, and Carl travel 15 years into the future, only to find that some things have gone wrong. Can they right the past to save their future?

La empresa automotriz donde trabaja Hugh, se va de la ciudad ya que todos en Retroville tienen carro, y por ende se tienen que mudar, pero Jimmy y Judy no quieren irse de Retroville. En ese entonces Hugh consiguió empleo de juguetes, pero Jimmy los hace funcionar, pero algo sale mal cuando Hugh por accidente libera a los Nanobots, y estos hacen sus destrozos en Retroville, destruyendo la mayoría de los automóviles, al final, gracias a esa destrucción, la empresa automotriz decide quedarse y Hugh regresa a su antiguo empleo, y por ende, Jimmy y su familia se quedan en Retroville.

Jimmy y Cindy se pelean para definir quien tiene razon sobre el ecuador de la tierra, van a ese lugar acompañados de Carl, Sheen y Libby, pero se pierden en la isla, y despues de pasar por peligros y demas, logran establecer un campamento y relajarse despues de tanta discusión, hasta que llegan sus amigos con la nave, y la repara para regresar a casa.

Jimmy daba la explicación de su invento de las moléculas inestables, pero la señorita ave decide no explicarles el tema debido a que era algo complejo para los niños. Jimmy frustrado porque la primaria limita sus conocimientos, se encuentra con el director de pomona, y lo invita a la Escuela Pomona, el acepta. Pero para su mala suerte, Simón, el más nerd de la clase, lo humilla y avergüenza delante de los profesores, ademas de robarse la idea de las moléculas, para realizar una moléculas más inestables, haciendo que destrocen todo material, pero Jimmy y sus amigos logran salvar tanto al director como a la Señora Morán.

Jimmy y sus amigos van al planeta de medusas espaciales, por 2ª vez, cuando Carl intenta sacarle muestras a una ente desconocida, se embarra y se forma un insectoide en su cara, pero lo curioso de esto es que esta "embarazado" de un alien, pero finalmente se lo entrega a su madre, y lo llamo Shmengo.

Jimmy y sus padres van a visitar a la tía Amanda, que cumplió años, pero Jimmy y sus familiares deben portarse bien para que ella no los borre del testamento. Pero alguien quería asesinar a la tía millonaria, al principio la tía detestaba a Jimmy porque realizaba inventos peligrosos. Jimmy y sus amigos intentaron averiguar quien intento matarla, al final se enteran de que era Eddie, el bebé de la familia, que quería quedarse con la fortuna de Amanda, al final fue expuesto ante todos como un genio malvado y fue derrotado, y Jimmy recibió el perdón de la familia y de paso los salvo a todos.

Linda Hermosa escapa de prisión, pero primero quiere vengarse de Jet y Jimmy, e idea un plan, inventa casarse con Jet, luego hipnotiza a Jimmy para que olvide el plan que ella realiza, el plan de la villana era que Jet en la boda atacara al que dijera Yo tengo el anillo (en este caso lo diría Jimmy), pero su plan fracasa cuando Sheen y Carl evitan la boda y le recuerdan a Jimmy el malevolo plan.

Beautiful Gorgeous and Jet Fusion are getting married!

Despues de burlarse de Jimmy por su estatura, y ademas de que un empleado lo molesta, Jimmy usara su rayo encogedor para encogerlo, pero resulta que se escapa de sus manos y cuando Gruber lo eleva con el martillo, hace un efecto cuantico que hacen todos se encogan, lo malo de todo es que los bandidos espaciales (Zix, Travoltron y Tee) los secuestran para venderlos como juguetes.

Todos en la ciudad ven el nuevo programa feliz de la Abuela Taters, todos caen, menos Jimmy, que no cree en eso, y Cindy, que estaba en un torneo de karate. La Abuela Taters lo hipnotiza para que estén en un estado de felicidad total y le sirvan de esclavos, al final Cindy y Jimmy la detienen, revierten todo el daño, y la abuela villana se regresa a su planeta fracasando, juntandose con varias abuelas de la misma raza.

Jimmy se entera que a Betty Quinlan le gusta la magia, asi que crea un espectaculo de magia, pero los celos de Cindy hacen que los envien a un dimensión desconocida, alli se encuentran con el gran mago Spamdini, que los ayudo a salir, el prefirio quedarse para ir a la dimensión del salchichon.

Jimmy se ofende porque Cindy afirma que Da-Vinci realizo muchos mas inventos que el, entonces quiere romper la marca, pero no puede por los amigos, y las labores que le dice su mamá. Entonces busca a su clon malvado, para quitarle la maldad y hacerlo pasar por el para que atienda a sus amigos y familia mientras el construía mas inventos. Pero todo se sale de control cuando el clon malvado, clona a la tierra, volviéndola mala como el con un chip de materia oscura, al final Jimmy evita que su planeta desaparezca debido al efecto de la clonación, y el otro planeta se destruye cuando Jimmy Malvado destruye el chip, pero Jimmy original logra salir sano y salvo.

Jimmy, Carl y Sheen viajan al cuadrángulo de las Bahamas para comprobar que sus desapariciones son un mito, allí se encuentran con el doctor Sydney Musgo, que quería hacerlos esclavos y convertirlos en hombres alga, al final lo derrotan.

Carl conoce a una nueva amiga llamada Elke Elkberg que vive en Suecia y vino a conocerlo, pero Carl entro en pánico, así que le pide a Jimmy ser el niño genio por un día para impresionarla. Pero al final, los 2 mienten.

Hubo un robo en el banco de retroville, se robaron varios billetes de edición especial con George Washington parpadeando, pero el que los robo utilizo los inventos de Jimmy y asi incurparlo a el de esa fechoria. Jimmy desde la prisión junto a Carl y Sheen buscaran al verdadero responsable, quien resulto ser el propio Bueford Lee Stormshuckle, el oficial de la prisión juvenil, asi Jimmy demostro su inocencia.

Hugh Neutrón vuelve a usar a Flippy, para el evento del dia del padre que se celebrara en la Escuela Primaria Lindbergh, pero sus chistes son tan malos, que Jimmy creo un chip del chiste, pero dicho chip hace que el muñeco le quite su cerebro y tener vida propia.

Jimmy Neutrón manda a los maestros (que venían de una convención) a una dimensión desconocida, y hace que no tengan clases, les dice a todos que pasaran la voz, pero Carl lo arruina llamando a sus padres, y estos fungen como sus maestros temporales, avergonzando a Jimmy y amigos. Jimmy trata de hacer que los alumnos se rebelen con una formula, pero se la confiscan, y los adultos lo toman, y al final, regresan los maestros, y castigan a Jimmy por sus travesuras.

Lady Sings the News The kids become news anchors for a local television network.

Jimmy y Eustacio buscan la fuente ilimitada de poder que se encuentra en Marte, pero por una vez deberán unir sus fuerzas para vencer a los guardianes de dicha fuente, los vencen gracias a que Jimmy hace que llueva en marte.

El Padre de Sheen ya no se siente respetado por su hijo, porque el prefiere jugar con Ultra-Lord, entonces le pide ayuda a Jimmy, y ser el superheroe, "El magnifico" por un dia, pero su habilidad en refrigeración salvo a Sheen y Carl de una muerte segura.

Hubo un concurso de mascotas en Retroville, originalmente Goddard y Jimmy ganaron, pero fueron descalificados al ver que Goddard era una maquina y no mascota. debido a las criticas que le generaron, Goddard decide irse, argumentando que mereceria un perro de verdad, al final de cuentas logro salvar a Cindy y Humprey de una muerte segura, y gano un trofeo por su heroismo.