El jefe de la unidad antiterrorismo del FBI, John O'Neill, invita a Ali Soufan, un agente musulmán americano, a su escuadrón. Luchan para conseguir información de la CIA, pero cuando bombardean dos embajadas americanas… descubren que el trabajo solo acaba de empezar.

Tras los atentados en las embajadas de Tanzania y Kenia, el FBI empieza a investigar mientras que la CIA decide planear un contraataque.

El FBI encuentra a uno de los terroristas supervivientes y una pista en Nairobi que podría cambiar el destino. A su vez, aprueban el plan que ha creado la CIA.

Despiden a Schmidt de Alec Station, ya que seguía sin pasarle información al FBI. Diane descubre algo muy importante del dueño del número de teléfono que Owhali le dio a Chesney. O'Neill intenta refugiarse en la fe cuando ve cómo se derrumba tanto su vida personal como la profesional.

La CIA y el FBI están en alerta máxima debido a las amenazas que llegan con el nuevo milenio. O'Neill y Soufan desmantelan una célula de Brooklyn, pero la CIA, que tiene controlados a ciertos individuos sospechosos, sigue sin compartir la información.

Vince quiere pedir permiso para compartir el visado de Mihdhar con el FBI. O'Neill pierde un maletín y deciden abrir una investigación por su forma de tratar los materiales confidenciales. Un chico que se ha vuelto radical tras el contraataque de la CIA viaja a Yemen para dar comienzo a su martirio.

O'Neill y Soufan viajan a Yemen para investigar el atentado del USS Cole. El FBI descubre que van a reunirse en Malasia, además de cosas sobre Khallad. Lo que no saben es que hace meses que lo sabía la CIA.

La gente se adapta al nuevo presidente y, además, a un cambio de prioridades de las amenazas. Soufan descubre la importancia del guardia del UBL, pero no puede llegar hasta él. O'Neill no puede volver a Yemen y le obligan a dimitir. Hazmi, Mihdhar y Atta, terroristas que estaban en EE. UU, desaparecen.

La CIA se da cuenta de que Hazmi y Mihdhar han desaparecido y tienen que pedir ayuda al FBI. O'Neill acepta un trabajo como jefe de seguridad en el World Trade Center. Soufan vuelve a Yemen. Hazmi, Mihdhar y Atta vuelven a Las Vegas como último capricho.

Once de septiembre, 2001. Nadie sabe dónde está O'Neill. Detienen la vuelta de Soufan a Yemen cuando el jefe de la CIA le da toda la información que necesitaba. Schmidt vuelve a Alec Station y Soufan interroga a Abu Jandal.