Después de que Takuya Kanbara reciba instrucciones por teléfono para tomar un tren, llega al Mundo Digital con Zoe Orimoto, J.P. Shibayama y Tommy Himi, donde conocen a Bokomon y Neemon.

J.P. y Tommy son perseguidos por los Pagumon en los subterráneos, ya que quieren su chocolate. Un chico que llegó en otro tren, Koji Minamoto.

Los Elegidos reciben un mensaje en su D-Power que les pide que vayan a la Estación del Bosque. Por la noche los chicos llegan a una aldea de Candlemon

Los Niños Elegidos continúan siguiendo las vías del tren para llegar a la Estación del Bosque. A medio camino las vías se dividen: Takuya y Tommy se van por la izquierda y Zoe y J.P. por la derecha llegando a la Villa Brisa.

Los Niños llegan a una fabrica de Kokuwamon y entran pensando que dentro pueden encontrar comida. Los Kokuwamon les cuentan que son maltratados y obligados a descargar su electricidad por los Goblimon.

Koji esta escalando una montaña y escucha unas voces pidiendo ayuda. Los demás están buscando un lugar donde comer y encuentran una petición de ayuda a cambio de trabajo solicitada por los KaratukiNumemon.

Después de ser derrotados por Gigasmon los niños Elegidos son separados, Takuya, Tommy y Koji caen por un túnel y caen en un lugar con muchos juguetes, el cual es una ciudad flotante dirigida por los BlackToyAgumon.

Zoe, J.P., Bokomon y Neemon llegan a la escuela de los Digimon Bebe y son invitados a dar una clase por el profesor Togemon. Todos los Digimon viven en armonía menos uno, Tsunomon, quien no quiere hacerse amigo de nadie.

Los Niños Elegidos siguen su viaje hacia la Estación del Bosque. Llegan a un extraño bosque donde Tommy les dice que siente que alguien los observa.

Koji se separa del grupo después de recibir el mensaje de Ophanimon, Bokomon y Neemon lo siguen. Koji se encuentra con un Gotsumon quien esta buscan do una roca mientras Gigasmon destruye su pueblo.

Grumblemon está disgustado por la digievolución de KendoGarurumon. Los Niños llagan a una Villa de Adivinos. Bokomon les recomienda los servicios de Shamanmon.

BurningGreymon sigue atacando a los niños. Tommy trata de hablar con él para que pueda volver a la normalidad.

Los niños llegan a la Estación del Bosque y caminan hasta llegar al Castillo de Seraphimon, donde Sorcerymon los guía hasta el lugar donde se encuentra congelado el ángel Digimon.

Los chicos siguen viajando en Trailmon, y este los deja en una cueva sin salida donde se encuentran a Whamon, mientras sus enemigos se dirigen a por ellos.

Ranamon busca desesperadamente su Espíritu Digital Animal ya que es la única que no lo posee, y solicita ayuda a su Club de Admiradores. Los Niños llegan a un chiringuito de playa regentado por los Toucanmon.

Los Niños descansan tras buscar a los Toucanmon y les ven volar hacia una isla. Unos Gomamon les cuentan que la isla esta rodeada por unos enormes remolinos, y ellos deciden ayudarlos a regresar a su isla.

Los niños llegan al Mercado de Akiba donde los Toucanmon iban a vender sus Digivice. Tommy llega a la Tienda de Datamon y logra ganar un premio que Datamon necesitaba.

Los Niños tienen hambre, y se enteran de que hay una carrera de Trailmon y que el premio son unas hamburguesas.

Los Chamelemon y Petaldramon secuestran a un cocinero Burgermon. Los Niños llegan a la Aldea Hamburguesa donde se enteran de la situación.

Los Guerreros Legendarios Oscuros tienen una reunión con Kerpymon, y le entregan todos los datos que han conseguido, pero Mercurymon se guarda los de Seraphimon. Duskmon decide ir a buscar a los Niños Elegidos.

Los Niños Elegidos enfrentan a Duskmon, pero es demasiado poderoso. Takuya hace un plan para derrotar a Duskmon pero Koji se opone.

Takuya regresa al mundo real, pero en el viaje se convierte en Flamemon. Allí descubre que sigue siendo el mismo día en que se fue al Mundo Digital.

Agunimon ha regresado al Mundo Digital y corre a buscar a sus amigos. J.P., Zoe, y Tommy están atrapados por Mercurymon y Ranamon.

Los chicos continúan su camino hacia a la Rosa de los Vientos y son llevados a unos extraños túneles. Una mano empuja a J.P. hacia un portal llegando a la zona de la tierra donde vive Volcamon.

Tommy tiene recuerdos de su familia y despierta en la Zona de Fuego de Sephirotmon. Comienza a caminar pero es atacado por un Digimon.

Ranamon esta dentro de la Zona de Agua de Sephirotmon. Unos Honeybeemon tratan de capturar a Zoe.

J.P., Zoe y Tommy quieren regresar a Sephirotmon. Duskmon logra entrar. Takuya intenta encontrar a Koji, pero llega a la Zona de Hielo.

Agunimon llega a la Zona del Acero donde se encuentra con Mercurymon, quien le dice que su pelea sera como una obra de teatro.

Sephirotmon desaparece para reaparecer de nuevo con menor tamaño. Revelando que ahora es más fuerte, vuelve a atacar a los Niños.

Takuya y los demás llagan hasta donde se encuentra Koji pero este sale corriendo en busca de Velgemon. Takuya va tras él. J.P. y los demás deciden ir a buscar información sobre la Rosa de los Vientos.

J.P., Tommy y Zoe están de regreso. Kerpymon se aparece ante Duskmon preguntándole porque no pelea y culpa a Koji de todo lo sucedido.

Los Niños emprenden el viaje hacia la Rosa de las Estrellas, e intentan que Koji y Koichi se lleven mejor. Takuja habla con Koji sobre la experiencia con su hermano.

Los niños llegan hasta la Rosa de las Estrellas, el castillo de Kerpymon. Oryxmon guía a los niños hasta donde esta Ophanimon.

Lowemon no puede derrotar a Kerpymon, por lo que decide evolucionar en Beowolfmon, pero la ayuda de Aldamon no es suficiente...

KaiserGreymon y MagnaGarurumon tienen ventaja sobre Kerpymon. El castillo de destruye por la batalla y Kerpymon aprovecha para escapar.

Takuya y Koji pelean contra Kerpymon.

Después de derrotar a Kerpymon los chicos se preguntan porque el Mundo Digital no regresa a la normalidad. Baronmon les cuenta la leyenda de Lucemon y la profecía de su regreso.

Al recibir el ataque de Dynasmon , los niños son lanzados a una de las tres lunas del Mundo Digital. Allí conocen a los Starmon.

Los Niños llegan al Área de Acero del Mundo Digital donde se encuentran con Saggitarimon. Aparecen cuatro chicos con Angemon.

Los Niños corren a buscar a Tommy y los demás. Un Trailmon les dice que va hacia el pueblo donde se encontraban los Caballeros Reales.

Los Niños se dirigen a la Ciudad del Comienzo donde conocen a Swanmon, quien se encargaba de cuidar a los Digihuevos. Como los Trailmon se han escondido ya no pueden llevarse los bebés tras su nacimiento.

La Ciudad de la Llama está siendo destruida por los SkullSatamon. Takuya y Koji se enfrentan a ellos.

Gotsumon está defendiendo las Ruinas Sagradas de un Knightmon, pero los Caballeros Reales aparecen.

Con sólo dos áreas en pie, los Elegidos y los Guerreros dispersos que quedaban se reagrupan en la Feria de la Hoja de Otoño.

El Castillo de Ophanimon es la última área que queda. Custodiada por Nefertimon, los Elegidos buscan el Código del área.

Los Niños Elegidos llegan a la Luna Amarilla. Mientras tanto, Dynasmon y LordKnightmon hacen enfadar a Lucemon por su impaciencia.

Lucemon entra en el Área Oscura para abrir una vía de acceso al Mundo de los Humanos, su objetivo final. Los Elegidos logran reunir la voluntad para sobreponerse una vez más, y se enfrentan a Lucemon.

Takuya y Koji digievolucionan en Susanoomon para combatir a Lucemon, pero la victoria no será tan fácil.

Habiendo sido derrotados, los Guerreros se preguntan que oportunidades le restan. En el momento más crítico, los Diez Guerreros Legendarios y los Tres Grandes Ángeles les dan el poder para que todos digievolucionen en Susanoomon.