Los recuerdos de la intensa batalla contra Black Moon son ahora una pesadilla lejana y las sailor guardianes llevan una vida tranquila. Sin embargo, Mamoru tiene sueños extraños y Usagi siente una opresión en el pecho. El peligro parece estar al acecho y un extraño caso de reversión afecta a los estudiantes de la Academia Mugen a la cual asisten el piloto Haruka Tenoh y la violinista Michiru Kaioh.

Usagi y sus compañeras parten a la academia Mugen a investigar e intentar confirmar sus sospechas. Mientras tanto, Chibiusa acude junto a Mamoru a un parque de diversiones cercano. Ambas se cruzarán con chicas misteriosas

Las chicas sospechan de la Academia Mugen, y Rei más que nadie, pues siente que algo oscuro se esconde allí. No tardarán mucho en encontrarse con sus nuevas enemigas.

Usagi sigue confundida por Haruka Tenoh, de quien no sabe qué pensar. Mientras tanto, las protagonistas sueñan con los misteriosos talismanes y Chibiusa visita de nuevo a Hotaru. Los secretos arremolinan mientras dos conciertos se celebran en la Academia Mugen.

El misterio con Haruka y Michiru sigue patente, aunque las protagonistas saben que deben tener un motivo para ello. Mientras tanto, Ami recibe una invitación para estudiar en la Academia Mugen, la cual resulta ser una trampa de Viluy.

Las plantas y el amor de Haruka por ellas son el centro del episodio con la aparición de Tellu, de nivel 404. Mientras tanto, Chibiusa quiere hacer un regalo a Hotaru por su amistad, y una nueva Sailor está por aparecer...

Neptune, Uranus y Pluto se presentan oficialmente ante el resto de las Sailors y les piden que no se entrometan en su misión de acabar con los Death Busters. Chibiusa intenta saber más sobre Hotaru y su padre cuando descubre algo que no debería haber visto, y la última de las Witches 5 ataca.

Sailor Moon consigue reunir el poder de todas las Sailor Guardianas y transformarse en la poderosa Super Sailor Moon. Esto hará que finalmente Uranus, Neptune y Pluto se decidan a contarle la terrible verdad. Mistress 9 despierta.

Mistress 9 robó el alma a Chibiusa junto al Cristal de Plata y su vida se apaga. Pluto, Uranus y Neptune parten a matar a Hotaru, lo que creen la única solución para evitar la destrucción y salvar a Chibiusa. Así, las Sailor Guardianas se adentran en Mugenzu, aunque parece haber cambiado mucho.

Hotaru lucha por mantener el control de su cuerpo y proteger a Chibiusa, y mientras tanto, Sailor Moon y sus compañeras parten en busca del enemigo desconocido que las acecha, dividiéndose en dos grupos para buscar por todo el edificio.

Hotaru lucha con todas sus fuerzas contra el control de Mistress 9, que intenta tragarse todo el poder del Cristal de Plata, el alma de Chibiusa e incluso ahora las de las Guardianas. Pero logra salvarlo y le entrega las almas a las guardianas y a Chibiusa antes de desvanecerse.

Pharaoh 90 comienza a consumir el mundo y las guardianas no pueden hacer nada. Es entonces cuando Usagi toma una decisión a la desesperada que desencadena un efecto inesperado. Luego Sailor Saturn despierta.

El momento más esperado ha llegado. Sailor Saturn, la sailor scout que nunca debe despertar, ha blandido su Espada del Silencio, lo cual significa el fin del mundo, mientras Super Sailor Moon se lanza hacia el Pharaon 90 con el objetivo de evitar su expansión en la Tierra. En el inicio de este episodio de Sailor Moon Crystal, Sailor Saturn está decidida a acabar con el Pharaon 90 con su ataque Death Reborn Revolution, este increíble poder también significa el fin del mundo. En ese momento, Super Sailor Chibi Moon grita el nombre de Super Sailor Moon, quien parece despertar del fondo del enemigo, y la Copa Lunar vuelve a brillar. Ella se eleva, y la esperanza regresa a las sailor scouts. Entonces Sailor Saturn se sacrifica con la ayuda de Sailor Pluto para llevar a Pharaoh 90 a la otra dimensión. Después Super Sailor Moon se transforma por primera vez en la Neo-Reina Serenity, quien restaura la ciudad y hace renacer a Hotaru en forma de bebé, la cual es adoptada por las Sailor Senshi del sistema solar exterior, quienes parten de la ciudad con la pequeña Hotaru.