Mientras toda Gotham tiene los ojos puestos en el juicio de Rupert Thorne, Batman protege las calles de la venganza del jefe del crimen y de su lugarteniente, un loco de las armas: ¡Eddie Nygma, alias Enigma!

Tras una serie de audaces ataques contra Industrias Tríada, Batman debe localizar y detener a la vengativa mujer cohete que está detrás de ellos, cueste lo que cueste, antes de que su venganza se cobre vidas inocentes. Sin embargo, la investigación del Caballero Oscuro sacará a la luz revelaciones sorprendentes.

Con Rupert Thorne desaparecido y su sustituto, Eddie Nygma (Enigma) sembrando el caos en Gotham, la brutal violencia callejera y los atracos descarados se intensifican, y la Policía de Gotham se ve desbordada para contener la situación. Para obtener información sobre el paradero de Thorne y su nuevo capo, Nygma, Batman se infiltra en la prisión de Blackgate bajo la identidad de Cerillas Malone.

Una escena del crimen con un símbolo de murciélago ensangrentado augura problemas para Batman. Debido a la campaña de desprestigio de Hattie Tetch, el Caballero Oscuro se ve sometido a más presión pública que nunca. Decidido a limpiar su nombre, Batman descubre una secta fanática de los murciélagos liderada por un carismático profeta: el monje loco.

El detective Jim Corrigan, caído en desgracia, se ofrece voluntario para un experimento en la cárcel con el fin de redimirse, pero el resultado es mucho más aterrador de lo que nadie, incluido Batman, podría haber imaginado.

Una serie de misteriosas muertes entre los estudiantes de la Universidad de Gotham saca a Harley Quinn de su escondite. Cuando su investigación se cruza con la de Batman, los dos antiguos adversarios forman una alianza para acabar con la amenaza inmediata: ¡el Espantapájaros!

Tras matar a tiros a un expolicía, Eddie Nygma, "Enigma", se alía con una misteriosa mujer llamada Espina. Su relación, marcada por el crimen, pone Gotham patas arriba y obliga a Batman a actuar.

Mientras Batman reanuda su búsqueda de Rupert Thorne, su investigación se cruza con la de Carrie Kelley, una detective aficionada que se hace llamar "la Cazacrímenes". Juntos forman equipo para acabar con el intermediario del crimen de Gotham: Míster Cero.

El Joker anuncia públicamente la sentencia de muerte del alcalde Jessop. Mientras Gotham se ve sumida en el pánico, la Policía de Gotham se moviliza para proteger al alcalde, mientras Batman da caza al Joker. ¿Bastarán sus esfuerzos conjuntos para detener lo que se avecina?

Llega el Día del Juicio Final a Gotham cuando una epidemia se propaga por toda la ciudad, convirtiendo a los ciudadanos en maníacos homicidas. Mientras los supervivientes se ocultan aterrados, los aliados de Batman intentan salvar a los que quedan, y el Caballero Oscuro se enfrenta por fin a su mayor enemigo: ¡el Joker!